Phân tích dữ liệu biểu hiện gen bằng cách sử dụng bản đồ tự tổ chức

FEBS Letters - Tập 451 - Trang 142-146 - 1999
Petri Törönen1, Mikko Kolehmainen2, Garry Wong1, Eero Castrén1,3
1A.I. Virtanen Institute, University of Kuopio, Box 1627, 70211 Kuopio, Finland
2Department of Environmental Sciences, University of Kuopio, Box 1627, 70211 Kuopio, Finland
3Department of Psychiatry, University of Kuopio, Box 1627, 70211 Kuopio, Finland

Tóm tắt

Các công nghệ vi mạch DNA cùng với thông tin chuỗi gen đang gia tăng nhanh chóng đã dẫn đến một cuộc bùng nổ dữ liệu biểu hiện gen có sẵn. Hiện nay, có một nhu cầu lớn về những phương pháp hiệu quả để phân tích và trực quan hóa những tập dữ liệu khổng lồ này. Bản đồ tự tổ chức (SOM) là một thuật toán học mạng nơ-ron không giám sát đã được sử dụng thành công để phân tích và tổ chức các tệp dữ liệu lớn. Chúng tôi đã áp dụng thuật toán SOM để phân tích dữ liệu biểu hiện gen của nấm men đã được công bố và cho thấy rằng SOM là một công cụ xuất sắc cho việc phân tích và trực quan hóa các hồ sơ biểu hiện gen.

Từ khóa

#phân tích dữ liệu biểu hiện gen #bản đồ tự tổ chức #vi mạch DNA #nấm men

Tài liệu tham khảo

10.1038/4462 10.1126/science.278.5338.680 10.1126/science.282.5389.699 10.1091/mbc.9.12.3273 10.1126/science.283.5398.83 10.1073/pnas.95.25.14863 Kohonen T. (1995) Self-Organizing Maps Springer Berlin. Simula O. and Kangas J. (1995) in: Neural Networks for Chemical Engineers (Bulsari A.B. Ed.) pp. 371–384 Elsevier Science Amsterdam. Ultsch A. and Siemon H.P. (1990) in: Proc. INNC’90 Int. Neural Network Conf. Dordrecht Netherlands pp. 305–308. 10.1016/S0166-2236(98)01342-3 10.1109/T-C.1969.222678 Koikkalainen P. (1994) in: Proceedings of the 11th European Conference on Artificial Intelligence (Cohn A. Ed.) pp. 211–215 Wiley and Sons New York. 10.1073/pnas.96.6.2907
Thông tin
Thông tin xuất bản

FEBS Letters

Tập 451

142-146

Thông tin tác giả