Phân tích mạng sinh học với CentiScaPe: tích hợp các chỉ số trung tâm và tập dữ liệu thực nghiệm

F1000Research - Tập 3 - Trang 139
Giovanni Scardoni1, Gabriele Tosadori1, Mohammed Faizan2, Fausto Spoto3, Franco Fabbri1, Carlo Laudanna1,4
1Center for Biomedical Computing, University of Verona, Verona, 37134
2Birla Institute of Technology & Science, Goa, 403726
3Department of Computer Science, University of Verona, Verona, 37134
4Department of Pathology and Diagnostics, University of Verona, Verona, 37134

Tóm tắt

Sự gia tăng kích thước và độ phức tạp của dữ liệu thực nghiệm có sẵn tạo ra mạng sinh học đã làm tăng nhu cầu về các công cụ cho phép phân loại các nút theo mức độ liên quan của chúng trong các mạng sinh học. Ở đây, chúng tôi giới thiệu CentiScaPe, một ứng dụng Cytoscape được thiết kế đặc biệt để tính toán các chỉ số trung tâm nhằm xác định các nút quan trọng nhất của một mạng. CentiScaPe là một bộ thuật toán toàn diện dành riêng cho phân tích độ trung tâm của các nút mạng, tính toán nhiều chỉ số trung tâm cho các mạng không có hướng, có hướng và có trọng số. Các kết quả của phân tích hình thái có thể được tích hợp với các tập dữ liệu từ các thí nghiệm trong phòng lab, chẳng hạn như mức độ biểu hiện hoặc phosphoryl hóa của các protein được đại diện trong mạng, bằng cách sử dụng các tính năng đồ họa của công cụ. Điều này mở ra một góc nhìn mới trong phân tích các mạng sinh học, bởi vì việc tích hợp phân tích hình thái với dữ liệu thực nghiệm có thể tăng cường khả năng dự đoán của một phân tích sinh tin học.

Từ khóa

#Mạng sinh học #Phân tích Trung tâm #Tập dữ liệu Thực nghiệm #Cytoscape #Tính toán trung tâm

Tài liệu tham khảo

2007, Scale-Free Networks: Complex Webs in Nature and Technology (Oxford Finance)

H Jeong, 2000, The large-scale organization of metabolic networks., Nature., 407, 651-654, 10.1038/35036627

A Barabási, 2004, Network biology: understanding the cell’s functional organization., Nat Rev Genet., 5, 101-113, 10.1038/nrg1272

S Strogatz, 2001, Exploring complex networks., Nature., 410, 268-276, 10.1038/35065725

K Dirk, 2005, Centrality indices, 16-61, 10.1007/978-3-540-31955-9_3

M Cline, 2007, Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape., Nat Protoc., 2, 2366-2382, 10.1038/nprot.2007.324

R Saito, 2012, A travel guide to Cytoscape plugins., Nat Methods., 9, 1069-76, 10.1038/nmeth.2212

E Dijkstra, 1959, A note on two problems in connexion with graphs., Numerische Mathematik., 1, 269-271, 10.1007/BF01386390

G Scardoni, 2012, Centralities based analysis of complex networks, 10.5772/35846

D Gilbert, JFreeChart

G Scardoni, 2009, Analyzing biological network parameters with CentiScaPe., Bioinformatics., 25, 2857-2859, 10.1093/bioinformatics/btp517

H Currie, 2014, An approach to investigate intracellular protein network responses., Chem Res Toxicol., 27, 17-26, 10.1021/tx400247g

G Scardoni, 2014, F1000Research-centiscapepublic-archive., ZENODO., 10.5281/zenodo.10652

Thông tin
Thông tin xuất bản

F1000Research

Tập 3

139

Thông tin tác giả