Tổng quan về tần suất, tính hữu dụng và những lưu ý khi sử dụng các đoạn lặp đơn giản trong lục lạp để nghiên cứu sinh học thực vật

Applications in Plant Sciences - Tập 2 Số 12 - 2014
Gregory Wheeler1, Hanna E. Dorman1, Alenda T. Buchanan1, Lavanya Challagundla1, Lisa E. Wallace1
1Department of Biological Sciences, Mississippi State University, P.O. Box GY, Mississippi State, Mississippi 39762 USA.

Tóm tắt

Các microsatellite tồn tại trong tất cả các bộ gen thực vật và cung cấp các dấu hiệu hữu ích cho nghiên cứu đa dạng di truyền và cấu trúc. Các microsatellite trong lục lạp (cpSSRs) thường được nghiên cứu do dễ dàng tách chiết hơn so với các microsatellite trong nhân. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã định lượng tần suất và các ứng dụng của cpSSRs dựa trên một tổng quan tài liệu hơn 400 nghiên cứu được công bố từ 1995 đến 2013. Những dấu hiệu này là công cụ quan trọng và kinh tế cho các nhà sinh học thực vật và tiếp tục được sử dụng song song với các phương pháp di truyền hiện đại để nghiên cứu đa dạng di truyền và cấu trúc, lịch sử tiến hóa và sự lai giống ở các loài bản địa và nông nghiệp. Các nghiên cứu sử dụng các mồi loài riêng lẻ đã báo cáo số lượng locus đa hình lớn hơn so với những nghiên cứu sử dụng mồi chung. Một nhược điểm lớn của cpSSRs là tính đồng hình của kích thước đoạn phiên mã; do đó, chúng tôi đã ghi nhận sự xuất hiện của nó tại một số locus cpSSR trong và giữa các loài Acmispon (Fabaceae). Dựa trên bộ dữ liệu thực nghiệm của chúng tôi, chúng tôi khuyến nghị việc giải trình tự chọn lọc một phần mẫu kết hợp với genotyping đoạn như một phương pháp tiết kiệm chi phí và phong phú dữ liệu để sử dụng cpSSRs và như một bài kiểm tra về tính đồng hình. Sự sẵn có của các tài nguyên gen cho thực vật hỗ trợ sự phát triển của các mồi cho các hệ thống nghiên cứu mới, từ đó nâng cao tính hữu dụng của cpSSRs trong sinh học thực vật.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1007/s00122-010-1353-2

10.1038/hdy.2011.42

10.1016/j.ympev.2014.08.024

10.1371/journal.pone.0040699

10.1016/j.ympev.2013.07.006

10.1073/pnas.92.25.11331

10.1007/s001220051306

10.1046/j.1365-294x.1998.00466.x

10.1111/j.1365-294X.2007.03275.x

10.1111/j.1438-8677.2012.00570.x

10.1139/g05-018

10.1093/jhered/93.4.293

10.1371/journal.pone.0008613

10.1007/s00122-003-1311-3

10.2307/2656885

10.1073/pnas.90.2.363

10.1093/jhered/esq069

10.1111/j.1558-5646.2008.00413.x

10.1007/BF02772677

10.1023/B:MOLB.0000018761.04559.b3

10.1046/j.1471-8286.2003.00339.x

10.1371/journal.pone.0035071

10.1093/dnares/dsr002

10.1093/oxfordjournals.molbev.a025916

10.1093/sysbio/syt108

10.1046/j.1365-294X.2001.01251.x

10.1111/j.1755-0998.2008.02319.x

10.1046/j.1365-294X.1998.00350.x

10.1038/hdy.2010.152

10.1201/9781439833278.ch1

10.1038/382278a0

10.3732/ajb.0800005

10.1046/j.1365-294X.2002.01576.x

10.1007/s00122-003-1323-z

10.2144/000113369

10.1093/jhered/esr111

10.1007/s10709-004-3711-y

10.1093/genetics/147.2.915

10.1007/s10722-011-9692-7

10.3732/ajb.1000148

10.1093/genetics/139.1.463

10.1111/j.1366-9516.2005.00152.x

10.1046/j.1365-294X.2001.01285.x

10.1111/j.1755-0998.2011.03014.x

10.1111/j.1471-8286.2007.01883.x

10.1089/omi.2011.0100

10.1038/hdy.2010.21

10.1007/s00239-003-2540-4

10.3732/ajb.94.1.42

10.1111/j.1365-294X.2006.02897.x

10.1007/s00294-009-0247-9

10.1073/pnas.0905845106

10.1371/journal.pone.0019254

10.1016/j.gene.2012.07.020

10.1007/s001220100715

10.1038/sj.hdy.6800551

10.1007/BF00017442

10.1093/dnares/11.4.247

10.1007/s10059-009-0047-6

10.1139/g11-026

10.1007/s001220100627

10.1600/036364404774195485

10.1007/BF00260905

10.1007/s11427-012-4430-8

10.1046/j.1471-8278.2001.00085.x

10.1046/j.1365-294X.2003.01991.x

10.1371/journal.pone.0057533

10.1111/j.1756-1051.2012.01554.x

10.1016/j.gene.2013.07.026

10.1093/oxfordjournals.molbev.a003757

10.1111/j.1365-2699.2008.02049.x

10.1186/1472‐6785‐13‐8

10.1016/j.ygeno.2010.03.001

10.1073/pnas.0907801107

10.1007/s00606-007-0594-2

10.1111/j.1365-294X.2005.02504.x

10.1111/j.1365-294X.2006.02960.x

10.1093/genetics/89.3.583

10.1073/pnas.85.22.8573

10.1002/j.1537-2197.1994.tb15615.x

10.1186/1741‐7007‐7‐84

10.1016/S0960-9822(95)00206-5

10.1016/S0169-5347(00)02097-8

10.1371/journal.pone.0057607

10.1038/hdy.1994.19

10.1046/j.1365-294X.2002.01435.x

10.1111/j.1365-2699.2009.02104.x

10.1073/pnas.032477999

10.1007/s10342-009-0273-7

10.1111/j.1471-8286.2004.00635.x

10.3732/ajb.92.1.142

10.3732/ajb.94.3.275

Smith S. E., 1989, Biparental inheritance of organelles and its implications in crop improvement, Plant Breeding Reviews, 6, 361

10.1007/s12231-013-9248-1

10.1086/314192

10.1371/journal.pone.0021298

10.11646/phytotaxa.9.1.11

10.1371/journal.pone.0060429

10.1007/s11295-012-0469-8

10.1186/1471‐2164‐14‐705

10.1038/nrg3117

10.1007/s10592-005-9011-y

10.1111/j.1755-0998.2010.02921.x

10.1111/j.1365-294X.1996.tb00353.x

10.1046/j.1365-294x.1999.00666.x

10.1139/g01-010

10.1371/journal.pone.0024845

10.1371/joumal.pone.0067345

10.1139/g98-104

Wheeler G. L., 2013, Population‐level genetic structure of Acmispon argophyllus on the Channel Islands of California

10.3732/ajb.1200129

10.1371/journal.pone.0035872

10.1007/s10059-012-2281-6

10.1093/gbe/evt042

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applications in Plant Sciences

Tập 2 Số 12

Thông tin tác giả