Giải trình tự thế hệ mới trong chẩn đoán metagenomic lâm sàng để phát hiện tác nhân gây bệnh
Tóm tắt
Hầu như tất cả các tác nhân gây nhiễm trùng đều chứa genome DNA hoặc RNA, điều này khiến việc giải trình tự trở thành một phương pháp hấp dẫn để phát hiện tác nhân gây bệnh. Chi phí cho giải trình tự cao thông lượng hoặc giải trình tự thế hệ tiếp theo đã giảm đi nhiều lần kể từ khi xuất hiện vào năm 2004, và nó đã nổi lên như một nền tảng công nghệ cho phép cho việc phát hiện và phân loại vi sinh vật trong các mẫu lâm sàng từ bệnh nhân. Bài đánh giá này tập trung vào việc ứng dụng giải trình tự metagenomic thế hệ tiếp theo không nhắm mục tiêu vào chẩn đoán lâm sàng các bệnh truyền nhiễm, đặc biệt trong những lĩnh vực mà các phương pháp chẩn đoán thông thường gặp phải hạn chế. Bài đánh giá bao gồm (a) các công nghệ giải trình tự thế hệ tiếp theo và các nền tảng phổ biến, (b) quy trình kiểm tra giải trình tự thế hệ tiếp theo trong phòng thí nghiệm vi sinh vật học lâm sàng, (c) phân tích tin sinh học của dữ liệu giải trình tự metagenomic thế hệ tiếp theo, (d) xác thực và sử dụng giải trình tự metagenomic thế hệ tiếp theo để chẩn đoán các bệnh truyền nhiễm, và (e) những báo cáo và nghiên cứu trường hợp quan trọng trong lĩnh vực này. Giải trình tự thế hệ tiếp theo là một công nghệ mới có hứa hẹn sẽ nâng cao khả năng của chúng ta trong việc chẩn đoán, điều tra và theo dõi các bệnh truyền nhiễm.
Từ khóa
#giải trình tự thế hệ mới #metagenomic #chẩn đoán lâm sàng #tác nhân gây bệnh #bệnh truyền nhiễmTài liệu tham khảo
Chiu C, 2016, Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice, 68
26. Sinha R, Stanley G, Gulati GS, Ezran C, Travaglini KJ, et al. 2017. Index switching causes “spreading-of-signal” among multiplexed samples in Illumina HiSeq 4000 DNA sequencing. bioRxiv 125724. https://doi.org/10.1101/125724