Phát hiện các dòng vi khuẩn <i>Ralstonia solanacearum</i> bằng xét nghiệm PCR TaqMan định lượng, đa mã, và thời gian thực

Applied and Environmental Microbiology - Tập 66 Số 7 - Trang 2853-2858 - 2000
Simon A. Weller1, J. G. Elphinstone1, N. C. Smith1, Neil Boonham1, D. E. Stead1
1Central Science Laboratory, MAFF, Sand Hutton, York, YO41 1LZ, United Kingdom

Tóm tắt

TÓM TẮT

Một phương pháp xét nghiệm PCR phát huỳnh quang (TaqMan) đã được phát triển để phát hiện các dòng vi khuẩn Ralstonia solanacearum. Hai đầu dò phát huỳnh quang đã được sử dụng trong một phản ứng đa mã: một đầu dò RS có phạm vi rộng để phát hiện tất cả các biovar của R. solanacearum và một đầu dò B2 đặc hiệu hơn để phát hiện chỉ biovar 2A. Quá trình khuếch đại mục tiêu được đo lường thông qua hoạt động nuclease tại 5′ của Taq DNA polymerase trên từng đầu dò, dẫn đến phát xạ huỳnh quang. PCR TaqMan đã được thực hiện với DNA chiết xuất từ 42 dòng R. solanacearum và các dòng có liên quan về mặt di truyền hoặc huyết thanh học để chứng minh tính đặc thù của xét nghiệm. Trong các môi trường nuôi cấy tinh khiết, R. solanacearum có thể được phát hiện ở mức độ ≥102 tế bào ml−1. Độ nhạy giảm khi xét nghiệm PCR TaqMan được thực hiện với các chiết xuất từ mô khoai tây được tiêm chủng, chuẩn bị theo các quy trình chiết xuất hiện được khuyến cáo. Một đầu dò phát huỳnh quang thứ ba (COX), được thiết kế sử dụng trình tự gen cytochrome oxidase của khoai tây, cũng đã được phát triển để sử dụng như một kiểm soát nội bộ PCR và đã được chứng minh để phát hiện DNA khoai tây trong PCR TaqMan multiplex RS-COX với mô khoai tây bị nhiễm. Tính đặc thù và độ nhạy của xét nghiệm, kết hợp với tốc độ cao, bền bỉ, độ tin cậy và khả năng tự động hóa, mang lại những lợi thế tiềm năng trong việc định danh thường kỳ của củ khoai tây và các vật liệu thực vật khác nhằm phát hiện sự hiện diện của R. solanacearum.

Từ khóa

#Ralstonia solanacearum; PCR TaqMan; đầu dò phát huỳnh quang; xét nghiệm đa mã; khả năng phát hiện tự động; sinh học phân tử; nông nghiệp

Tài liệu tham khảo

Anonymous (1990) Quarantine procedure: Pseudomonas solanacearum, inspection and test methods.Bull. OEPP/EPPO Bull.20:255–262.

Anonymous (1995) Commission directive 95/4/EC.Off. J. Eur. CommunitiesL-182:17–19.

Anonymous (1998) Council directive 98/57/EC.Off. J. Eur. CommunitiesL-235:1–39.

10.1128/aem.61.10.3724-3728.1995

10.1016/S0168-1605(97)01241-5

10.1007/BF02854329

10.1007/BF00273930

10.1111/j.1365-2338.1996.tb01511.x

Fegan M. Holoway G. Hayward A. C. Timmis J. (1998) Development of a diagnostic test based on the polymerase chain reaction (PCR) to identify strains of R. solanacearum exhibiting the biovar 2 genotype. in Bacterial wilt disease: molecular and ecological aspects. eds PriorP. H.AllenC.ElphinstoneJ. G. (Springer-Verlag Berlin Germany) pp 34–43.

10.1094/PHYTO.1998.88.8.795

Hayward A. C. (1962) Differentiation, taxonomy and nomenclature of the bacteria causing red stripe and mottled stripe diseases.Maurit. Sugar Ind. Res. Inst. Occas. Paper13:13–27.

10.1146/annurev.py.29.090191.000433

Hayward A. C. Elphinstone J. G. Caffier D. Janse J. D. Stefani E. French E. R. Wright A. J. (1998) Round table on bacterial wilt (Brown Rot) of potato. in Bacterial wilt disease: molecular and ecological aspects. eds PriorP. H.AllenC.ElphinstoneJ. G. (Springer-Verlag Berlin Germany) pp 420–430.

10.1073/pnas.88.16.7276

10.1111/j.1365-2338.1988.tb00385.x

10.1016/S0723-2020(11)80307-3

Kelman A. (1954) The relationship of pathogenicity in Pseudomonas solanacearum to colony appearance on the tetrazolium medium.Phytopathology39:936–946.

10.1093/nar/21.16.3761

10.1128/AEM.64.9.3389-3396.1998

10.1104/pp.108.3.1327

10.1080/09540109509354866

10.1094/PDIS.1999.83.12.1095

10.1094/Phyto-86-993

10.1099/00221287-139-7-1587

Seal S. E. Elphinstone J. G. (1994) Advances in identification and detection of Pseudomonas solanacearum . in Bacterial wilt: the disease and its causative agent Pseudomonas solanacearum. eds HaywardA. C.HartmanG. L. (CAB International Wallingford United Kingdom) pp 35–58.

10.1099/00207713-42-2-281

Stead D. E. Elphinstone J. G. Pemberton A. W. (1996) Potato brown rot in Western Europe. Conference Proceedings—Brighton Crop Protection Conference—Pests and Diseases 1996. (British Crop Protection Council Farnham Surrey United Kingdom) pp 1145–1152.

10.1099/00207713-46-1-10

10.1128/AEM.64.11.4546-4554.1998

Yabuuchi E. Kosako Y. Yano I. Hotta H. Nishiuchi Y. (1995) Transfer of two Burkholderia and Alcaligenes species to Ralstonia gen. nov.—proposal of Ralstonia pickettii (Ralston, Palleroni & Doudororoff, 1973) comb. nov., Ralstonia solanacearum (Smith, 1896) comb. nov. and Ralstonia eutropha (Davis, 1969) comb. nov.Microbiol. Immunol.39:897–904.

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applied and Environmental Microbiology

Tập 66 Số 7

2853-2858

Thông tin tác giả