Phương pháp Ewald lưới hạt mượt

Journal of Chemical Physics - Tập 103 Số 19 - Trang 8577-8593 - 1995
Ulrich Essmann1, L. Perera1, Max L. Berkowitz1, Tom Darden2, Hsing Lee2, Lee G. Pedersen2
1Department of Chemistry, University of North Carolina, Chapel Hill, North Carolina 27599
2National Institute of Environmental Health Sciences, Research Triangle Park, North Carolina, 27709

Tóm tắt

Phương pháp Ewald lưới hạt đã được phát triển trước đây được định hình lại theo cách sử dụng nội suy B-spline hiệu quả cho các yếu tố cấu trúc. Sự định hình lại này cho phép mở rộng tự nhiên phương pháp này cho các tiềm năng có dạng 1/rp với p≥1. Hơn nữa, việc tính toán tensor virial cũng được thực hiện hiệu quả. Việc sử dụng B-spline thay cho nội suy Lagrange dẫn đến các gradient phân tích cũng như một cải thiện đáng kể về độ chính xác. Chúng tôi chứng minh rằng độ chính xác tùy ý có thể đạt được, không phụ thuộc vào kích thước hệ thống N, với chi phí tỷ lệ theo N log(N). Đối với các hệ thống sinh phân tử với hàng nghìn nguyên tử, phương pháp này cho phép sử dụng cộng Ewald với chi phí tính toán tương đương với một phương pháp cắt gọn đơn giản với khoảng cách 10 Å hoặc ít hơn.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

1993, J. Chem. Phys., 99, 8345, 10.1063/1.465608

1994, Proc. Natl. Acad. Sci., 91, 8715, 10.1073/pnas.91.18.8715

1995, J. Chem. Phys., 102, 3830, 10.1063/1.468564

1995, J. Am. Chem. Soc., 117, 5001, 10.1021/ja00122a034

1992, Biochemistry, 31, 5856, 10.1021/bi00140a022

1991, J. Chem. Phys., 95, 8430, 10.1063/1.461272

1994, J. Chem. Phys., 101, 4055, 10.1063/1.468411

1993, Proc. Nat. Acad. Sci., 90, 8920, 10.1073/pnas.90.19.8920

1995, J. Am. Chem. Soc., 117, 2147, 10.1021/ja00113a004

1995, J. Am. Chem. Soc., 117, 4193, 10.1021/ja00119a045

1992, Chem. Phys., 168, 75, 10.1016/0301-0104(92)80111-8

1993, J. Chem. Phys., 98, 9798, 10.1063/1.464358

1992, J. Phys. Chem., 96, 6423

1994, J. Mol. Liq., 60, 221, 10.1016/0167-7322(94)00746-2

1994, J. Chem. Phys., 101, 5024, 10.1063/1.467425

1995, J. Chem. Phys., 102, 450, 10.1063/1.469422

1995, Chem. Phys. Lett., 234, 413, 10.1016/0009-2614(95)00065-C

1994, J. Comp. Chem., 15, 667, 10.1002/jcc.540150702

1967, Phys. Rev., 159, 98, 10.1103/PhysRev.159.98

1980, Proc. R. Soc. London Ser. A, 373, 27, 10.1098/rspa.1980.0135

1973, Mol. Phys., 26, 789, 10.1080/00268977300102101

1979, Mol. Phys., 38, 2023, 10.1080/00268977900103021

1982, Chem. Phys. Lett., 90, 215, 10.1016/0009-2614(82)80028-6

1988, Mol. Phys., 65, 875, 10.1080/00268978800101471

1993, J. Chem. Phys., 98, 10

1994, J. Chem. Phys., 101, 3298, 10.1063/1.467576

1994, Mol. Sim., 14, 11, 10.1080/08927029408022004

1995, J. Chem. Phys., 103, 3014, 10.1063/1.470490

1994, J. Comp. Chem., 15, 28, 10.1002/jcc.540150105

1991, J. Stat. Phys., 63, 1223, 10.1007/BF01030008

1992, J. Phys. Chem., 97, 4309, 10.1063/1.463935

1992, Chem. Phys. Lett., 198, 89, 10.1016/0009-2614(92)90053-P

1973, Acta Crystallogr. Sec. A, 29, 183, 10.1107/S0567739473000458

1921, Ann. Phys., 64, 253

1952, J. Phys. Radium, 13, 499, 10.1051/jphysrad:019520013011049900

1971, Acta Crystallogr. Sec. A, 27, 452, 10.1107/S0567739471000998

1981, Proc. R. Soc. London, 375, 475

1989, J. Phys. Chem., 93, 7320, 10.1021/j100358a012

1995, J. Phys. Chem., 99, 1322, 10.1021/j100004a037

1987, CCP5 Info. Quart., 26, 43

1980, J. Chem. Phys., 72, 2384, 10.1063/1.439486

1980, Phys. Rev. Lett., 45, 1196, 10.1103/PhysRevLett.45.1196

1983, Mol. Phys., 50, 1055, 10.1080/00268978300102851

1994, J. Stat. Phys., 77, 449, 10.1007/BF02186852

1991, Comp. Phys. Comm., 62, 360, 10.1016/0010-4655(91)90107-V

1990, J. Comp. Chem., 11, 1169, 10.1002/jcc.540111009

1991, Chem. Phys. Lett., 179, 13, 10.1016/0009-2614(91)90284-G

1977, J. Comp. Phys., 23, 27

1983, J. Chem. Phys., 79, 926, 10.1063/1.445869

1987, J. Phys. Chem., 91, 6269, 10.1021/j100308a038

1984, J. Chem. Phys., 81, 3684, 10.1063/1.448118

1983, Chem. Phys., 79, 465, 10.1016/0301-0104(83)85269-0

1994, J. Chem. Phys., 100, 3165

1986, J. Chem. Phys., 85, 1567, 10.1063/1.451198

1989, Chem. Phys. Lett., 155, 173, 10.1016/0009-2614(89)85344-8

1990, J. Phys. Chem., 94, 8356, 10.1021/j100384a066

1995, J. Chem. Phys., 103, 3668, 10.1063/1.470043

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Chemical Physics

Tập 103 Số 19

8577-8593

Thông tin tác giả