Epigenetic Regulation of Transposable Elements in Plants

Annual Review of Plant Biology - Tập 60 Số 1 - Trang 43-66 - 2009
Damon Lisch1
1Department of Plant and Microbial Biology, University of California, Berkeley, California 94720

Tóm tắt

Transposable elements make up a substantial proportion of most plant genomes. Because they are potentially highly mutagenic, transposons are controlled by a set of mechanisms whose function is to recognize and epigenetically silence them. Under most circumstances this process is highly efficient, and the vast majority of transposons are inactive. Nevertheless, transposons are activated by a variety of conditions likely to be encountered by natural populations, and even closely related species can have dramatic differences in transposon copy number. Transposon silencing has proved to be closely related to other epigenetic phenomena, and transposons are known to contribute directly and indirectly to regulation of host genes. Together, these observations suggest that naturally occurring changes in transposon activity may have had an important impact on the causes and consequences of epigenetic silencing in plants.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Alleman M, 1986, Genetics, 112, 107, 10.1093/genetics/112.1.107

10.1038/ng1478

10.1016/j.tcb.2005.03.006

10.1007/s11103-005-4429-7

10.1111/j.1469-8137.2005.01433.x

10.1002/dvg.1020100604

10.1093/nar/29.10.2127

10.1016/S0092-8674(04)00045-5

10.1038/nature02874

10.1016/j.cell.2006.05.005

10.1128/MCB.17.9.5165

10.1016/0966-842X(96)10042-1

10.1105/tpc.015958

10.1101/sqb.2004.69.419

10.1016/S0960-9822(02)00925-9

10.1101/gad.1026102

10.1007/s00294-006-0078-x

10.1038/nrg1601

10.1371/journal.pgen.0020083

10.1371/journal.pbio.0040363

10.1126/science.1095989

10.1073/pnas.83.6.1767

10.1007/s00438-006-0141-9

10.1002/j.1460-2075.1987.tb04753.x

10.1038/nature06745

10.1128/9781555817954.ch1

10.1105/tpc.006163

10.1016/S0092-8674(00)80864-8

Dietrich CR, 2002, Genetics, 160, 697, 10.1093/genetics/160.2.697

Dooner HK, 1991, Genetics, 129, 855, 10.1093/genetics/129.3.855

10.1105/tpc.12.11.2101

10.1371/journal.pone.0000219

10.1002/bies.950170405

Fedoroff NV, 1995, Curr. Top. Microbiol. Immunol., 197, 143

10.1038/ncb1155

10.1126/science.1101092

10.1016/j.cell.2005.12.034

10.1159/000084957

10.1023/A:1018302216927

10.1093/aob/mcj001

10.1073/pnas.0509650103

10.1101/gr.4399206

10.1073/pnas.232688099

10.1104/pp.102.017533

10.1105/tpc.105.037655

10.1038/nature05917

10.1101/gad.1667808

10.1126/science.1062939

Hershberger RJ, 1995, Genetics, 140, 1087, 10.1093/genetics/140.3.1087

10.1073/pnas.93.15.7783

10.1016/j.bbaexp.2007.03.001

10.1038/nature731

10.1126/science.277.5329.1100

10.1038/nature02953

10.1038/nature01214

10.1016/S0960-9822(02)00976-4

10.1093/emboj/17.21.6385

10.1016/S0960-9822(01)00226-3

10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218

10.1016/S0168-9525(02)00006-9

10.1101/sqb.2006.71.023

10.1016/j.cub.2006.05.045

10.1101/gr.4064205

10.1023/A:1006423110134

10.1073/pnas.93.22.12406

10.1101/sqb.2004.69.139

10.1073/pnas.110587497

10.1038/sj.embor.7400446

Kashkush K, 2002, Genetics, 160, 1651, 10.1093/genetics/160.4.1651

10.1038/ng1063

10.1371/journal.pbio.0050057

10.1534/genetics.104.029637

10.1093/pcp/pch109

10.1023/A:1016072014259

10.1111/j.0014-3820.2001.tb01268.x

10.1126/science.1089835

10.1111/j.1365-313X.2006.02936.x

10.1016/j.gene.2004.12.017

10.1146/annurev.genet.33.1.479

10.1016/j.cell.2006.05.032

10.1038/sj.emboj.7600430

10.1038/nature02651

10.1371/journal.pbio.0000067

10.1002/bies.20219

10.1073/pnas.052152199

Lisch D, 1995, Genetics, 139, 1777, 10.1093/genetics/139.4.1777

10.1016/j.cell.2008.03.029

10.1101/gad.1217304

10.1023/B:PLAN.0000038270.48326.7a

10.1101/gr.5530106

10.1016/S1097-2765(00)80478-5

10.1016/j.tig.2007.01.004

Martienssen R, 1994, Genetics, 136, 1157, 10.1093/genetics/136.3.1157

10.1016/j.cell.2007.07.007

10.1038/nrg1500

10.1371/journal.pgen.0010079

McClintock B, 1948, Carnegie Inst. Wash. Yearb., 47, 155

McClintock B, 1950, Carnegie Inst. Wash. Yearb., 49, 157

McClintock B, 1958, Carnegie Inst. Wash. Yearb., 57, 415

McClintock B, 1965, Carnegie Inst. Wash. Yearb., 64, 527

McClintock B, 1965, Brookhaven Symp. Biol., 18, 162

10.1126/science.15739260

10.1093/emboj/19.19.5194

10.1038/ng1615

10.1073/pnas.0605421103

10.1073/pnas.0504235102

10.1534/genetics.107.071902

10.1038/nbt1291

10.1016/j.cub.2006.09.022

10.1038/284604a0

10.1146/annurev.genet.34.1.401

Pan YB, 1988, Genetics, 119, 457, 10.1093/genetics/119.2.457

10.1104/pp.104.053215

10.1104/pp.107.107730

10.1007/BF00226117

10.1098/rstb.2004.1611

10.1101/gr.5290206

10.1371/journal.pone.0000203

10.1261/rna.916708

10.1016/j.cell.2006.05.031

10.1101/gad.348405

10.1002/(SICI)1520-6408(1998)22:1<100::AID-DVG10>3.0.CO;2-D

10.1101/gad.1476406

10.1101/gr.7073008

10.1016/j.gde.2008.01.014

Robertson DS, 1986, Genetics, 113, 765, 10.1093/genetics/113.3.765

10.1016/j.virusres.2004.01.020

10.1038/sj.emboj.7601788

10.1046/j.1365-294X.2002.01557.x

10.1093/molbev/msi082

10.1038/nature02107

10.1016/S0960-9822(01)00116-6

10.1016/j.tplants.2003.12.010

10.1371/journal.pgen.1000216

10.1038/ng1576

10.1038/nrg2072

10.1016/j.tig.2005.04.008

10.1016/S1097-2765(00)00078-2

10.1101/gad.1006702

10.1105/tpc.12.12.2511

10.1046/j.1365-313X.1999.00460.x

10.1073/pnas.0407154101

10.1186/gb-2005-6-11-r90

10.1016/j.cub.2006.09.020

10.1016/S0960-9822(03)00539-6

10.1105/tpc.11.9.1769

10.1159/000084941

10.1016/S0168-9525(01)02367-8

10.1126/science.1074973

10.1073/pnas.0603080103

10.1016/0092-8674(94)90119-8

10.1016/j.tplants.2006.01.003

10.1554/0014-3820(2002)056[2126:POGVSA]2.0.CO;2

10.1371/journal.pbio.0040339

10.1371/journal.pbio.0020104

10.1007/s00239-002-2397-y

10.1016/S0168-9525(97)01181-5

10.1101/sqb.2006.71.047

10.1038/sj.emboj.7601603

10.1105/tpc.006106

10.1126/science.1079695

10.1038/ng1929

10.1101/sqb.2006.71.059

Thông tin
Thông tin xuất bản

Annual Review of Plant Biology

Tập 60 Số 1

43-66

Thông tin tác giả