Genomes HIV-1 Đủ Độ Dài Từ Người Bị Nhiễm Kiểu Phân Nhánh C Tại Ấn Độ, Với Những Bằng Chứng Về Sự Tái Tổ Hợp Giữa Các Kiểu Phân Nhánh

Journal of Virology - Tập 73 Số 1 - Trang 152-160 - 1999
Kavita S. Lole1, Robert C. Bollinger2, Ramesh Paranjape3, D A Gadkari3,1, Smita Kulkarni3, Nicole G. Novak2, Roxann Ingersoll4, Haynes W. Sheppard5, Stuart C. Ray2
1National Institute of Virology1 and
2Division of Infectious Diseases, Department of Medicine,2and
3National AIDS Research Institute,3 Pune, India;
4Center for Medical Genetics,4 Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, Maryland and
5Viral and Rickettsial Diseases Laboratory, California Department of Health Services, Berkeley, California5

Tóm tắt

TÓM TẮT

Việc phát triển một loại vắc-xin hiệu quả chống virus suy giảm miễn dịch ở người loại 1 (HIV-1) có thể phụ thuộc vào kiến thức về các biến thể đang lưu hành của các gen khác ngoài các gen đã được giải trình tự phổ biến như gag và env . Hơn nữa, dữ liệu toàn bộ bộ gen hiện tại còn rất hạn chế đối với kiểu phân nhánh C của HIV-1, hiện đang là kiểu phân nhánh phổ biến nhất ở Ấn Độ và trên toàn thế giới. Tương tự, rất ít thông tin được biết đến về sự biến đổi trình tự của HIV-1 ở Ấn Độ, quốc gia đang phải đối mặt với gánh nặng HIV lớn nhất trên thế giới. Do đó, mục tiêu của nghiên cứu này là phân lập và đặc trưng hóa toàn bộ bộ gen của HIV-1 từ những người seroconverter bị nhiễm các biến thể kiểu phân nhánh C ở Ấn Độ. Các chủng HIV-1 đồng nuôi cấy được lấy từ sáu cá nhân có kết quả dương tính từ Pune, Ấn Độ và đã được khuếch đại, phân lập và giải trình tự bộ gen HIV-1 gần như đầy đủ từ mỗi mẫu. Phân tích trình tự cho thấy năm trong số sáu bộ gen thuộc kiểu phân nhánh C, trong khi một bộ gen là sự ghép nối của các kiểu phân nhánh A và C, với nhiều điểm gãy trong env , nef , và phần lặp dài cuối 3′ như được xác định bởi cả phân tích χ 2 tối đa và bootstrap phân loại. Các trình tự đã được so sánh để bảo tồn các epitop tế bào T cytotoxic (CTL) đã biết. So với trình tự HIV-1 LAI , 38% các epitop CTL đã được xác định rõ là giống nhau. Tỷ lệ các sự thay thế không bảo thủ cho Env, ở mức 61%, cao hơn ( P < 0.001) so với Gag (24%), Pol (18%) và Nef (32%). Do đó, những epitop CTL được đặc trưng cho thấy sự khác biệt đáng kể so với các chủng phòng thí nghiệm kiểu phân nhánh B, điều này rõ ràng nhất ở Env. Vì các dòng tế bào này được lấy từ những người seroconverter Ấn Độ, chúng có khả năng giúp thúc đẩy các nỗ lực liên quan đến vắc-xin ở Ấn Độ bằng cách cung cấp các kháng nguyên tiềm năng cho các ứng cử viên vắc-xin cũng như cho các thử nghiệm về khả năng đáp ứng với vắc-xin.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Anonymous Global AIDS surveillance.WHO Weekly Epidemiological Record 68 27 1993 195 196

Anonymous World Health Report. 1997 World Health Organization Geneva Switzerland

10.1089/aid.1994.10.1345

10.1089/aid.1994.10.1039

10.1001/jama.1997.03550230061038

10.1097/00005792-199503000-00005

10.1093/oxfordjournals.molbev.a025797

Brander C. Walker B. D. Systematic identification of optimal HIV-1 CTL epitopes HIV molecular immunology database. Korber B. T. Moore J. P. Brander C. Walker B. D. Haynes B. Koup R. 1997 1 11 Theoretical Biology and Biophysics Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

10.1128/jvi.71.11.8615-8623.1997

10.1006/viro.1998.9211

10.1089/aid.1996.12.1435

10.1038/374569a0

10.1128/JVI.72.2.1552-1576.1998

10.1128/jvi.70.11.8209-8212.1996

10.1128/jvi.69.3.1810-1818.1995

10.1126/science.8235655

10.1128/jvi.69.6.3273-3281.1995

10.1097/00002030-199301000-00003

10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x

Felsenstein J. PHYLIP (Phylogeny Inference Package version 3.572c). 1995 Department of Genetics University of Washington Seattle Wash

10.1073/pnas.94.4.1396

Gadkari D. Moore D. Sheppard H. W. Kulkarni S. S. Mehendale S. M. Bollinger R. C. Transmission of genetically diverse strains of HIV-1 in Pune, India.Indian J. Med. Res. 107 1998 1 9

10.1016/S0140-6736(05)60982-8

10.1001/jama.1997.03550230066039

10.1128/JVI.72.7.5680-5698.1998

10.1128/jvi.70.10.7013-7029.1996

George D. G. Hunt L. T. Barker W. C. Current methods in sequence comparison and analysis Macromolecular sequencing and synthesis. Schlesinger D. H. 1988 127 149 Alan R. Liss New York N.Y

10.1001/jama.1996.03530270050031

Jain M. K. T. J. John and G. T. Keusch. 1994. Epidemiology of HIV and AIDS in India. AIDS 8 (Suppl. 2):S61–S75.

10.1097/00002030-199507000-00003

10.1006/viro.1996.8318

Korber B. T. Hoelscher M. HIV-1 subtypes: implications for epidemiology, pathogenicity, vaccines and diagnostics. Workshop report from the European Commission (DG XII, INCO-DC) and the Joint United Nations Programme on HIV/AIDS.AIDS 11 1997 UNAIDS17 UNAIDS36

Leitner T. Korber B. Robertson D. L. Gao F. Hahn B. H. Updated proposal of reference sequences of HIV-1 genetic subtypes Human retroviruses and AIDS: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Korber B. T. Hahn B. Foley B. Mellors J. W. Leitner T. Myers G. McCutchan F. E. Kuiken C. L. 1997 1 6 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

Luciw P. A. Shacklett B. L. Molecular biology of human and simian immunodeficiency viruses HIV molecular organization pathogenicity and treatment. Morrow W. J. W. Haigwood N. L. 1993 123 219 Elsevier Amsterdam The Netherlands

Mellors J. W. Schinazi R. F. Larder B. A. Mutations in retroviral genes associated with drug resistance Human retroviruses and AIDS 1996: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Myers G. Korber B. T. Foley B. Jeang K.-T. Mellors J. W. Wain-Hobson S. 1996 III-206 III-241 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

10.1128/jvi.71.11.8657-8665.1997

Myers G. Korber B. T. Foley B. Jeang K.-T. Mellors J. W. Wain-Hobson S. Human retroviruses and AIDS 1996: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. 1996 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

Myers G. Korber B. T. Wain-Hobson S. Jeang K.-T. Henderson L. E. Pavlakis G. N. Human retroviruses and AIDS 1994: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. 1994 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

Page R. D. TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers.Comput. Appl. Biosci. 12 1996 357 358

Peters K. Vised (Version 1.2). 1997Parksville British Columbia Canada. Distributed by author.

Ray S. C. 1998. SimPlot for Windows (version 1.6). Baltimore Md. Distributed by author (http://www.welch.jhu.edu/∼sray/download ).

10.1089/aid.1998.14.3

Robertson D. L. Gao F. Hahn B. H. Sharp P. M. Intersubtype recombinant HIV-1 sequences Human retroviruses and AIDS 1997: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Korber B. T. Hahn B. Foley B. Mellors J. W. Leitner T. Myers G. McCutchan F. E. Kuiken C. L. 1997 III-25 III-30 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

10.1007/BF00163230

10.1038/374124b0

10.1038/nm0195-59

10.1089/aid.1996.12.1329

10.1006/viro.1995.1548

10.1097/00002030-199610090-00010

10.1128/jvi.71.7.5441-5448.1997

10.1097/00002030-199309000-00002

Siepel A. C. Korber B. T. Scanning the database for recombinant HIV-1 genomes Human retroviruses and AIDS 1995: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Myers G. Korber B. T. Hahn B. H. Jeang K.-T. Mellors J. W. McCutchan F. E. Henderson L. E. Pavlakis G. N. 1995 III-35 III-60 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

10.1007/BF00182389

10.1097/00042560-199612010-00001

Strebel K. Structure and function of HIV-1 Vpu Human retroviruses and AIDS 1996: a compilation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Myers G. Korber B. T. Foley B. Jeong K.-T. Mellors J. W. Wain-Hobson S. 1996 III-19 III-27 Los Alamos National Laboratory Los Alamos N.Mex

10.1093/nar/22.22.4673

10.1089/aid.1996.12.1199

10.1089/aid.1996.12.641

Weniger B. G. Y. Takebe C. Y. Ou and S. Yamazaki. 1994. The molecular epidemiology of HIV in Asia. AIDS 8 (Suppl. 2):S13–S28.

10.1089/aid.1997.13.719

10.1126/science.8356453

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Virology

Tập 73 Số 1

152-160

Thông tin tác giả