Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Một dòng Bradyrhizobium rộng khắp vùng Nhiệt đới Neotropical liên quan đến Machaerium và Desmodium (Papilionoideae)
Tóm tắt
Phân tích điện di enzyme đa locut và giải trình tự gen ribosomal RNA đã được sử dụng để so sánh các chủng vi khuẩn từ cây dây leo Machaerium milliflorum và thảo mộc Desmodium axillare ở hai khu rừng đồng bằng cách nhau 440 km tại Panama và Costa Rica. Trong số 27 kiểu gen đa locut (các kiểu điện di hay ET) được phát hiện trong phân tích isozyme, chỉ có hai ET được tìm thấy ở cả hai vị trí. Tuy nhiên, các ET được chia sẻ này có liên quan chặt chẽ với một cụm bao gồm 11 ET phổ biến khác, đại diện cho 72% và 80%, tương ứng, của tất cả các mẫu vi khuẩn được thu thập tại Panama và Costa Rica. Các mẫu trong nhóm này từ cả hai vị trí và cả hai vật chủ họ đậu đều có các trình tự giống nhau cho phần 5′ rất đa hình của 23S rRNA, trong khi chín ET khác bên ngoài cụm này đều có trình tự độc nhất. Điều này cho thấy cả hai địa điểm đều được chiếm hữu bởi một dòng chính của các symbion nốt mà vừa phổ biến tại địa phương vừa rộng khắp về mặt địa lý. Tuy nhiên, nhóm này cùng tồn tại với nhiều dòng vi khuẩn hiếm khác mà sinh thái, phân bố và mối quan hệ của chúng cần được nghiên cứu thêm.
Từ khóa
#Bradyrhizobium; Machaerium milliflorum; Desmodium axillare; điện di enzyme; gen ribosomal RNA; sinh thái vi khuẩn; nốt symbion.Tài liệu tham khảo
Brunel B, Cleyet-Marel J.-C, Normand P and Bardin R 1988 Stability of Bradyrhizobium japonicum inoculants after introduction into soil. Appl. Env. Microbiol. 54, 2636–2642.
Croat T B 1978 Flora of Barro Colorado Island. Stanford University Press, Stanford, CA. 943 p.
de Faria S M, Franco A A, de Jesus R M, Menandro M S, Baitello J. B., Mucci E S F, Dobereiner J and Sprent J I 1984 New nodulating legume trees from south east Brazil. New Phytol. 111, 607–619.
Doyle J J, Doyle J L, Ballenger J A, Dickson E E, Kajita T and Ohashi O 1997 A phylogeny of the chloroplast gene rbcl in the Leguminosae: taxonomic correlations and insights into the evolution of nodulation. Amer. J. Bot. 84, 541–554.
Elkins D M, Hamilton G, Chan C K Y, Briskovich M A and Vandeventer J W 1976 Effects of cropping history on soybean growth and nodulation and soil rhizobia. Agron. J. 68, 513–517.
Felsenstein J 1985 Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39, 783–791.
Foster R B and Brokaw N V L 1996 Structure and history of the vegetation on Barro Colorado Island). In The Ecology of a Tropical Forest: Seasonal Rhythms and Long-Term Changes (second edition). Eds. E G Leigh, A S Rand and DM Windsor. pp. 67–81. Smithsonian Institution, Washington, DC.
Gilmour M N, Whittam T S, Kilian M and Selander R K 1987 Genetic relationships among the oral Streptococci. J. Bacteriol. 169, 5247–5257.
Graham P H, Sadowsky M J, Keyser H H, Barnet Y M, Bradley R S, Cooper J E, de Ley D J, Jarvis B D W, Roslycky E B, Strijdom B W and Young J P W1991 Proposed minimum standards for the description of new genera and species of root-and stem-nodulating bacteria. Int. J. Syst. Bacteriol 41, 582–587.
Leung K, Strain S R, de Bruijn F J and P J Bottomley 1994 Genotypic and phenotypic comparisons of chromosomal types within an indigenous soil population of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii. Appl. Env. Microbiol. 60, 416–426.
Moreira F M S, Haukka K and Young J P W 1998 Biodiversity of rhizobia isolated from a wide range of forest legumes in Brazil. Mol. Ecol. 7, 889–895.
Parker MA 2000 Divergent Bradyrhizobium symbionts on Tachigali versicolor from Barro Colorado Island, Panama. Syst. Appl. Microbiol. 23, 585–590.
Parker M A 2001 Case of localized recombination in 23S rRNA genes from divergent Bradyrhizobium lineages associated with Neotropical legumes. Appl. Env. Microbiol. 67, 2076–2082.
Parker M A 2002 Bradyrhizobia from wild Phaseolus, Desmodium and Macroptilium species in northern Mexico. Appl. Env.Microbiol. 68, 2044–2048.
Parker M A and Spoerke J M 1998 Geographic structure of lineage associations in a plant-bacterial mutualism. J. Evol. Biol. 11, 549–562.
Parker M A and Lunk A 2000 Relationships of bradyrhizobia from Platypodium and Machaerium (Papilionoideae tribe Dalbergieae) on Barro Colorado Island, Panama. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50, 1179–1186.
Perez-Ramirez N O, Rogel M A, Wang E, Castellanos J Z and Martinez-Romero E 1998 Seeds of Phaseolus vulgaris bean carry Rhizobium etli. FEMS Microbiol. Ecol. 26, 289–296.
Raven P H and Polhill RM1981 Biogeography of the Leguminosae. In Advances in Legume Systematics. Eds. R M Polhill and P H Raven. pp. 27–34. Royal Botanical Gardens, Kew, U.K.
Saitou N and Nei M 1987 The neighbor-joining method, a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4, 406–425.
Spoerke J M, Wilkinson H H and Parker M A 1996 Nonrandom genotypic associations in a legume-Bradyrhizobium mutualism. Evolution 50, 146–154.
Stackebrandt E and Goebel B M 1994 Taxonomic note: a place for DNA–DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol. 44, 846–849.
Sterner J P and Parker M A 1999 Diversity and relationships of bradyrhizobia from Amphicarpaea bracteata based on partial nod and ribosomal sequences. Syst. Appl. Microbiol. 22, 387–392.
Thompson J D, Higgans D G and Gibson T J 1994 CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22, 4673–4680.
van Berkum P and Fuhrmann J J 2000 Evolutionary relationships among the soybean bradyrhizobia reconstructed from 16S rRNA gene and internally transcribed spacer region sequence divergence. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50, 2165–2172.
Vincent J M 1970 A Manual for the Practical Study of the Root-Nodule Bacteria. Blackwell, Oxford, UK. 164 pp.