Phân tích FISH trên nhiễm sắc thể pachytene của cà chua xác định gen kháng tuyến trùng rễ Mi-1 và gen phosphatase axit Aps-1 gần ranh giới giữa euchromatin và heterochromatin pericentromeric của cánh nhiễm sắc thể 6S và 6L, tương ứng

Gen kháng tuyến trùng rễ Mi-1 trong cà chua từ lâu đã được cho là nằm ở vùng heterochromatin pericentromeric của cánh dài nhiễm sắc thể 6 do sự liên kết di truyền chặt chẽ của nó (khoảng 1 cM) với các chỉ thị Aps-1 (phosphatase axit 1) và yv (vàng virescent). Sử dụng các bản sao Mi-BAC và một bản sao Aps-1 YAC trong phân tích lai huỳnh quang tại chỗ (FISH) trên các nhiễm sắc thể trong giai đoạn pachytene, chúng tôi đã cung cấp bằng chứng vật lý trực tiếp cho thấy Mi-1 nằm ở ranh giới giữa vùng euchromatin và heterochromatin ở cánh ngắn (6S) và Aps-1 nằm trong heterochromatin pericentromeric của cánh dài (6L) gần euchromatin. Với việc xem xét cả nội dung DNA ước lượng của các vùng hetero- và euchromatin và mật độ của các nhiễm sắc thể cà chua tại giai đoạn pachytene (2 Mb/μm), dữ liệu của chúng tôi gợi ý rằng Mi-1 và Aps-1 cách nhau ít nhất 40 Mb, một mối quan hệ cặp base đến centiMorgan vượt quá hơn 50 lần giá trị trung bình 750 kb/cM của bộ gen cà chua. Một bản đồ di truyền kết hợp giữa tế bào học và phân tử của nhiễm sắc thể 6 được trình bày như một khung cho việc lập bản đồ vật lý.