Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Ansig for Windows: Một chương trình máy tính tương tác cho việc gán bán tự động phổ NMR của protein
Tóm tắt
Việc gán các phổ NMR là một điều kiện tiên quyết để xác định cấu trúc của protein bằng cách sử dụng NMR. Thời gian dành cho việc gán tương đối dài so với thời gian dành cho các phần khác trong quá trình xác định cấu trúc protein, nhưng nó có thể được rút ngắn bằng cách sử dụng các chương trình máy tính tương tác hoặc hoàn toàn tự động. Để tận dụng những ưu điểm của cả hai loại chương trình, chúng tôi đã phát triển một phiên bản của chương trình gán tương tác ANSIG để bao gồm các quy trình tự động hóa, nhưng vẫn dưới sự giám sát của người dùng. Chương trình mới bao gồm các công cụ cho (i) gán tuần tự bán tự động, (ii) vẽ đồ thị khoảng cách từ các tệp cấu trúc PDB trực tiếp trong các phổ NMR và (iii) phân tích thống kê các vi phạm ràng buộc khoảng cách với khả năng phóng to trực tiếp đến các NOE vi phạm trong các phổ NOESY.
Từ khóa
#NMR #protein #gán phổ #phân tích thống kê #NOESYTài liệu tham khảo
Bartels, C., Xia, T., Billeter, M., Güntert, P. and Wüthrich, K. (1995) J. Biomol. NMR, 6, 1–10.
Bartels, C., Güntert, P., Billeter, M. and Wüthrich, K. (1997) J. Comput. Chem., 18, 139–149.
Brünger, A.T. (1992) X-PLOR (Version 3.1) A system for X-ray Crystallography and NMR, Yale University Press, New Haven, CT.
Brünger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., DeLano, W.L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S., Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T. and Warren, G.L. (1998) Acta Crystallogr., D54, 905–921.
Cavanagh, J., Fairbrother, W.J., Palmer III, A.G. and Skelton, N.J. (1996) Protein NMR Spectroscopy, Academic Press, San Diego, CA.
Garrett, D.S., Powers, R., Gronenborn, A.M. and Clore, G.M. (1991) J. Magn. Reson., 95, 214–220.
Grzesiek, S., Anglister, J. and Bax, A. (1993) J. Magn. Reson., 101, 114–119. 336
Johnson, B.A. and Blevins, R.A. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 603–614.
Kjaer, M., Andersen, K.V. and Poulsen, F.M. (1994) Methods Enzymol., 239, 288–307.
Kraulis, P.J. (1989) J. Magn. Reson., 84, 627–633.
Kraulis, P.J. (1994) J. Mol. Biol., 243, 696–718.
Kraulis, P.J., Domaille, P.J., Campbell-Burk, S.L., Van Aken, T. and Laue, E.D. (1994) Biochemistry, 33, 3515–3531.
Neidig, K.-P., Geyer, M., Görler, A., Antz, C., Saffrich, R., Beneicke, W. and Kalbitzer, H.R. (1995) J. Biomol. NMR, 6, 255–270.
Nilges, M., Macias, M.J., O'Donoghue, S.I. and Oschkinat, H. (1997) J. Mol. Biol., 269, 408–422.
Roberts, G.C.K. (Ed.) (1993) NMR of Macromolecules, IRL Press, Oxford.
Wüthrich, K. (1986) NMR of Proteins and Nucleic Acids, John Wiley & Sons, New York, NY.
Zimmerman, D., Kulikowski, C., Wang, L., Lyons, B. and Montelione, G.T. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 241–256.