Đánh giá sự đa dạng vi khuẩn trong ve bò Rhipicephalus (Boophilus) microplus thông qua phương pháp giải trình tự mã gắn thẻ

BMC Microbiology - Tập 11 Số 1 - 2011
Renato Andreotti1, Adalberto A Pérez de León2, Scot E. Dowd3, Felix D. Guerrero2, Kylie G. Bendele2, Glen A. Scoles4
1EMBRAPA Beef Cattle, BR 262 km. 04, Caixa postal n. 154, Campo Grande, MS, 79.002-970, Brazil
2USDA-ARS Knipling-Bushland U.S. Livestock Insects Research Laboratory, 2700 Fredericksburg Rd, Kerrville, TX, 78028, USA
3Research and Testing Laboratory, Pathogenius, and Spirostat Technologies, 4321 Marsha Sharp Fwy, Lubbock, TX, 79407, USA
4USDA-ARS Animal Disease Research Unit, Washington State University, 3003 ADBF, Pullman, WA, 99164, USA

Tóm tắt

Tóm tắt Nền tảng

Ve được coi là vector quan trọng nhất của các tác nhân gây bệnh ở động vật nuôi và động vật hoang dã. Ve bò, Rhipicephalus (Boophilus) microplus, cản trở sản xuất gia súc ở các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới nơi nó phát sinh. Hệ vi sinh vật của ve vẫn chưa được khám phá nhiều. Mục tiêu của nghiên cứu này là khám phá hệ vi sinh vật của R. microplus bằng cách áp dụng kỹ thuật giải trình tự amplicon pyrosequencing (bTEFAP) được mã hóa bởi thẻ 16S để xác định sự đa dạng vi khuẩn. Việc giải trình tự pyrosequencing được thực hiện trên các mẫu ve trưởng thành đực và cái, trứng, cùng với mô ruột và buồng trứng từ các cá thể cái trưởng thành lấy từ các mẫu R. microplus được thu thập trong các đợt bùng phát ở miền nam Texas.

Kết quả

Dữ liệu thô từ bTEFAP đã được sàng lọc và cắt tỉa dựa trên điểm chất lượng và nhóm vào các bộ mẫu cá nhân. Các loại vi khuẩn được xác định ở cấp độ loài bao gồm Staphylococcus aureus, Staphylococcus chromogenes, Streptococcus dysgalactiae, Staphylococcus sciuri, Serratia marcescens, Corynebacterium glutamicum, và Finegoldia magna. Một trăm hai mươi một chi vi khuẩn đã được phát hiện trong tất cả các giai đoạn sống và mô được lấy mẫu. Tổng số chi vi khuẩn được xác định từ các mẫu ve bao gồm: 53 trong mẫu đực trưởng thành, 61 trong mẫu cái trưởng thành, 11 trong mô ruột, 7 trong mô buồng trứng và 54 trong các tế bào trứng. Các chi vi khuẩn đáng chú ý được phát hiện trong ve bò bao gồm Wolbachia, Coxiella, và Borrelia. Phương pháp phân tử áp dụng trong nghiên cứu này đã cho phép chúng tôi đánh giá sự phong phú tương đối của hệ vi sinh vật gắn liền với R. microplus.

Kết luận

Báo cáo này đại diện cho khảo sát đầu tiên về hệ vi khuẩn trong ve bò sử dụng các phương pháp phân tử không dựa trên nuôi cấy. Việc so sánh kết quả của chúng tôi với các khảo sát vi khuẩn trước đó cung cấp một chỉ báo về sự biến đổi địa lý trong các tập hợp vi khuẩn liên quan đến R. microplus. Các báo cáo bổ sung về việc xác định các loài vi khuẩn mới được duy trì trong tự nhiên bởi R. microplus có thể gây bệnh cho các chủ ký sinh verterbrate sẽ được mong đợi khi hiểu biết của chúng tôi về hệ vi sinh vật của chúng mở rộng. Sự nhận thức ngày càng tăng về vai trò của R. microplus trong việc truyền các vi khuẩn gây bệnh sẽ nâng cao khả năng giảm thiểu tác động kinh tế của nó đối với nông nghiệp động vật toàn cầu. Nhận thức này cần được đưa vào trong các phân tích để đánh giá rủi ro tái xâm nhập của các khu vực như Hoa Kỳ nơi mà R. microplus đã bị tiêu diệt.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

de la Fuente J, Estrada-Peña A, Venzal JM, Kocan KM, Sonenshine DE: Overview: ticks as vectors of pathogens that cause disease in humans and animals. Front Biosc. 2008, 13: 6938-6946. 10.2741/3200.

Grisi L, Massard CL, Moya-Borja GE, Pereira JB: Impacto econômico das principais ectoparasitoses em bovinos no Brasil. A Hora Veterinária. 2002, 21: 8-10.

Dutton JE, Todd JL: The nature of tick fever in the eastern part of the Congo Free State, with notes on the distribution and bionomics of the tick. Br Med J. 1905, 2: 1259-1260.

Ricketts HT: Some aspects of Rocky Mountain spotted fever as shown by recent investigations. Med Rec. 1909, 76: 843-855.

Hotez PJ, Kamath A: Neglected tropical diseases in sub-Saharan Africa: review of their prevalence, distribution, and disease burden. PloS Negl Trop Dis. 2009, 3: e412-10.1371/journal.pntd.0000412.

Heyman P, Cochez C, Hofhuis A, van der Giessen J, Sprong H, Porter SR, Losson B, Saegerman C, Donoso-Mantke O, Niedrig M, Papa A: A clear and present danger: tick-borne diseases in Europe. Expert Rev Anti Infect Ther. 2010, 8: 33-50. 10.1586/eri.09.118.

Parola P, Raoult D: Ticks and tickborne bacterial diseases in humans: an emerging infectious threat. Clin Inf Dis. 2001, 32: 897-928. 10.1086/319347.

Schouls LM, Van De Pol I, Rijpkema SG, Schot CS: Detection and identification of Ehrlichia, Borrelia burgdorferi sensu lato, and Bartonella species in Dutch Ixodes ricinus ticks. J Clin Microbiol. 1999, 37: 2215-2222.

Cowdry EV: A group of microorganisms transmitted hereditarily in ticks and apparently unassociated with disease. J Exp Med. 1925, 41: 817-830. 10.1084/jem.41.6.817.

Noda H, Munderloh UG, Kurtti TJ: Endosymbionts of ticks and their relationship to Wolbachia spp. and tick-borne pathogens of humans and animals. Appl Environ Microbiol. 1997, 63: 3926-3932.

Sacchi L, Bigliardi E, Corona S, Beninati T, Lo N, Franceschi A: A symbiont of the tick Ixodes ricinus invades and consumes mitochondria in a mode similar to that of the parasitic bacterium Bdellovibrio bacteriovorus. Tissue Cell. 2004, 36: 43-53. 10.1016/j.tice.2003.08.004.

Scoles GA: Phylogenetic analysis of the Francisella-like endosymbionts of Dermacentor ticks. J Med Entomol. 2004, 41: 277-286. 10.1603/0022-2585-41.3.277.

Burgdorfer W, Brinton LP, Hughes LE: Isolation and characterization of symbionts from the Rocky Mountain wood tick, Dermacentor andersoni. J Invert Pathol. 1973, 22: 424-434. 10.1016/0022-2011(73)90173-0.

Clay K, Klyachko O, Grindle N, Civitello D, Oleske D, Fuqua C: Microbial communities and interactions in the lone star tick, Amblyomma americanum. Mol Ecol. 2008, 17: 4371-4381. 10.1111/j.1365-294X.2008.03914.x.

Vilcins IE, Fournier P, Old JM, Deane E: Evidence for the presence of Francisella and spotted fever group Rickettsia DNA in the tick Amblyomma fimbriatum (Acari: Ixodidae), Northern territory, Australia. J Med Entomol. 2009, 46: 926-933. 10.1603/033.046.0427.

Rymaszewska A: Symbiotic bacteria in oocyte and ovarian cell mitochondria of the tick Ixodes ricinus: biology and phylogenetic position. Parasitol Res. 2007, 100: 917-920. 10.1007/s00436-006-0412-8.

Macaluso KR, Sonenshine DE, Ceraul SM, Azad AF: Rickettsial infection in Dermacentor variabilis (Acari: Ixodidae) inhibits transovarial transmission of a second Rickettsia. J Med Entomol. 2002, 39: 809-813. 10.1603/0022-2585-39.6.809.

de la Fuente J, Blouin EF, Kocan KM: Infection exclusion of the rickettsial pathogen Anaplasma marginale in the tick vector Dermacentor variabilis. Clin Diagn Lab Immun. 2003, 10: 182-184.

Dowd SE, Sun Y, Wolcott RD, Domingo A, Carroll JA: Bacterial tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP) for microbiome studies: bacterial diversity in the ileum of newly weaned Salmonella-infected pigs. Foodborne Pathog Dis. 2008, 5: 459-472. 10.1089/fpd.2008.0107.

Dowd SE, Callaway TR, Wolcott RD, Sun Y, McKeehan T, Hagevoort RG, Edrington TS: Evaluation of the bacterial diversity in the feces of cattle using 16S rDNA bacterial tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP). BMC Microbiol. 2008, 8: 125-10.1186/1471-2180-8-125.

Jones TR, Knight R, Martin AP: Bacterial communities of disease vectors sampled across time, space, and species. ISME J. 2010, 4: 223-231. 10.1038/ismej.2009.111.

Acosta-Martínez V, Dowd S, Sun Y, Allen V: Tag-encoded pyrosequencing analysis of bacterial diversity in a single soil type as affected by management and land use. Soil Biol Chem. 2008, 40: 2762-2770.

Amoo AO, Dipeolu OO, Akinboade AO, Adeyemi A: Bacterial isolation from and transmission by Boophilus decoloratus and Boophilus geigyi. Folia Parasitol. 1987, 34: 69-74.

Murrel A, Dobson SJ, Yang X, Lacey E, Barker SC: A survey of bacterial diversity in ticks, lice and fleas from Australia. Parasitol Res. 2003, 89: 326-334.

Devriese LA, Baele M, Vaneechoutte M, Martel A, Haesebrouk F: Identification and antimicrobial susceptibility of Staphylococcus chromogenes isolates from intramammary infections of dairy cows. Vet Microbiol. 2002, 87: 175-182. 10.1016/S0378-1135(02)00047-0.

Andresen LO, Ahrens P, Daugaard L, Bille-Hansen V: Exudative epidermitis in pigs caused by toxigenic Staphylococcus chromogenes. Vet Microbiol. 2005, 105: 291-300. 10.1016/j.vetmic.2004.12.006.

Garvie EI, Farrow JAE, Bramley AJ: Streptococcus dysgalactiae (Diernhofer) nom. rev. Int J Syst Bacteriol. 1983, 33: 404-405. 10.1099/00207713-33-2-404.

Bannerman DD, Paape MJ, Goff JP, Kimura K, Lippolis JD, Hope JC: Innate immune response to intramammary infection with Serratia marcescens and Strepococcus uberis. Vet Res. 2004, 35: 681-700. 10.1051/vetres:2004040.

Yano T, Moe KK, Yamazaki K, Ooka T, Hayashi T, Misawa N: Identification of candidate pathogens of papillomatous digital dermatitis in dairy cattle from quantitative 16S rRNA clonal analysis. Vet Microbiol. 2010, 143: 352-362. 10.1016/j.vetmic.2009.12.009.

Nagase N, Sasaki A, Yamashita K, Shimizu A, Wakita Y, Kitai S, Kawano J: Isolation and species distribution of staphylococci from animal and human skin. J Vet Med Sci. 2002, 64: 245-250. 10.1292/jvms.64.245.

Liebl W: From Corynebacterium Taxonomy. Handbook of Corynebacterium glutamican. Edited by: Eggeling L, Bott M. 2005, Florida: Taylor & Francis Group, 9-36. full_text.

Rahman MH, Rahman MM: Occurrence of some bacterial isolates in ticks found in Madhupur Forest Area. Bang Vet Jour. 1980, 14: 43-47.

Smith RD, Brener J, Osorno M, Ristic M: Pathobiology of Borrelia theileri in the tropical cattle tick, Boophilus microplus. J Invertebr Pathol. 1978, 32: 182-190. 10.1016/0022-2011(78)90028-9.

Brum JGW, Teixeira MO: Acaricidal activity of Cedecea lapagei on engorged females of Boophilus microplus exposed to the environment. Arq Bras Med Vet Zoot. 1992, 44: 543-544.

Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI: The human microbiome project. Nature. 2007, 449: 804-810. 10.1038/nature06244.

Schabereiter-Gurtner C, Lubitz W, Rölleke S: Application of broad-range 16S rRNA PCR amplification and DGGE fingerprinting for detection of tick-infecting bacteria. J Microbiol Meth. 2003, 52: 251-260. 10.1016/S0167-7012(02)00186-0.

Heise SR, Elshahed MS, Little SE: Bacterial diversity in Amblyomma americanum (Acari: Ixodidae) with a focus on members of the genus Rickettsia. J Med Entomol. 2010, 47: 258-268. 10.1603/ME09197.

Afzelius BA, Alberti G, Dallai R, Godula J, Witalinski W: Virus- and Rickettsia-infected sperm cells in arthropods. J Invertebr Path. 1989, 53: 365-377. 10.1016/0022-2011(89)90102-X.

Joseph L, Josekumar VS, George PV: Detection of antimicrobial activity in accessory gland secretions of the virgin male red palm weevil, Rhynchophorus ferrugineus. Internet J Microbiol. 2009, 7: 1-

Otti O, Naylor RA, Siva-Jothy MT, Reinhardt K: Bacteriolytic activity in the ejaculate of an insect. Am Nat. 2009, 174: 292-295. 10.1086/600099.

Hendry DA, Rechav Y: Acaricidal bacterial infecting laboratory colonies of the tick Boophilus decoloratus (Acarina: Ixodidae). J Invertebr Pathol. 1981, 38: 149-151. 10.1016/0022-2011(81)90044-6.

Fierer N, Lauber CL, Zhou N, McDonald D, Costello EK, Knight R: Forensic identification using skin bacterial communities. PNAS. 2010, 107: 6477-6481. 10.1073/pnas.1000162107.

Iwase T, Uehara Y, Shinji H, Tajima A, Seo H, Takada K, Agata T, Mizunoe Y: Staphylococcus epidermidis Esp inhibits Staphylococcus aureus biofilm formation and nasal colonization. Nature. 2010, 456: 346-349. 10.1038/nature09074.

Steinhaus EA: The microbial flora of the Rocky Mountain Wood Tick, Dermacentor andersoni Stiles. J Bacteriol. 1942, 44: 397-404.

Ahmed LS, Dosoky RM: Some bacterial isolates from Boophilus annulatus ticks under natural conditions in Assiut Governorate. Assuit Vet Med J. 1986, 15: 199-202.

El Kammah KM, Oyoun LMI, Abdel-Shafy S: Detection of microogranisms in the saliva and midgut smears of different tick species (Acari: Ixodoidea) in Egypt. J Egypt Soc Parasitol. 2007, 37: 533-539.

Labruna MB, Naranjo V, Mangold AJ, Thompson C, Estrada-Pena A, Guglielmone AA, Jongejan F, de la Fuente J: Allopatric speciation in ticks: gentic and reproductive divergence between geographic strains of Rhipicephalus (Boophilus) microplus. BMC Evol Biol. 2009, 9: 46-10.1186/1471-2148-9-46.

Hongoh Y, Deevong P, Inoue T, Moriya S, Trakulnaleamsai S, Ohkuma M, Vongkaluang C, Noparatnaraporn N, Kudo T: Intra- and interspecific comparsions of bacterial diversity and community structure support coevolution of gut microbiota and termite host. Appl Environ Microb. 2005, 71: 6590-6599. 10.1128/AEM.71.11.6590-6599.2005.

Dethlefsen L, McFall-Ngai M, Relman DA: An ecological and evolutionary perspective on human-microbe mutualism and disease. Nature. 2007, 449: 811-818. 10.1038/nature06245.

Klyachko O, Stein BD, Grindle N, Clay K, Fuqua C: Localization and visualization of a Coxiella-type symbiont within the lone star tick, Amblyomma americanum. Appl Environ Microb. 2007, 73: 6584-6594. 10.1128/AEM.00537-07.

Jasinskas A, Zhong J, Barbour AG: Highly prevalent Coxiella sp. bacterium in the tick vector Amblyomma americanum. Appl Environ Microb. 73: 334-336. 10.1128/AEM.02009-06.

Padbidri VS, Rodrigues JJ, Shetty PS, Joshi MV, Rao BL, Shukla RN: Tick-borne rickettsioses in Pune district, Maharashtra, India. Int J Zoonoses. 1984, 11: 45-52.

Wen B, Cao W, Pan H: Ehrlichiae and ehrlichial diseases in China. Ann NY Acad Sci. 2003, 990: 45-53. 10.1111/j.1749-6632.2003.tb07335.x.

Ghosh S, Azhahianambi P, Yadav MP: Upcoming and future strategies of tick control: a review. J Vect Borne Dis. 2007, 44: 79-89.

Zhong J, Jasinskas A, Barbour AG: Antibotic treatment of the tick vector Amblyomma americanum reduced reproductive fitness. PLoS ONE. 2007, 2: e405-10.1371/journal.pone.0000405.

Mediannikov O, Sekeyová Z, Birg ML, Raoult D: A novel obligate intracellular gamma-proteobacterium associated with Ixodid ticks, Diplorickettsia massiliensis, gen. nov., sp. nov. PLoS ONE. 2010, 5: e11478-10.1371/journal.pone.0011478.

Matton P, Van Melckebeke H: Bovine borreliosis: comparison of simple methods for detection of the spirochaete in the blood. Trop Anim Hlth Prod. 1990, 22: 147-152. 10.1007/BF02241005.

Wen B, Jian R, Zhang Y, Chen R: Simultaneous detection of Anaplasma marginale and a new Ehrlichia species closely related to Ehrlichia chaffeensis by sequences analyses of 16S ribosomal DNA in Boophilus microplus ticks from Tibet. J Clin Microbiol. 2002, 40: 3286-3290. 10.1128/JCM.40.9.3286-3290.2002.

Smith RD, Miranpuri GS, Adams JH, Ahrens EH: Borrelia theileri: isolation from ticks (Boophilus microplus) and tick-borne transmission between splenectomized calves. Am J Vet Res. 1985, 46: 1396-1398.

Callow LL, Hoyte HMD: Transmission experiments using Babesia bigemina, Theileria mutans, Borrelia sp. and the cattle tick, Boophilus microplus. Aust Vet J. 1961, 73: 381-390. 10.1111/j.1751-0813.1961.tb03790.x.

Rodríguez Vivas RI, Cen Aguilar F, Domínguez Alpízar JL, Cob Galera LA, Solís Calderon JJ: Detección de espiroquetas del género Borrelia en hemolinfas de teleoginas de Boophilus microplus en el estado de Yucatán, México. Vet Mex. 1996, 27: 187-188.

Rezende J, Kessler RH, Soares CO, Martins OP: Ocorrência de Borrelia spp. em cultura de células embrionárias do carrapato Boophilus microplus (Acari: Ixodidae) no estado do Mato Grosso do Sul, Brasil. Rev Brasileira Parasitol Veter. 2008, 17: 50-52.

Rich SM, Armstrong PM, Smith RD, Telford SR: Lone star tick-infecting Borrelia are most closely related to the agent of bovine borreliosis. J Clin Microbiol. 2001, 39: 494-497. 10.1128/JCM.39.2.494-497.2001.

Spielman A, Pollack RJ, Telford SR: The origins and course of the present outbreak of Lyme disease. Ecology and environmental management of Lyme Disease. Edited by: Ginsberg HS. 1992, New Jersey: Rutgers University Press, 83-96.

Yparraguirre LA, Machado-Ferreira E, Ullmann AJ, Piesman J, Zeidner NS, Soares CAG: A hard tick relapsing fever group spirochete in a Brazilian Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Vector-Borne Zoonot Dis. 2007, 7: 717-721. 10.1089/vbz.2007.0144.

Moreira LA, Iturbe-Ormaetxe I, Jeffery JA, Lu G, Pyke AT, Hedges LM, Rocha BC, Hall-Mendelin S, Day A, Riegler M, Hugo LE, Johnson KN, Kay BH, McGraw EA, van den Hurk AF, Ryan PA, O'Neill SL: A Wolbachia symbiont in Aedes aegypti limits infection with Dengue, Chikungunya, and Plasmodium. Cell. 2009, 139: 1268-1278. 10.1016/j.cell.2009.11.042.

Vavre F, Fleury F, Lepetit D, Fouillet P, Bouletreau M: Phylogenetic evidence for horizontal transmission of Wolbachia in host-parasitoid associations. Mol Biol Evol. 1999, 16: 1711-1723.

Ahrens ME, Shoemaker D: Evolutionary history of Wolbachia infections in the fire ant Solenopsis invicta. BMC Evol Biol. 2005, 5: 35-10.1186/1471-2148-5-35.

Viljakainen L, Reuter M, Pamilo P: Wolbachia tranmission dynamics in Formica wood ants. BMC Evol Biol. 2008, 8: 55-10.1186/1471-2148-8-55.

Moreira LA, Saig E, Turley AP, Ribeiro JMC, O'Neil SL, McGraw EA: Human probing behavior of Aedes aegypti when infected with a life-shortening strain of Wolbachia. PLoS Negl Trop Dis. 2009, 3: e568-10.1371/journal.pntd.0000568.

Fogaça AC, Lorenzini DM, Kaku LM, Esteves E, Bulet P, Daffre S: Cysteine-rich antimicrobial peptides of the cattle tick Boophilus microplus: isolation, structural characterization and tissue expression profile. Dev Comp Immunol. 2004, 28: 191-200.

Fogaça AC, Almeidae IC, Eberlin MN, Tanaka AS, Bulet P, Daffre S: Ixodidin, a novel antimicrobial peptide from the hemocytes of the cattle tick Boophilus microplus with inhibitory activity against serine proteinases. Peptides. 2006, 27: 667-674.

Pereira LS, Oliveira PL, Barja-Fidalgo C, Daffre S: Production of reactive oxygen species by hemocytes from the cattle tick Boophilus microplus. Exp Parasitol. 2001, 99: 66-72. 10.1006/expr.2001.4657.

Santos IK, Valenzuela JG, Ribeiro JM, de Castro M, Costa JN, Costa AM, da Silva ER, Neto OB, Rocha C, Daffre S, Ferreira BR, da Silva JS, Szabó MP, Bechara GH: Gene discovery in Boophilus microplus, the cattle tick. Ann NY Acad Sci. 2006, 1026: 242-246. 10.1196/annals.1307.037.

Parola P, Cornet JP, Sanogo YO, Miller RS, Van Thien H, Gonzalez JP, Raoult D, Telford SR, Wongsrichanalai C: Detection of Ehrlichia spp., Anaplasma spp., Rickettsia spp., and other eubacteria in ticks from the Thai-Mynmar border and Vietnam. J Clin Microbiol. 2003, 41: 1600-1608. 10.1128/JCM.41.4.1600-1608.2003.

Robinson JB, Eremeeva ME, Olson PE, Thornton SA, Medina MJ, Sumner JW, Dasch GA: New approaches to detection and identification of Rickettsia africae and Ehrlichia ruminatium in Amblyomma variegatum (Acari: Ixodidae) Ticks From the Caribbean. J Med Entomol. 2009, 46: 942-951. 10.1603/033.046.0429.

Estrada-Peña A, Jongejan F: Ticks feeding on humans: a review of records on human-biting Ixodoidea with special reference to pathogen transmission. Exp Appl Acarol. 1999, 23: 685-715.

Girotto A, Zangirolando A, Teixeira Y, Vidotto O: Parasitism by Rhipicephalus (Boophilus) microplus (Canestrini, 1887) in humans in the northern part of Parana State, Brazil. 13th International Congress of Acarology Abstract Book: 23-27 August 2010; Brazil. Edited by: de Moraes GJ, Castilho RC, Flechtmann. 2010, 92-93.

Miller RJ, Li AY, Tijerina M, Davey RB, George JE: Differential response to diazinon and coumaphos in a strain of Boophilus microplus (Acari: Ixodidae) collected in Mexico. J Med Entomol. 2008, 45: 905-911. 10.1603/0022-2585(2008)45[905:DRTDAC]2.0.CO;2.

Gontcharova V, Youn E, Wolcott RD, Hollister EB, Gentry TJ, Dowd SE: Black box chimera check (B2C2): a windows-based software for batch depletion of chimeras from bacterial 16S rRNA gene datasets. Open Microbiol J. 2010, 4: 47-52. 10.2174/1874285801004010047.

Schloss PD, Handlesman J: Introducing DOTUR, a computer program for defining operational taxonomic units and estimating species richness. Appl Environ Microbiol. 2005, 71: 1501-1506. 10.1128/AEM.71.3.1501-1506.2005.