Phát hiện Clavibacter michiganensis phân loài sepedonicus trong củ khoai tây bằng phương pháp BIO-PCR và hệ thống phát hiện huỳnh quang tự động thời gian thực

Bệnh thối vòng ở khoai tây, do vi khuẩn Clavibacter michiganensis phân loài sepedonicus gây ra, là một trong những bệnh được kiểm soát một cách nghiêm ngặt ở khoai tây trên toàn thế giới. Tổ chức này thường khó phát hiện ở những củ không có triệu chứng do số lượng vi khuẩn thấp và sự phát triển cạnh tranh chậm trên các môi trường có sẵn. Các primer phản ứng chuỗi polymerase (PCR) và một probe huỳnh quang được thiết kế để sử dụng trong hệ thống phát hiện PCR thời gian thực tự động Perkin Elmer 7700 (TaqMan) đã được phát triển từ một đoạn gen DNA đặc hiệu cho C. michiganensis phân loài sepedonicus nhằm phát triển một phương pháp xét nghiệm BIO-PCR cho C. michiganensis phân loài sepedonicus trong các củ khoai tây. Kết quả từ việc sàng lọc các primer với các chủng của C. michiganensis phân loài sepedonicus và các loại vi khuẩn khác cho thấy các primer có tính đặc hiệu. Tổng cộng đã lấy mẫu 30 củ khoai tây nghi ngờ bị nhiễm bệnh thối vòng bằng quy trình chiết xuất lõi và ủ lắc và được xét nghiệm bằng (i) cấy aliquots lên môi trường agar, (ii) PCR cổ điển, và (iii) BIO-PCR. Trong số đó, 4 củ cho kết quả dương tính qua cấy trên agar và thử nghiệm độc lực, 8 củ qua PCR cổ điển TaqMan, và 26 củ qua TaqMan BIO-PCR. Chúng tôi kết luận rằng BIO-PCR kết hợp với hệ thống phát hiện khép kín tự động TaqMan là một phương pháp nhanh chóng, đáng tin cậy trong việc phân tích số lượng lớn các mẫu chiết xuất từ củ khoai tây cho C. michiganensis phân loài sepedonicus. Hơn nữa, đối với một phòng thí nghiệm trung tâm lớn sử dụng số lượng lớn các xét nghiệm PCR, hệ thống TaqMan có thể giảm chi phí trên mỗi mẫu so với phương pháp PCR cổ điển tốn nhiều công sức hơn.