Driver and Passenger Mutations in Cancer

Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease - Tập 10 Số 1 - Trang 25-50 - 2015
Julia Naso1, Marco A. Marra2,3,4
1Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency, Vancouver, Canada V5Z 1L3; email:
2 email: jpon@bcgsc.ca.
3Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre, BC Cancer Agency, Vancouver, Canada V5Z 1L3;
4Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada V6T 1Z4;

Tóm tắt

Next-generation sequencing has allowed identification of millions of somatic mutations and epigenetic changes in cancer cells. A key challenge in interpreting cancer genomes and epigenomes is distinguishing which genetic and epigenetic changes are drivers of cancer development. Frequency-based and function-based approaches have been developed to identify candidate drivers; we discuss the advantages and drawbacks of these methods as well as their latest refinements. We focus particularly on identification of the types of drivers most likely to be missed, such as genes affected by copy number alterations, mutations in noncoding regions, dysregulation of microRNA, epigenetic changes, and mutations in chromatin modifiers.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1038/nature07385

10.1038/nrc1299

10.1038/nature08987

10.1038/nature07943

10.1126/science.1235122

10.1093/nar/gkp995

10.1016/j.molonc.2012.02.009

10.1038/nmeth.2562

Gnad F, 2013, BMC Genomics, 14, S7, 10.1186/1471-2164-14-S3-S7

10.1093/bib/bbt042

10.4161/cbt.5.4.2551

10.1038/nature11725

10.1038/nsmb.1608

10.1097/PAP.0b013e3182169948

10.1097/PAT.0b013e328360b61d

10.1038/ng.2762

10.1038/nrc3537

10.1038/nrc2091

10.1126/science.1235587

10.1007/s004320000140

10.1002/jcb.240501108

10.4137/CMO.S10178

10.1186/1471-2350-12-134

10.1136/jmg.2008.058958

10.1158/1078-0432.CCR-10-1795

10.1073/pnas.68.4.820

10.1016/S0962-8924(01)02130-4

10.1038/bjc.1954.1

10.1038/nature12634

10.1093/bioinformatics/btt395

10.1186/1471-2105-14-190

10.1038/msb.2012.68

10.1038/nature12213

10.1126/science.1138764

10.1093/nar/gks743

10.1126/science.1164382

10.1038/nature11017

10.1109/TNB.2013.2263391

10.1016/j.cell.2012.06.024

10.1073/pnas.92.5.1654

10.1002/j.1460-2075.1985.tb04140.x

10.1182/blood-2006-08-039859

10.1002/humu.21616

10.1038/nature08658

10.1073/pnas.1121343109

10.1038/nature11404

10.1038/nature11252

10.1016/j.ajhg.2013.07.003

10.1097/00001622-199507010-00013

10.1002/ijc.26167

10.1038/nature12477

10.1186/1745-6150-7-47

10.1016/j.cell.2012.04.024

10.1038/ng.2702

10.1038/ng.2701

10.1126/science.1145720

10.1038/nature10166

10.1038/ng.2846

10.1016/j.ccr.2007.11.005

10.1101/gr.6431107

10.1038/nature10933

10.1093/bioinformatics/btr193

10.1101/gr.134635.111

10.1186/1471-2105-14-29

10.1371/journal.pone.0008918

10.1038/nrc2693

10.1101/gr.120477.111

10.1186/1755-8794-4-34

10.1371/journal.pcbi.1003054

10.1096/fj.08-108985

10.1158/0008-5472.CAN-13-0360

10.1093/nar/gkm405

10.1158/0008-5472.CAN-07-5283

10.1186/gb-2013-14-5-r52

10.1038/nature09004

10.1016/j.tig.2008.06.003

10.1093/bioinformatics/btl390

Li BQ, 2013, BioMed. Res. Int., 2013, 267375

10.1186/1741-7007-8-74

10.1038/srep02651

10.1016/j.ajhg.2011.03.004

10.1371/journal.pone.0077945

10.1038/srep02650

10.1038/nmeth.2642

10.1016/j.cell.2011.02.013

Burkholder B, 2014, Biochim. Biophys. Acta, 1845, 182

10.1038/359295a0

10.1016/S0960-9822(00)00002-6

10.1126/science.1978757

10.1146/annurev.pathol.3.121806.154244

10.1038/nrg3539

Okuno K, 2010, Oncol. Rep., 23, 485

10.1038/nature03664

10.1016/j.gene.2013.07.047

10.1038/nrg3013

10.1038/nrc2877

10.1073/pnas.1010978107

10.1038/ng.2760

10.1158/2159-8290.CD-12-0592

10.1186/1471-2105-10-308

10.1038/nature08768

10.1073/pnas.0710052104

10.1016/j.cell.2010.11.013

10.1016/j.cell.2010.11.055

10.1016/j.cell.2011.07.042

10.1016/j.cell.2013.03.021

10.1101/gad.229559.113

10.1101/gr.143677.112

10.1126/science.1229259

10.1126/science.1222794

10.1038/nbt.2422

10.1126/science.1230062

10.1002/path.4315

10.1016/j.eururo.2013.10.038

10.1007/s00401-013-1225-3

116. Liu T, Wang N, Cao J, Sofiadis A, Dinets A, et al. 2013. The age- and shorter telomere–dependentTERTpromoter mutation in follicular thyroid cell–derived carcinomas. Oncogene 33:4978–84

10.1111/bpa.12110

10.1002/ijc.28633

10.1126/science.1105136

10.1101/gr.137323.112

10.1186/gb-2012-13-9-r50

Bryne JC, 2008, Nucleic Acids Res., 36, D102, 10.1093/nar/gkm955

10.1101/gr.096719.109

10.1038/nature08629

10.1038/nature11632

10.1126/science.1058040

10.1038/ng.2416

10.3390/ijms140815681

10.1128/MCB.17.8.4611

10.1038/nrc1840

10.1126/science.1137999

10.1016/j.gene.2012.07.007

10.1038/ng.926

10.1146/annurev.pathol.4.110807.092222

10.3389/fgene.2012.00170

10.1073/pnas.0307323101

10.1073/pnas.0508889103

10.1101/gad.1444406

10.1158/0008-5472.CAN-06-4218

10.1002/path.2251

10.1002/path.4135

10.1002/path.2179

10.1158/0008-5472.CAN-08-2516

10.1002/jcp.24054

10.1038/nrc3130

10.1186/gb-2012-13-10-r84

10.1371/journal.pgen.0030157

Nguyen CT, 2002, Cancer Res., 62, 6456

Fahrner JA, 2002, Cancer Res., 62, 7213

10.1038/ng.159

10.1038/ng1531

10.1016/j.cbpa.2012.10.002

10.1016/j.cell.2011.08.008

10.1158/0008-5472.CAN-12-3658

10.1038/sj.onc.1204613

10.1215/15228517-2008-048

10.1016/j.canlet.2009.05.016

10.1016/B978-0-12-380866-0.60010-1

10.1038/nrg1748

10.1371/journal.pone.0078127

10.1073/pnas.91.21.9700

10.1038/nature12466

10.1038/nbt.2726

10.1038/nbt.2701

10.1073/pnas.2037852100

10.1038/ng1950

10.1038/nature04431

10.1101/gr.107318.110

10.1158/0008-5472.CAN-08-3274

10.1073/pnas.96.15.8681

10.1016/j.cell.2013.03.008

10.1038/cddis.2011.84

10.1016/j.ccr.2012.03.045

10.1101/gr.125872.111

10.1093/bioinformatics/btt744

10.1038/ng0794-440

10.1016/S0002-9440(10)65492-2

10.1093/nar/gkt1134

10.1016/j.jbior.2012.04.003

10.1016/0092-8674(95)90329-1

10.1073/pnas.0506612102

10.1126/science.1083558

10.1186/gb-2013-14-9-r106

10.4161/cbt.8.5.8019

10.1371/journal.pone.0055119

10.1056/NEJMoa1301689

10.1073/pnas.250492697

10.1016/j.ccr.2013.04.011

10.1038/nature10833

10.1101/gad.217406.113

10.1182/blood-2012-08-450494

10.1182/blood-2010-11-321208

10.1038/ng.621

10.1016/j.biocel.2008.09.011

Thông tin
Thông tin xuất bản

Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease

Tập 10 Số 1

25-50

Thông tin tác giả