Các sự kiện cắt ghép thay thế và cắt ghép nối đã được tiết lộ bởi việc phân tích hệ gen của Bombyx mori

RNA - Tập 18 Số 7 - Trang 1395-1407 - 2012
Wei Shao1, Qiongyi Zhao2, Xiuye Wang1, Xinyan Xu1, Qing Tang1, Muwang Li3, Xuan Li2, Yong-Zhen Xu1
1Key Laboratory of Insect Developmental and Evolutionary Biology, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China
2Key Laboratory of Synthetic Biology, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China
3Sericultural Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Zhenjiang, Jiangsu 212018, China

Tóm tắt

Các sự kiện cắt ghép thay thế và cắt ghép nối trans chưa được nghiên cứu hệ thống trong tằm Bombyx mori. Ở đây, hệ gen của tằm đã được phân tích bằng RNA-seq. Chúng tôi đã xác định được 320 gen mới, chỉnh sửa 1140 mô hình gen, và phát hiện hàng ngàn sự kiện cắt ghép thay thế và 58 sự kiện cắt ghép nối trans. Nghiên cứu ba protein SR cho thấy cả mẫu cắt ghép thay thế và sản phẩm mRNA của chúng đều được bảo tồn từ côn trùng đến người, và một isoform của Srsf6 với intron được giữ lại được biểu hiện theo giới tính cụ thể trong bộ sinh dục tằm. Sự kiện cắt ghép nối mod(mdg4) ở tằm đã được xác nhận qua thực nghiệm. Chúng tôi đã xác định được các tích hợp từ một gen 5′ chung với 46 exon 3′ thay thế mới được xác định nằm trên cả hai sợi DNA trong một khu vực 500-kb. Các sự kiện cắt ghép nối trans khác ở B. mori đã được dự đoán qua phân tích tin sinh học, trong đó 12 sự kiện được xác nhận qua RT-PCR, sáu sự kiện được xác nhận thêm bằng SNP chimeric, và hai sự kiện được xác nhận qua RT-PCR đặc hiệu allele trong các tổ hợp F1 từ các dòng tằm khác nhau của JS và L10, cho thấy rằng trans-splicing phổ biến hơn trong côn trùng so với những gì được nghĩ trước đây. Phân tích hệ gen của B. mori bằng RNA-seq cung cấp thông tin quý giá về các sự kiện cắt ghép thay thế điều hòa. Sự bảo tồn của các sự kiện cắt ghép qua các loài và các sự kiện cắt ghép nối trans mới được xác định gợi ý rằng B. mori là một mô hình tốt cho các nghiên cứu trong tương lai.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1101/gr.113811.110

10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720

10.1016/j.cub.2008.11.001

10.1146/annurev.biochem.76.050106.093909

10.1038/nrm2777

10.1101/gr.107854.110

10.1023/A:1022983810016

10.1093/nar/gkp801

10.1038/nature07274

10.1534/genetics.103.020842

10.1038/nature08452

10.1146/annurev.ento.50.071803.130456

10.1017/S1355838200000960

10.1038/nature09715

10.1016/j.mib.2007.10.001

10.1042/BC20050002

10.1073/pnas.89.17.8092

10.1016/j.cub.2011.01.025

10.1016/j.gene.2004.02.019

10.1093/nar/gkl928

10.1186/gb-2009-10-3-r25

10.1042/BJ20081501

10.1101/gad.10.16.2089

10.1016/j.tibs.2008.06.001

10.1073/pnas.1007586107

10.2217/fmb.11.20

10.1126/science.1080559

10.1038/nature08909

10.1038/ng.259

1995, Genetic enhancement of RNA-processing defects by a dominant mutation in B52, the Drosophila gene for an SR protein splicing factor, Mol Cell Biol, 15, 6273, 10.1128/MCB.15.11.6273

10.1101/gr.114645.110

10.1016/j.tig.2006.07.002

2011, Numerous fragmented spliceosomal introns, AT–AC splicing, and an unusual dynein gene expression pathway in Giardia lamblia, Mol Biol Evol, 29, 43

10.1042/BST0330443

10.1186/gb-2009-10-10-242

10.1007/s12041-010-0046-6

10.1016/j.molcel.2006.05.025

10.1186/1471-2105-11-216

10.1093/nar/gkh379

10.1093/bioinformatics/btn013

10.1534/genetics.108.096743

10.1093/bioinformatics/btp120

10.1016/j.cell.2009.02.009

10.1261/rna.876308

10.1038/nature07509

10.1016/j.tig.2010.12.001

10.1126/science.1102210

10.1126/science.1176620

10.1038/nsmb.1545

10.1111/j.1365-2583.2004.00536.x

10.1186/1471-2164-10-389

10.1101/gr.100677.109

2009, High resolution analysis of the human transcriptome: detection of extensive alternative splicing independent of transcriptional activity, BMC Genet, 10, 63, 10.1186/1471-2156-10-63

10.1038/cr.2010.120

10.1038/372270a0

Thông tin
Thông tin xuất bản

RNA

Tập 18 Số 7

1395-1407

Thông tin tác giả