Gắn kết tự động với đánh giá năng lượng dựa trên lưới
Tóm tắt
Khả năng tạo ra các định hướng gắn kết khả thi của một phân tử nhỏ trong một trang cấu trúc đã biết là quan trọng đối với thiết kế phân tử gắn ligand. Chúng tôi giới thiệu một phương pháp kết hợp một thuật toán ghép nhanh và hình học với việc đánh giá năng lượng tương tác cơ học phân tử. Chi phí tính toán của việc đánh giá là tối thiểu bởi vì chúng tôi tính trước các thành phần phụ thuộc vào receptor trong hàm tiềm năng tại các điểm trên lưới ba chiều. Trong bốn trường hợp thử nghiệm, nơi các thành phần của các phức hợp đã được xác định về mặt tinh thể học được ghép lại, điểm số "lực trường" nhận dạng đúng nhóm định hướng gần nhất với hình học gắn kết thực nghiệm. Các hàm tính điểm chỉ xem xét các yếu tố không gian hoặc chỉ các yếu tố tĩnh điện thì ít thành công hơn. Hàm lực trường sẽ đóng một vai trò quan trọng trong nỗ lực tìm kiếm cơ sở dữ liệu của chúng tôi để tìm kiếm các hợp chất tiềm năng dẫn đầu.
Từ khóa
#gắn kết tự động #đánh giá năng lượng dựa trên lưới #định hướng gắn kết #tương tác cơ học phân tử #tinh thể học #lực trường #cơ sở dữ liệu #hợp chất tiềm năng dẫn đầuTài liệu tham khảo
B.K.Shoichet D.L.Bodian andI.D.Kuntz J. Comp. Chem.(in press).
Abola E.E., 1987, Crystallographic Databases: Information Content, Software Systems, Scientific Applications, 107
W.N.Lipscomb private communication.
Marsili M., 1980, Croat. Chem. Acta, 53, 601
Streitweiser A., 1961, Molecular Orbital Theory for Organic Chemists
Molecular Modeling System SYBYL Version 5.4 TRIPOS Associates Inc. St. Louis MO January1991.
A.R.LeachandI.D.Kuntz J. Comp. Chem.(in press).