Một bài kiểm tra truyền dẫn/không cân bằng mở rộng (TDT) cho các vị trí chỉ thị đa alen

Annals of Human Genetics - Tập 59 Số 3 - Trang 323-336 - 1995
Pak C. Sham1, David Curtis2
1Department of Psychological Medicine, Institute of Psychiatry, De Crespigny Park, Denmark Hill, London SE5 8AF
2*Department of Biostatistics & Computing, Institute of Psychiatry, De Crespigny Park, Denmark Hill, London SE5 8AF

Tóm tắt

TÓM TẮT

Bài kiểm tra truyền dẫn/ không cân bằng (TDT) đã được Spielman và cộng sự (1993) giới thiệu gần đây như một bài kiểm tra cho liên kết và không cân bằng liên kết. Bài kiểm tra này dựa trên xác suất không đồng đều của việc truyền hai alen chỉ thị khác nhau từ cha mẹ vào con cái bị ảnh hưởng, khi vị trí chỉ thị và vị trí bệnh giả thuyết được liên kết và ở trong trạng thái không cân bằng liên kết. Xác suất truyền đột biến chỉ thị cho con cái bị ảnh hưởng phụ thuộc vào kiểu gen cha mẹ đã được Ott (1989) phát triển cho một chỉ thị bialen và một rối loạn lặn không có bản sao sinh thái. Ở đây, chúng tôi phát triển xác suất truyền cho một vị trí chỉ thị đa alen và một mô hình bệnh đơn vị tổng quát trong một mẫu ngẫu nhiên của những cá thể bị ảnh hưởng từ một quần thể giao phối ngẫu nhiên. Hình thức của những xác suất truyền này gợi ý một sự mở rộng của TDT cho các vị trí chỉ thị đa alen, trong đó giả thuyết thay thế được hạn chế để tính đến mẫu hình có thể của việc truyền không đồng đều khi tỷ lệ tái tổ hợp gần bằng 0. Chúng tôi cho thấy cách mà TDT mở rộng của chúng tôi có thể được thực hiện bằng phần mềm tiêu chuẩn cho hồi quy logistic, mặc dù chúng tôi cũng đã viết chương trình riêng của mình và có sẵn theo yêu cầu. Chúng tôi đã đánh giá sức mạnh gần đúng của bài kiểm tra dưới một loạt các giả định thực tế, và dường như bài kiểm tra thường có sức mạnh tốt khi không cân bằng liên kết mạnh và nếu bệnh là lặn.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Bradley R. A., 1952, Rank analysis of incomplete block designs. 1. The method of paired comparisons., Biometrika, 39, 324

10.1101/SQB.1986.051.01.003

Clarke C. A., 1961, Progress in medical genetics, 81

Falconer D. S., 1981, Introduction to Quantitative Genetics, 4

10.1111/j.1469-1809.1987.tb00875.x

10.1002/ajmg.1320310125

Hodge S. E., 1993, Linkage analysis versus association analysis: distinguishing between two models that explain disease marker associations., Am. J. Hum. Genet., 53, 567

Hodge S. E., 1994, Reply to Suarez and Hampe and Spielman et al.: cosegregation, association, and linkage., Am. J. Hum. Genet., 54, 560

Jorde L. B., 1993, Linkage disequilibrium in the neurofibromatosis 1 (NF1) region: implications for gene mapping., Am. J. Hum. Genet., 53, 1038

Jorde L. B., 1994, Linkage disequilibrium predicts physical distance in the adenomatous polyposis coli region., Am. J. Hum. Genet., 54, 884

Kendall M. G., 1979, Inference and Relationship, 240

Knapp M., 1993, The haplotype‐relative risk (HRR) method for analysis of association in nuclear families., Am. J. Hum. Genet., 52, 1085

10.1159/000154187

10.1002/gepi.1370060124

Oudet C., 1993, Linkage disequilibrium between the fragile X mutation and two closely linked CA repeats suggests that fragile X chromosomes are derived from a small number of founder chromosomes., Am. J. Hum. Genet., 52, 297

10.1001/archpsyc.1991.01810310073013

10.1016/0198-8859(81)90148-8

Schaid D. J., 1993, Genotype relative risks: methods for design and analysis of candidate‐gene association studies., Am. J. Hum. Genet., 53, 1114

Schaid D. J., 1994, Comparison of statistics for candidate‐gene association studies using cases and parents., Am. J. Hum. Genet., 55, 402

Spielman R. S., 1993, Transmission test for linkage disequilibrium: the insulin gene region and insulin‐dependent diabetes mellitus (IDDM)., Am. J. Hum. Genet., 52, 506

Spielman R. S., 1994, The transmission/disequilibrium test detects cosegregation and linkage., Am. J. Hum. Genet., 54, 559

Suarez B. K., 1994, Linkage and association., Am. J. Hum. Genet., 54, 554

10.1159/000154096

Yu C. E., 1994, The Apolipoprotein E/CI/CII gene cluster and late onset Alzheimer disease., Am. J. Hum. Genet., 54, 631

Thông tin
Thông tin xuất bản

Annals of Human Genetics

Tập 59 Số 3

323-336

Thông tin tác giả