Phát hiện Clavibacter michiganensis phân loài sepedonicus trong củ khoai tây bằng phương pháp BIO-PCR và hệ thống phát hiện huỳnh quang tự động thời gian thực

Plant Disease - Tập 83 Số 12 - Trang 1095-1100 - 1999
N. W. Schaad1, Yvette Berthier‐Schaad2, A. Sechler3, David A. Knorr4
1ARS-USDA Foreign Disease-Weed Science Research Unit, Frederick, MD 21702
2Perkin Elmer, Foster City, CA
3ARS-USDA
4Perkin Elmer

Tóm tắt

Bệnh thối vòng ở khoai tây, do vi khuẩn Clavibacter michiganensis phân loài sepedonicus gây ra, là một trong những bệnh được kiểm soát một cách nghiêm ngặt ở khoai tây trên toàn thế giới. Tổ chức này thường khó phát hiện ở những củ không có triệu chứng do số lượng vi khuẩn thấp và sự phát triển cạnh tranh chậm trên các môi trường có sẵn. Các primer phản ứng chuỗi polymerase (PCR) và một probe huỳnh quang được thiết kế để sử dụng trong hệ thống phát hiện PCR thời gian thực tự động Perkin Elmer 7700 (TaqMan) đã được phát triển từ một đoạn gen DNA đặc hiệu cho C. michiganensis phân loài sepedonicus nhằm phát triển một phương pháp xét nghiệm BIO-PCR cho C. michiganensis phân loài sepedonicus trong các củ khoai tây. Kết quả từ việc sàng lọc các primer với các chủng của C. michiganensis phân loài sepedonicus và các loại vi khuẩn khác cho thấy các primer có tính đặc hiệu. Tổng cộng đã lấy mẫu 30 củ khoai tây nghi ngờ bị nhiễm bệnh thối vòng bằng quy trình chiết xuất lõi và ủ lắc và được xét nghiệm bằng (i) cấy aliquots lên môi trường agar, (ii) PCR cổ điển, và (iii) BIO-PCR. Trong số đó, 4 củ cho kết quả dương tính qua cấy trên agar và thử nghiệm độc lực, 8 củ qua PCR cổ điển TaqMan, và 26 củ qua TaqMan BIO-PCR. Chúng tôi kết luận rằng BIO-PCR kết hợp với hệ thống phát hiện khép kín tự động TaqMan là một phương pháp nhanh chóng, đáng tin cậy trong việc phân tích số lượng lớn các mẫu chiết xuất từ củ khoai tây cho C. michiganensis phân loài sepedonicus. Hơn nữa, đối với một phòng thí nghiệm trung tâm lớn sử dụng số lượng lớn các xét nghiệm PCR, hệ thống TaqMan có thể giảm chi phí trên mỗi mẫu so với phương pháp PCR cổ điển tốn nhiều công sức hơn.

Từ khóa

#clavibacter michiganensis #thối vòng #tách chiết mẫu khoai tây #BIO-PCR #TaqMan

Tài liệu tham khảo

Anonymous. 1987. Scheme for the detection and diagnosis of the ring rot bacterium Corynebacterium sepedonicum in batches of potato tubers. Rep. Eur. 11288. Office Off. Publ. Eur. Communities, Luxembourg.

10.1094/Phyto-83-157

10.1007/BF02854049

10.1007/BF02854878

10.1007/BF02853918

10.1007/BF02854461

10.1094/PD-68-841

10.1094/PD-72-0874

10.1094/PD-76-0830

Demeke T., 1992, BioTechniques, 12, 332

10.1007/BF02987285

10.1139/m94-024

10.1101/gr.4.6.357

10.1094/PHYTO.1997.87.8.853

10.1094/Phyto-83-965

10.1016/0168-1605(92)90017-W

Schaad, N. W. 1988. Initial identification of common genera. In: Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria. APS Press, St. Paul, MN.

Schaad, N. W., Berthier-Schaad, Y., Sechler, A., and Knorr, D. 1998. Use of BIO-PCR and an automated fluorescence detection system for reliable detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers. (Abstr.) Int. Congr. Plant Pathol. Edinburgh, Scotland.

10.1094/Phyto-85-243

10.1094/Phyto-86-993

Schneider J., 1993, FEMS Microbiol. Lett., 109, 207

10.1094/PD-80-0519

Witham P. K., 1996, Appl. Environ. Microbiol., 62, 1347, 10.1128/aem.62.4.1347-1353.1996

Thông tin
Thông tin xuất bản

Plant Disease

Tập 83 Số 12

1095-1100

Thông tin tác giả