Ilan Kirsch1, Zijun Yidan Xu-Monette2, Thomas Snyder3, Ken H. Young2
1Adaptive Biotechnologies, Seattle, WA
2The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX
3Adaptive Biotechnologies, Inc., Seattle, WA
Tóm tắt
Tóm tắt
Ngữ cảnh
Lymphoma B-cell lớn lan tỏa (DLBCL) là một nhóm bệnh không đồng nhất với triệu chứng lâm sàng, đặc điểm hình thái, gen, dấu ấn biểu hiện gen và tiên lượng khác nhau. Một số biến đổi trong diễn biến bệnh nhân và phản ứng với điều trị có thể phản ánh giai đoạn phát triển và/hoặc con đường chuyển đổi cụ thể. Chúng tôi đã tiến hành một cuộc điều tra chi tiết về các đặc điểm phân tử và lâm sàng của một nhóm lớn bệnh nhân mắc DLBCL tại Trung tâm Ung thư MD Anderson. Thông qua những phân tích này, chúng tôi đã bắt đầu phân loại nhóm bệnh nhân này dựa trên các tham số lâm sàng và sinh học đặc trưng. Trong khía cạnh hiện tại của cuộc điều tra này, chúng tôi đã khảo sát sự phổ biến của đột biến somatic hypermutation (SHM) ở các vùng loci immunoglobulin ở những bệnh nhân DLBCL de novo này, sử dụng nền tảng PCR đa dạng và giải trình tự gen thế hệ mới (immunoSEQ) do Adaptive Biotechnologies, Inc. phát triển. Đã được thiết lập trước đó rằng sự có mặt hoặc không có mặt của đột biến somatic hypermutation là một yếu tố tiên lượng độc lập ở bệnh nhân mắc bệnh bạch cầu lympho mãn tính (CLL). Mục tiêu cuối cùng của nỗ lực hợp tác này là xác định xem có tồn tại cơ chế sinh học tương tự giữa đột biến somatic hypermutation và tiên lượng trong quần thể bệnh nhân DLBCL hay tiểu phân gì đó hay không, và liên kết sự có mặt của SHM với các khía cạnh lâm sàng, bệnh lý và phân tử của căn bệnh này.
Mục tiêu
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã khảo sát liệu xét nghiệm immunoSEQ (Adaptive Biotech) có thể được sử dụng một cách đáng tin cậy để phân biệt các dòng chính trong mẫu chẩn đoán từ bệnh nhân mắc DLBCL liên quan đến trạng thái tái sắp xếp của các chuỗi nặng và nhẹ immunoglobulin (kappa và lambda) cũng như sự có mặt hoặc không có mặt của SHM.
Bệnh nhân
Nhóm nghiên cứu bao gồm 200 bệnh nhân DLBCL được điều trị bằng R-CHOP. Những bệnh nhân mắc lymphoma B-cell lớn trung thất sơ cấp, DLBCL da sơ cấp, DLBCL hệ thần kinh trung ương sơ cấp và DLBCL chuyển từ một lymphoma B-cell độ thấp hoặc có liên quan đến nhiễm HIV đã bị loại trừ.
Phương pháp
DNA gen đã được chiết xuất từ các mẫu hạch bạch huyết chuẩn đoán từ các bệnh nhân DLBCL. Các chuỗi nặng và nhẹ immunoglobulin sau đó được khuếch đại độc lập bằng PCR đa dạng với bộ mồi tối ưu hóa. Sau khi giải trình tự gen thế hệ mới, một quy trình sinh học thông tin đã phân cụm các chuỗi thành các clonotype khác nhau để xác định tần suất tổng thể và nhận diện các dòng chẩn đoán. Các gen V, (D,) và J cũng được xác định cho mỗi clonotype, và các đột biến điểm không phải là các biến thể allo germ-line được phân loại là các sự kiện đột biến somatic hypermutation.
Kết quả
Đối với cả IgH và IgL (kappa và lambda), chúng tôi đã xác định được một chuỗi truy cứu chỉ số hơn 90% các mẫu (chúng tôi xác định được một hoặc nhiều chuỗi chẩn đoán chỉ số trong khoảng 70% trường hợp khi sử dụng từng xét nghiệm riêng lẻ). Sử dụng định nghĩa SHM là >2% đột biến điểm trong gen V quan sát được, các mẫu có thể được chia thành ba loại riêng biệt: 1, V(D)J hoặc VJ tái sắp xếp với SHM (50-55%); 2, V(D)J hoặc VJ tái sắp xếp không có SHM (10-25%) và 3, chỉ có DJ rõ ràng (20-40%)
Phần lớn các tái sắp xếp V(D)J hoàn chỉnh là in-frame.
Kết luận
Các xét nghiệm immunoSEQ IgH và IgL có khả năng mạnh mẽ trong việc xác định các chuỗi chính trong các mẫu hạch bạch huyết chẩn đoán từ bệnh nhân DLBCL và phân biệt các dòng mà có chứng cứ của sự đột biến somatic hypermutation. Sự phân bố của SHM trong các mẫu này phù hợp cho các phân tích tương quan và phân tầng tiềm năng trên quần thể bệnh nhân được đặc trưng tốt này, và có khả năng ứng dụng quan trọng trong các bệnh nhân lymphoma B-cell ác tính khác.
Các thông tin tiết lộ
Kirsch: Adaptive Biotechnologies: Việc làm, Sở hữu cổ phần. Snyder: Adaptive Biotechnologies, Inc: Việc làm, Sở hữu cổ phần.
