Phương pháp mô hình hóa so sánh: Ứng dụng cho họ các protease serine ở động vật có vú
Tóm tắt
Các phương pháp mô hình hóa so sánh được mô tả có thể được sử dụng để xây dựng một cấu trúc mô hình ba chiều của một protein mới từ kiến thức về trình tự gen của nó và cấu trúc thực nghiệm cũng như trình tự của các thành viên khác trong gia đình đồng hóa của nó. Các phương pháp này được minh họa với họ protease serine ở động vật có vú, cho đến nay đã có bảy cấu trúc thực nghiệm được báo cáo trong tài liệu, và hơn 35 trình tự của các thành viên protein khác nhau trong họ này đã được công bố. Chiến lược mô hình hóa các protein này được trình bày, đồng thời các tiêu chí được phát triển để xác định và phân loại độ tin cậy của cấu trúc mô hình. Các tiêu chí được mô tả được thiết kế đặc biệt để giúp phát hiện những trường hợp mà trong đó cấu trúc cục bộ có khả năng khác biệt đáng kể so với hình dạng thông thường của gia đình.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
McLachlan A. D., 1971, Structural similarities between α‐lytic protease of Myxobacter 495 and elastase, Nature [New Biol.], 229, 202, 10.1038/newbio229202a0
Arcoleo J. P., 1982, Hemoglobin binding and its relationship to the serine protease‐like active site of haptoglobin, J. Biol. Chem., 257, 10063, 10.1016/S0021-9258(18)33985-1
Polgar L., 1989, Mechanisms of Protease Action, 87
Blevins R. A., 1985, The refinement and the structure of the dimer of α‐chymotrypsin at 1.67 Å resolution, J. Biol. Chem., 260, 4264, 10.1016/S0021-9258(18)89259-6
Mole J. E., 1984, Complete primary structure for the zymogen of human complement factor B, J. Biol. Chem., 259, 3407, 10.1016/S0021-9258(17)43108-5