Các sự kiện cắt ghép thay thế và cắt ghép nối trans chưa được nghiên cứu hệ thống trong tằm Bombyx mori. Ở đây, hệ gen của tằm đã được phân tích bằng RNA-seq. Chúng tôi đã xác định được 320 gen mới, chỉnh sửa 1140 mô hình gen, và phát hiện hàng ngàn sự kiện cắt ghép thay thế và 58 sự kiện cắt ghép nối trans. Nghiên cứu ba protein SR cho thấy cả mẫu cắt ghép thay thế và sản phẩm mRNA của chúng đều được bảo tồn từ côn trùng đến người, và một isoform của Srsf6 với intron được giữ lại được biểu hiện theo giới tính cụ thể trong bộ sinh dục tằm. Sự kiện cắt ghép nối mod(mdg4) ở tằm đã được xác nhận qua thực nghiệm. Chúng tôi đã xác định được các tích hợp từ một gen 5′ chung với 46 exon 3′ thay thế mới được xác định nằm trên cả hai sợi DNA trong một khu vực 500-kb. Các sự kiện cắt ghép nối trans khác ở B. mori đã được dự đoán qua phân tích tin sinh học, trong đó 12 sự kiện được xác nhận qua RT-PCR, sáu sự kiện được xác nhận thêm bằng SNP chimeric, và hai sự kiện được xác nhận qua RT-PCR đặc hiệu allele trong các tổ hợp F1 từ các dòng tằm khác nhau của JS và L10, cho thấy rằng trans-splicing phổ biến hơn trong côn trùng so với những gì được nghĩ trước đây. Phân tích hệ gen của B. mori bằng RNA-seq cung cấp thông tin quý giá về các sự kiện cắt ghép thay thế điều hòa. Sự bảo tồn của các sự kiện cắt ghép qua các loài và các sự kiện cắt ghép nối trans mới được xác định gợi ý rằng B. mori là một mô hình tốt cho các nghiên cứu trong tương lai.
