Chuỗi genome hoàn chỉnh và phân tích so sánh của Pseudomonas putida KT2440 có khả năng trao đổi chất đa dạng

Wiley - Tập 4 Số 12 - Trang 799-808 - 2002
William Nelson1, Christian Weinel2, Ian T. Paulsen1, Robert J. Dodson1, H. Hilbert3, Vítor A. P. Martins dos Santos4, Derrick E. Fouts1, Steven R. Gill1, Mihai Pop1, Megan E. Holmes1, Lauren Brinkac1, Maureen J. Beanan1, Robert T. DeBoy1, Sean C. Daugherty1, James F. Kolonay1, Ramana Madupu1, Owen White1, Jeremy Peterson1, Hoda Khouri1, Ioana R. Hance1, P. Chris Lee1, Erik Holtzapple1, David J. Scanlan1, Kevin Tran1, A. Moazzez1, Teresa R. Utterback1, Michael Rizzo1, K. Lee1, D. Kosack1, D. Moestl3, Holger Wedler3, Jürgen Lauber3, D. Stjepandic5, Jörg D. Hoheisel6, M. Straetz4, Sabina Heim4, Claudia Kiewitz2, Jonathan A. Eisen1, Kenneth N. Timmis4, Andreas Düsterhöft3, Burkhard Tümmler2, Claire M. Fraser1
1J. Craig Venter Institute
2Klinische Forschergruppe
3Qiagen
4Helmholtz Centre for Infection Research (HZI)
5German Cancer Research Center (dkfz
6Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ), Heidelberg, Germany

Tóm tắt

Tóm tắt

Pseudomonas putida là một loại vi khuẩn đất saprophytic có khả năng trao đổi chất đa dạng, đã được chứng nhận là vật chủ an toàn sinh học để cấy ghép các gen ngoại lai. Vi khuẩn này cũng có tiềm năng đáng kể cho các ứng dụng công nghệ sinh học. Phân tích trình tự của bộ gen 6,18 Mb của chủng KT2440 tiết lộ các hệ thống vận chuyển và trao đổi chất đa dạng. Mặc dù có mức độ bảo tồn genome cao với vi khuẩn gây bệnh Pseudomonad Pseudomonas aeruginosa (85% các vùng mã hóa dự đoán được chia sẻ), các yếu tố virulance chính như exotoxin A và hệ thống tiết loại III lại vắng mặt. Phân tích genome cung cấp cái nhìn sâu sắc về bản chất không gây bệnh của P. putida và chỉ ra những ứng dụng tiềm năng mới trong nông nghiệp, xúc tác sinh học, phục hồi sinh học và sản xuất nhựa sinh học.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1093/nar/30.8.1826

10.1016/0378-1119(81)90080-9

10.1007/BF00330838

10.1128/MMBR.63.2.266-292.1999

10.1128/JB.181.20.6254-6263.1999

10.1093/clinids/5.2.279

Bull C., 1981, Purification and properties of protocatechuate 3,4‐dioxygenase from Pseudomonas putida. A new iron to subunit stoichiometry, J Biol Chem, 256, 12673, 10.1016/S0021-9258(18)42947-X

10.1073/pnas.251465298

10.1128/JB.182.22.6339-6346.2000

10.1016/S0065-2911(08)60066-1

10.1046/j.1462-2920.2001.00236.x

10.1073/pnas.95.12.7051

10.1128/JB.182.9.2363-2369.2000

10.1099/00221287-148-2-341

10.1007/978-3-642-98071-8

Federal Register(1982) Certified host–vector systems p.17197.

10.1073/pnas.032514099

10.1074/jbc.274.41.29228

10.1128/JB.183.18.5285-5292.2001

10.1021/bm0000992

Govan J.R., 1981, Isolation of alginate‐producing mutants of Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida and Pseudomonas mendocina, J Gen Microbiol, 125, 217

10.1126/science.295.5560.1722

10.1093/nar/29.1.41

10.1146/annurev.micro.50.1.553

10.1002/ppul.1950120306

10.1016/S0969-2126(99)80006-9

Kojima Y., 1967, Studies on pyrocatechase. I. Purification and spectral properties, J Biol Chem, 242, 3270

10.1128/JB.183.3.843-853.2001

10.1046/j.1365-2958.2001.02344.x

10.1046/j.1365-2958.1999.01178.x

10.1128/MMBR.62.3.725-774.1998

10.1046/j.1462-2920.2002.00310.x

10.1128/jb.179.16.5056-5061.1997

Ohman D.E., 1996, Molecular Biology of Pseudomonads., 472

10.1073/pnas.95.11.6419

10.1046/j.1462-2920.2001.00224.x

10.1128/AEM.66.11.4742-4750.2000

Palleroni N., 1984, Family I. Pseudomonaceae

Poole K., 2001, Multidrug efflux pumps and antimicrobial resistance in Pseudomonas aeruginosa and related organisms, J Mol Microbiol Biotechnol, 3, 255

10.1126/science.3468623

10.1046/j.1462-2920.2002.00368.x

10.1007/BF01574775

10.1128/JB.183.13.3967-3973.2001

10.1038/415497a

10.1093/nar/26.2.544

10.1038/35051736

10.1128/JB.182.5.1215-1225.2000

10.1038/35023079

10.1046/j.1462-2920.2002.00365.x

10.1007/s00253-001-0836-0

10.1016/S0958-1669(00)00212-3

10.1093/nar/29.22.e110

10.1046/j.1462-2920.2002.00331.x

10.1128/JB.183.15.4395-4404.2001

10.1128/JB.120.1.416-423.1974

10.1021/bi025912n

Thông tin
Thông tin xuất bản

Wiley

Tập 4 Số 12

799-808

Thông tin tác giả