Gắn kết tự động với đánh giá năng lượng dựa trên lưới

Journal of Computational Chemistry - Tập 13 Số 4 - Trang 505-524 - 1992
Elaine C. Meng1, Brian K. Shoichet1, Irwin D. Kuntz1
1Department of Pharmaceutical Chemistry, School of Pharmacy, University of California, San Francisco, California 94143-0446

Tóm tắt

Tóm tắtKhả năng tạo ra các định hướng gắn kết khả thi của một phân tử nhỏ trong một trang cấu trúc đã biết là quan trọng đối với thiết kế phân tử gắn ligand. Chúng tôi giới thiệu một phương pháp kết hợp một thuật toán ghép nhanh và hình học với việc đánh giá năng lượng tương tác cơ học phân tử. Chi phí tính toán của việc đánh giá là tối thiểu bởi vì chúng tôi tính trước các thành phần phụ thuộc vào receptor trong hàm tiềm năng tại các điểm trên lưới ba chiều. Trong bốn trường hợp thử nghiệm, nơi các thành phần của các phức hợp đã được xác định về mặt tinh thể học được ghép lại, điểm số "lực trường" nhận dạng đúng nhóm định hướng gần nhất với hình học gắn kết thực nghiệm. Các hàm tính điểm chỉ xem xét các yếu tố không gian hoặc chỉ các yếu tố tĩnh điện thì ít thành công hơn. Hàm lực trường sẽ đóng một vai trò quan trọng trong nỗ lực tìm kiếm cơ sở dữ liệu của chúng tôi để tìm kiếm các hợp chất tiềm năng dẫn đầu.

Từ khóa

#gắn kết tự động #đánh giá năng lượng dựa trên lưới #định hướng gắn kết #tương tác cơ học phân tử #tinh thể học #lực trường #cơ sở dữ liệu #hợp chất tiềm năng dẫn đầu

Tài liệu tham khảo

10.1107/S002188988301078X

10.1002/jcc.540060510

10.1007/BF01677044

10.1016/0022-2836(78)90302-9

10.1016/0022-2836(82)90153-X

10.1021/jm00155a023

10.1002/bip.360250705

10.1002/bip.360260602

10.1002/jcc.540100502

10.1002/prot.340080302

Jian F., 1991, J. Mol. Biol., 219, 79, 10.1016/0022-2836(91)90859-5

10.1021/jm00145a002

10.1021/ja00315a051

10.1002/jcc.540070216

10.1021/jm00399a006

10.1016/0022-2836(91)80222-G

B.K.Shoichet D.L.Bodian andI.D.Kuntz J. Comp. Chem.(in press).

10.1107/S0021889883010985

10.1126/science.6879170

10.1002/prot.340010109

10.1002/jcc.540090407

10.1146/annurev.bb.06.060177.001055

10.1093/protein/2.7.527

10.1021/ja00824a004

10.1107/S0567739477000862

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

Abola E.E., 1987, Crystallographic Databases: Information Content, Software Systems, Scientific Applications, 107

10.1016/S0021-9258(18)33497-5

10.1021/bi00329a038

10.1126/science.3057628

W.N.Lipscomb private communication.

Whitlow M., 1986, J. Am. Chem. Soc., 108, 7164, 10.1021/ja00283a005

10.1002/jcc.540050204

10.1016/0040-4020(80)80168-2

Marsili M., 1980, Croat. Chem. Acta, 53, 601

10.1002/mrc.1270150408

Streitweiser A., 1961, Molecular Orbital Theory for Organic Chemists

10.1021/je60033a020

Molecular Modeling System SYBYL Version 5.4 TRIPOS Associates Inc. St. Louis MO January1991.

10.1021/jm00161a004

A.R.LeachandI.D.Kuntz J. Comp. Chem.(in press).

10.1002/prot.340040104

10.1002/jcc.540110315

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 13 Số 4

505-524

Thông tin tác giả