Từ điển cấu trúc thứ cấp của protein: Nhận dạng mẫu các đặc điểm liên kết hydro và hình học

Biopolymers - Tập 22 Số 12 - Trang 2577-2637 - 1983
Wolfgang Kabsch1, Christian Sander2
1Emeritus Group Biophysics, Max Planck Institute for Medical Research, Max Planck Society
2Biophysics Department, Max Planck Institute of Medical Research, 6900 Heidelberg, Federal Republic of Germany

Tóm tắt

Tóm tắtĐể phân tích thành công mối quan hệ giữa trình tự axit amin và cấu trúc protein, một định nghĩa rõ ràng và có ý nghĩa vật lý về cấu trúc thứ cấp là điều cần thiết. Chúng tôi đã phát triển một bộ tiêu chí đơn giản và có động cơ vật lý cho cấu trúc thứ cấp, lập trình như một quá trình nhận dạng mẫu của các đặc điểm liên kết hydro và hình học trích xuất từ tọa độ x-quang. Cấu trúc thứ cấp hợp tác được nhận diện dưới dạng các thuật toán cơ bản của mẫu liên kết hydro "xoắn" và "cầu". Các xoắn lặp lại là "xoắn ốc", các cầu lặp lại là "cột", các cột kết nối là "tấm". Cấu trúc hình học được định nghĩa theo các khái niệm về độ xoắn và độ cong trong hình học vi phân. "Tính chiral" của chuỗi cục bộ là sự xoắn của bốn vị trí Cα liên tiếp và có giá trị dương đối với xoắn ốc thuận tay phải và âm đối với cấu trúc β- xoắn lý tưởng. Các phần cong được định nghĩa là "bền". "Phơi nhiễm" dung môi được tính bằng số phân tử nước có thể tiếp xúc với một dư lượng. Kết quả cuối cùng là sự biên soạn cấu trúc chính, bao gồm các liên kết disulfide, cấu trúc thứ cấp và phơi nhiễm dung môi của 62 protein hình cầu khác nhau. Bài trình bày ở dạng tuyến tính: biểu đồ dải cho cái nhìn tổng quát và bảng dải cho các chi tiết của mỗi 10.925 dư lượng. Từ điển cũng có sẵn ở dạng đọc được bằng máy tính cho công việc dự đoán cấu trúc protein.

Từ khóa

#cấu trúc thứ cấp protein #liên kết hydro #đặc điểm hình học #phân tích cấu trúc #protein hình cầu #tiên đoán cấu trúc protein #biên soạn protein

Tài liệu tham khảo

10.1073/pnas.37.11.729

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

10.1021/ja00766a060

10.1016/0005-2795(73)90350-4

10.1016/0022-2836(77)90046-8

10.1016/0022-2836(77)90094-8

10.3109/10409238009105470

10.1016/S0065-3233(08)60520-3

10.1016/0022-2836(80)90052-2

10.1016/0022-2836(71)90324-X

10.1016/0022-2836(77)90207-8

Feldmann R. J., 1976, Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche

10.1021/ja00512a001

IUPAC‐IUB Commission on Biochemical Nomenclature, 1970, J. Biol. Chem., 245, 6489, 10.1016/S0021-9258(18)62561-X

10.1021/ma60066a020

10.1016/0022-2836(73)90011-9

10.1038/254304a0

Bode W. Schwager P.&Huber R.(1975) Proceedings of the 10th FEBS Meeting Vol. 40 Desnuelle P. & Michelson A. M. Eds. North‐Holland Amsterdam pp.3–20.

Finney J. L., 1979, Water, A Comprehensive Treatise, 93

10.1016/S0022-2836(67)80066-4

Schellman C., 1980, Protein Folding, 53

10.1021/bi00504a006

10.1016/0022-2836(81)90127-3

10.1021/bi00508a007

10.1107/S0567740875002415

10.1016/0022-2836(79)90548-5

10.1016/S0021-9258(17)33352-5

10.1038/250120a0

10.1038/289366a0

10.1107/S0567739471000986

10.1107/S0567739471000986

Hendrickson W. A., 1980, Computing in Crystallography, 13.01

10.1107/S0567739476000685

10.1107/S0567739478001904

10.1016/0022-2836(69)90421-5

10.1107/S0567739478001618

10.1107/S0567740877007146

10.1107/S0567739477001958

Thông tin
Thông tin xuất bản

Biopolymers

Tập 22 Số 12

2577-2637

Thông tin tác giả