Computational methodology for ChIP‐seq analysis

Quantitative Biology - Tập 1 Số 1 - Trang 54-70 - 2013
Hyunjin Shin1, Tao Liu1, Xikun Duan2, Yong Zhang2, X. Shirley Liu1
1<!--1--> Department of Biostatistics and Computational Biology Dana‐Farber Cancer Institute/Harvard School of Public Health Boston MA 02115 USA
2<!--2--> Department of Bioinformatics School of Life Science and Technology Tongji University Shanghai 200092 China

Tóm tắt

Chromatin immunoprecipitation coupled with massive parallel sequencing (ChIP‐seq) is a powerful technology to identify the genome‐wide locations of DNA binding proteins such as transcription factors or modified histones. As more and more experimental laboratories are adopting ChIP‐seq to unravel the transcriptional and epigenetic regulatory mechanisms, computational analyses of ChIP‐seq also become increasingly comprehensive and sophisticated. In this article, we review current computational methodology for ChIP‐seq analysis, recommend useful algorithms and workflows, and introduce quality control measures at different analytical steps. We also discuss how ChIP‐seq could be integrated with other types of genomic assays, such as gene expression profiling and genome‐wide association studies, to provide a more comprehensive view of gene regulatory mechanisms in important physiological and pathological processes.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

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Quantitative Biology

Tập 1 Số 1

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