Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Tương tác DNA-protein ở độ phân giải cao
Tóm tắt
Một phương pháp tinh tế, trên quy mô toàn bộ gen, để xác định các chuỗi DNA chính xác được gắn kết bởi các yếu tố phiên mã đã được phát triển bởi Rhee và Pugh.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Rhee HS, Pugh BF: Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution. Cell. 2011, 147: 1408-1419. 10.1016/j.cell.2011.11.013.
Cui Y, Wang Q, Stormo GD, Calvo JM: A consensus sequence for binding of Lrp to DNA. J Bacteriol. 1995, 177: 4872-4880.
Bulyk ML, Gentalen E, Lockhart DJ, Church GM: Quantifying DNA-protein interactions by double-stranded DNA arrays. Nat Biotechnol. 1999, 17: 573-577. 10.1038/9878.
Bird A: The dinucleotide CG as a genomic signalling module. J Mol Biol. 2011, 409: 47-53. 10.1016/j.jmb.2011.01.056.
Weintraub H, Groudine M: Chromosomal subunits in active genes have an altered conformation. Science. 1976, 193: 848-856. 10.1126/science.948749.
Hesselberth JR, Chen X, Zhang Z, Sabo PJ, Sandstrom R, Reynolds AP, Thurman RE, Neph S, Kuehn MS, Noble WS, Fields S, Stamatoyannopoulos JA: Global mapping of protein-DNA interactions in vivo by digital genomic footprinting. Nat Methods. 2009, 6: 283-289. 10.1038/nmeth.1313.
Boyle AP, Song L, Lee BK, London D, Keefe D, Birney E, Iyer VR, Crawford GE, Furey TS: High-resolution genome-wide in vivo footprinting of diverse transcription factors in human cells. Genome Res. 2011, 21: 456-464. 10.1101/gr.112656.110.
Mikkelsen TS, Xu Z, Zhang X, Wang L, Gimble JM, Lander ES, Rosen ED: Comparative epigenomic analysis of murine and human adipogenesis. Cell. 2010, 143: 156-169. 10.1016/j.cell.2010.09.006.
Ji H, Jiang H, Ma W, Johnson DS, Myers RM, Wong WH: An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data. Nat Biotechnol. 2008, 26: 1293-1300. 10.1038/nbt.1505.
Ohlsson R, Renkawitz R, Lobanenkov V: CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet. 2001, 17: 520-527. 10.1016/S0168-9525(01)02366-6.