Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Một phương pháp xấp xỉ xác suất cho một phả hệ có vòng lặp
Tóm tắt
Bài báo này trình bày một phương pháp xấp xỉ mới cho xác suất của một phả hệ có vòng lặp, dựa trên việc cắt tất cả các vòng lặp và mở rộng phả hệ tại các điểm cắt. Một chiến lược cắt vòng lặp tối ưu và một kỹ thuật mở rộng lặp được trình bày. Xác suất cho một phả hệ có vòng lặp sau đó được xấp xỉ bằng xác suất có điều kiện cho toàn bộ phả hệ cắt-mở rộng được cho phần mở rộng. Các xác suất xấp xỉ được so sánh với các xác suất chính xác thu được bằng cách sử dụng chương trình MENDEL cho một số phả hệ nhỏ có vòng lặp. Phương pháp xấp xỉ này hiệu quả cho các phả hệ lớn với các vòng lặp phức tạp về tốc độ tính toán và yêu cầu bộ nhớ.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Amos CI, Wilson AF, Rosenbaum PA, Srinivasan SR, Webber LS, Elston RC, Berenson G (1986) An approach to the multivariate analysis of high-density lipoprotein cholesterol in a large kindred: The Bogalusa heart study. Genet Epidemiol 3:255–267
Cannings C, Thompson EA, Skolnick EH (1978) Probability functions on complex pedigrees. Adv Appl Prod 10:26–61
Elston RC, Stewart J (1971) A general model for the genetic analysis of pedigree data. Hum Hered 21:523–542
Fernando RL, Stricker C, Elston RC (1993) An efficient algorithm to compute the posterior genotypic distribution for every member of a pedigree without loops. Theor Appl Genet 87:89–93
Guo SW, Thompson EA (1994) Monte Carlo estimation of mixed models for large complex pedigrees. Biometrics 50:417–432
Janss LLG, van der Werf JHG, van Arendonk JAM (1992) Detection of a major gene using segregation analysis in data from several generations. In: Proc Eur Assoc Anim Prod, Madrid, pp 144
Lange K (1991) Documentation for MENDEL, Version 3.0. Technical report, Department of Biomathematics, University of California, Los Angeles, California
Lange K, Boehnke M (1983) Extensions to pedigree analysis. V. Optimal calculation of Medelian likelihoods. Hum Hered 33: 291–301
Lange K, Elston RC (1975) Extensions to pedigree analysis. I. Likelihood calculations for simple and complex pedigrees. Hum Hered 25:95–105
Lange K, Matthysses S (1989) Simulation of pedigree genotypes by random walks. Am J Hum Genet 45:959–970
Lange K, Sobel E (1991) A random walk method for computing genetic location scores. Am J Hum Genet 49:1320–1334
Sheehan N, Thomas A (1993) On the irreducibility of a Markov chain defined on a space of genotype configuration by a sample scheme. Biometrics 49:163–175
Stricker C, Fernando RL, Elston RC (1995) An algorithm to approximate the likelihood for pedigree data with loops by cutting. Theor Appl Genet 91:1054–1063
Thomas A (1986a) Approximate computations of probability functions for pediaree analysis. IMA J Math Appl Med Biol 3: 157–166
Thomas A (1986b) Optimal computations of probability functions for pedigree analysis. IMJ J Math Appl Med Biol 3:167–178
Thomas DC, Cortessis V (1992) A Gibbs sampling approach to linkage analysis. Hum Hered 42:63–76
Thompson EA, Guo SW (1991) Evaluation of likelihood ratios for complex genetic models. IMA J Math Appl Med Biol 8:149–169
Thompson EA, Wijsman EML (1990) The Gibbs sampler on extended pedigrees: Monte Carlo methods for the genetic analysis of complex traits. Technical Report No. 193, Department of Statistics, University of Washington, Seattle, Washington