Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Một khung phylogenetic cho nghiên cứu tiến hóa của cây đêm (Solanaceae): một cây 1000 mũi nhọn đã được định tuổi
Tóm tắt
Họ Solanaceae là một họ thực vật có tầm quan trọng kinh tế lớn. Mặc dù đã có nhiều công trình nghiên cứu hệ phát sinh chủng loài trên từng nhánh và hiểu biết sâu sắc về các loài cây trồng cụ thể như cà chua và khoai tây, nhưng vẫn thiếu một khung tiến hóa vững chắc với hệ phát sinh phân tử đã được định tuổi cho họ này. Ở đây, chúng tôi điều tra thời gian phân ly phân tử cho họ Solanaceae bằng cách sử dụng một hệ phát sinh loài được lấy mẫu dày đặc. Chúng tôi cũng xem xét hồ sơ hóa thạch của họ này để đưa ra các điểm hiệu chỉnh vững chắc, và ước lượng một biểu đồ thời gian sử dụng đồng hồ phân tử không tương quan và được điều chỉnh mềm. Hệ phát sinh loài được lấy mẫu dày đặc của chúng tôi cho thấy sự hỗ trợ mạnh mẽ cho tất cả các nhánh đã được xác định trước đó của họ Solanaceae và các mối quan hệ được hỗ trợ mạnh mẽ giữa các nhánh chính, đặc biệt là trong chi Solanum. Nhánh cà chua được chỉ ra là có quan hệ chị em với phân chi Petota, và nhánh Regmandra là thành viên đầu tiên phân nhánh của nhánh khoai tây. Các ước lượng tuổi tối thiểu cho các phân tách lớn trong họ này được cung cấp ở đây tương ứng tốt với kết quả từ các nghiên cứu trước, chỉ ra rằng sự phân tách giữa cà chua và khoai tây xảy ra khoảng 8 triệu năm trước (Ma) với độ tin cậy 95% (HPD) là từ 7 đến 10 Ma, Solanum và Capsicum khoảng 19 Ma (95% HPD 17-21), và Solanum và Nicotiana khoảng 24 Ma (95% HPD 23-26). Hệ phát sinh loài lớn đã được điều chỉnh thời gian của chúng tôi cung cấp một bước quan trọng để hoàn thiện một hệ phát sinh loài được lấy mẫu đầy đủ cho họ Solanaceae và cung cấp ước lượng tuổi cho toàn bộ họ. Biểu đồ thời gian hiện nay bao gồm 40% số loài đã biết và chỉ thiếu hai chi đơn loài, và là một trong những hệ phát sinh họ thực vật có hoa được lấy mẫu tốt nhất cả về mức độ lấy mẫu thu thuế và độ phân giải được công bố cho đến nay. Độ phân giải tăng lên trong biểu đồ thời gian kết hợp với sự tăng trưởng lớn trong việc lấy mẫu loài sẽ cung cấp dữ liệu rất cần thiết cho việc xem xét nhiều câu hỏi sinh học bằng cách sử dụng họ Solanaceae như một hệ thống mô hình.
Từ khóa
#họ Solanaceae #phân tích hệ phát sinh chủng loài #thời gian phân ly phân tử #cà chua #khoai tây #biểu đồ thời gianTài liệu tham khảo
The Potato Genome Sequencing Consortium: Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature. 2011, 475: 189-195. 10.1038/nature10158.
The Tomato Genome Consortium: The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. 2012, 485: 635-641. 10.1038/nature11119.
Bombarely A, Rosli HG, Vrebalov J, Moffett P, Mueller LA, Martin GB: A draft genome sequence of Nicotiana benthamiana to enhance molecular plant microbe biology research. Mol Plant Microbe Interact. 2012, 25: 1523-1530. 10.1094/MPMI-06-12-0148-TA.
Wu F, Tanksley SD: Chromosomal evolution in the plant family Solanaceae. BMC Genomics. 2010, 11: 182-10.1186/1471-2164-11-182.
Doganlar S, Frary A, Daunay M-C, Lester RN, Tanksley SD: A comparative genetic linkage map of eggplant (Solanum melongena) and its implications for genome evolution in the Solanaceae. Genetics. 2002, 161: 1697-1711.
Wang Y, Diehl A, Wu F, Vrebalov J, Giovannoni J, Siepel A, Tanksley SD: Sequencing and comparative analysis of a conserved syntenic segment in the Solanaceae. Genetics. 2008, 180: 391-408. 10.1534/genetics.108.087981.
Robertson KA, Goldberg EE, Igic B: Comparative evidence for the correlated evolution of polyploidy and self-compatibility in Solanaceae. Evolution. 2011, 65: 139-155. 10.1111/j.1558-5646.2010.01099.x.
Goldberg EE, Kohn JR, Lande R, Robertson KA, Smith SA, Igic B: Species selection maintains self-incompatibility. Science. 2010, 330: 459-460. 10.1126/science.1198063.
Igic B, Bohs L, Kohn JR: Ancient polymorphism reveals unidirectional breeding system shifts. Proc Natl Acad Sci USA. 2006, 103: 1359-1363. 10.1073/pnas.0506283103.
Knapp S: Tobacco and tomatoes: a phylogenetic perspective on fruit diversity in the Solanaceae. J Exp Bot. 2002, 53: 2001-2022. 10.1093/jxb/erf068.
Knapp S: On 'various contrivances’: pollination, phylogeny and flower form in the Solanaceae. Phil Trans R Soc B. 2010, 365: 449-460. 10.1098/rstb.2009.0236.
Rodriguez GR, Munos S, Anderson C, Sim S-C, Michel A, Causse M, McSpadden BB, Francis D, van der Knaap E: Distribution of SUN, OVATE, LC, and FAS in the tomato germplasm and the relationship to fruit shape diversity. Plant Physiol. 2011, 156: 275-285. 10.1104/pp.110.167577.
Van der Knaap E, Tanksley SD: The making of a bell pepper-shaped tomato fruit: identification of loci controlling fruit morphology in Yellow Stuffer tomato. Theor Appl Genet. 2003, 107: 139-147.
Lippman ZB, Cohen O, Alvarez JP, Abu-Abied M, Pekker I, Paran I, Eshed Y, Zamir D: The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades. PLoS Biol. 2008, 6 (Pekker I): e288-
Chitwood DH, Headland LR, Filiault DL, Kumar R, Jimenez-Gomez JM, Schrager AV, Park DS, Peng J, Sinha NR, Maloof JN: Native environment modulates leaf size and response to simulated foliar shade across wild tomato species. PLoS One. 2012, 7: e29570-10.1371/journal.pone.0029570.
Olmstead RG: Phylogeny and biogeography in Solanaceae, Verbenaceae and Bignoniaceae: a comparison of continental and intercontinental diversification patterns. Bot J Linn Soc. 2013, 171: 80-102. 10.1111/j.1095-8339.2012.01306.x.
Chitwood DH, Headland LR, Ranjan A, Martinez CC, Braybrook SA, Koenig DP, Kuhlemeier C, Smith RS, Sinha NR: Leaf asymmetry as a developmental constraint imposed by auxin-dependent phyllotactic patterning. Plant Cell. 2012, 24: 2318-2327. 10.1105/tpc.112.098798.
Kallenbach M, Bonaventure G, Gilardoni PA, Wissgott A, Baldwin IT: Empoasca leafhoppers attack wild tobacco plants in a jasmonate-dependent manner and identify jasmonate mutants in natural populations. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012, 109: E1548-E1557. 10.1073/pnas.1200363109.
Weinhold A, Baldwin IT: Trichome-derived O-acyl sugars are a first meal for caterpillars that tags them for predation. Proc Natl Acad Sci USA. 2011, 108: 7855-7859. 10.1073/pnas.1101306108.
Schmidt DD, Kessler A, Kessler D, Schmidt S, Lim M, Gase K, Baldwin IT: Solanum nigrum: A model ecological expression system and its tools. Mol Ecol. 2004, 13: 981-995. 10.1111/j.1365-294X.2004.02111.x.
Olmstead RG, Bohs L: A summary of molecular systematic research in Solanaceae: 1982–2006. 6th International Solanaceae Conference. Edited by: Spooner DB, Bohs L, Giovannoni J, Olmstead RG, Shibata D. 2007, Acta Horticulturae 745, 255-268.
Olmstead RG, Bohs L, Migid HA, Santiago-Valentin E, Garcia VF, Collier SM: A molecular phylogeny of the Solanaceae. Taxon. 2008, 57: 1159-1181.
Garcia VF, Olmstead RG: Phylogenetics of Tribe Anthocercideae (Solanaceae) based on ndhF and trnL/F sequence data. Syst Bot. 2003, 28: 609-615.
Clarkson JJ, Knapp S, Aoki S, Garcia VG, Olmstead RG, Chase MW: Phylogenetic relationships in Nicotiana (Solanaceae) inferred from multiple plastid DNA regions. Mol Phylogenet Evol. 2004, 33: 75-90. 10.1016/j.ympev.2004.05.002.
Yuan Y-W, Zhang Z-Y, Chen ZD, Olmstead RG: Tracking ancient polyploids: A retroposon reveals an extinct diploid ancestor in the polyploid ancestry of Belladonna. Mol Biol Evol. 2006, 23: 2263-2267. 10.1093/molbev/msl099.
Levin RA, Bernardello G, Whiting C, Miller JS: A new generic circumscription in tribe Lycieae (Solanaceae). Taxon. 2011, 60: 681-690.
Chen S, Matsubara K, Omori T, Kokubun H, Kodama H, Watanabe H, Hashimoto G, Marchesi E, Bullrich L, Ando T: Phylogenetic analysis of the genus Petunia (Solanaceae) based on the sequence of the Hf1 gene. J Plant Res. 2007, 120: 385-397. 10.1007/s10265-006-0070-z.
Miller RJ, Mione T, Phan H-L, Olmstead RG: Color by numbers: Nuclear gene phylogeny of Jaltomata (Solanaceae), sister genus to Solanum, supports three clades differing in fruit color. Syst Bot. 2011, 36: 153-162. 10.1600/036364411X553243.
Tu T, Dillon MO, Sun H, Wen J: Phylogeny of Nolana (Solanaceae) of the Atacama and Peruvian deserts inferred from sequences of four plastid markers and the nuclear LEAFY second intron. Mol Phylogenet Evol. 2008, 49: 561-573. 10.1016/j.ympev.2008.07.018.
Tate JA, Acosta MC, McDill J, Moscone EA, Simpson BB, Cocucci AA: Phylogeny and character evolution in Nierembergia (Solanaceae): Molecular, morphological, and cytogenetic evidence. Syst Bot. 2009, 34: 198-206. 10.1600/036364409787602249.
Filipowicz N, Renner SS: Brunfelsia (Solanaceae): A genus evenly divided between South America and radiations on Cuba and other Antillean islands. Mol Phylogenet Evol. 2012, 64: 1-11. 10.1016/j.ympev.2012.02.026.
Fregonezi JN, Freitas LB, Bonatto SL, Semir J, Stehmann JR: Infrageneric classification of Calibrachoa (Solanaceae) based on morphological and molecular evidence. Taxon. 2012, 61: 120-130.
Fregonezi JN, Turchetto C, Bonatto SL, Freitas LB: Biogeographical history and diversification of Petunia and Calibrachoa (Solanaceae) in the Neotropical pampas grassland. Bot J Linn Soc. 2013, 71: 140-153.
Poczai P, Hyvönen J, Symon DE: Phylogeny of kangaroo apples (Solanum subg. Archaesolanum, Solanaceae). Mol Biol Rep. 2011, 38: 5243-5259. 10.1007/s11033-011-0675-8.
Bohs L: Phylogeny of the Cyphomandra clade of the genus Solanum (Solanaceae) based on ITS sequence data. Taxon. 2007, 56: 1012-1026. 10.2307/25065901.
Stern S, Bohs L: An explosive innovation: Phylogenetic relationships of Solanum section Gonatotrichum (Solanaceae). PhytoKeys. 2012, 8: 83-98. 10.3897/phytokeys.8.2199.
Fajardo D, Spooner DM: Phylogenetic relationships of Solanum series Conicibaccata and related species in Solanum section Petota inferred from five conserved ortholog sequences. Syst Bot. 2011, 36: 163-170. 10.1600/036364411X553252.
Ames M, Spooner DM: Phylogeny of Solanum series Piurana and related species in Solanum section Petota based on five conserved ortholog sequences. Taxon. 2010, 59: 1091-1101.
Rodriguez F, Spooner DM: Nitrate reductase phylogeny of potato (Solanum sect. Petota) genomes with emphasis on the origins of the polyploid species. Syst Bot. 2009, 34: 207-219. 10.1600/036364409787602195.
Tepe E, Farruggia FT, Bohs L: A 10-gene phylogeny of Solanum section Herpystichum (Solanaceae) and a comparison of phylogenetic methods. Am J Bot. 2011, 98: 1356-1365. 10.3732/ajb.1000516.
Bohs L, Olmstead RG: A reassessment of Normania and Triguera (Solanaceae). Plant Systemat Evol. 2001, 228: 33-48. 10.1007/s006060170035.
Spooner DM, Anderson GJ, Jansen RK: Chloroplast DNA evidence for the interrelationships of tomatoes, potatoes, and pepinos (Solanaceae). Am J Bot. 1993, 80: 676-688. 10.2307/2445438.
Weese TL, Bohs L: A three-gene phylogeny of the genus Solanum (Solanaceae). Syst Bot. 2007, 32: 445-463. 10.1600/036364407781179671.
Quental TB, Marshall CR: Diversity dynamics: molecular phylogenies need the fossil record. Trends Ecol Evol. 2010, 35: 434-441.
Morlon H, Parsons TD, Plotkin JB: Reconciling molecular phylogenies with the fossil record. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011, 108: 16327-16332. 10.1073/pnas.1102543108.
Dillon MO, Tu T, Xie L, Quipuscoa Silvestre V, Wen J: Biogeographic diversification in Nolana (Solanaceae), a ubiquitous member of the Atacama and Peruvian Deserts along the western coast of South America. J Syst Evol. 2009, 47: 457-476. 10.1111/j.1759-6831.2009.00040.x.
Tu T, Volis S, Dillon MO, Sun H, Wen J: Dispersals of Hyoscyameae and Mandragoreae (Solanaceae) from the New World to Eurasia in the early Miocene and their biogeographic diversification within Eurasia. Mol Phylogenet Evol. 2010, 57: 1226-1237. 10.1016/j.ympev.2010.09.007.
Martínez-Millán M: Fossil record and age of the Asteridae. Bot Rev. 2010, 76: 83-135. 10.1007/s12229-010-9040-1.
Franco MJ, Brea M: Leños fósiles de la formación Paraná (Mioceno Medio), Toma Vieja, Paraná, Entre Ríos, Argentina: registro de bosques estacionales mixtos. Ameghiniana. 2008, 45: 699-717.
Page VM: Dicotyledonous wood from the Upper Cretaceous of central California II. J Arnold Arbor. 1980, 61: 723-748.
Erdtman G: Pollen morphology and plant taxonomy – Angiosperms. 1952, Stockholm: Almqvist & Wiksell
Bernardello L, Lujan MC: Pollen morphology of tribe Lycieae: Grabowskia, Lycium, Phrodus (Solanaceae). Rev Palaeobot Palynol. 1997, 96: 305-315. 10.1016/S0034-6667(96)00057-7.
Fukuda T, Naiki A, Nagamasu H: Pollen morphology of the genus Skimmia (Rutaceae) and its taxonomic implications. J Plant Res. 2008, 121: 463-471. 10.1007/s10265-008-0174-8.
Hunziker AT: Genera Solanacearum: The genera of Solanaceae illustrated, arranged according to a new system. 2001, Ruggell, Liechtenstein: Gantner
Chandler MEJ: The Lower Tertiary Floras of Southern England II Flora of the Pipe- Clay Series of Dorset (Lower Bagshot). 1962, London: British Museum (Natural History)
Chandler MEJ: The Oligocene Flora of the Bovey Tracey Lake Basin, Devonshire. Bull Brit Mus (Nat Hist) Geol. 1957, 3: 71-123.
Reid C, Chandler MEJ: The London clay flora. 1933, London: British Museum (Natural History)
Smith S, Baum DA: Phylogenetics of the florally diverse Andean clade Iochrominae (Solanaceae). Am J Bot. 2006, 93: 1140-1153. 10.3732/ajb.93.8.1140.
Whitson M, Manos PS: Untangling Physalis (Solanaceae) from the Physaloids: A two-gene phylogeny of the Physalinae. Syst Bot. 2005, 30: 216-230. 10.1600/0363644053661841.
Averett JE: Schraderanthus, a new genus of Solanaceae. Phytologia. 2009, 91: 54-61.
Knapp S: A revision of the Dulcamaroid clade of Solanum L. (Solanaceae). PhytoKeys. 2013, 22: 1-428. 10.3897/phytokeys.22.4041.
Bennett JR: Revision of Solanum section Regmandra (Solanaceae). Edinb J Bot. 2008, 65: 69-112.
Peralta IE, Spooner DM, Knapp S: Taxonomy of wild tomatoes and their relatives (Solanum sect. Lycopersicoides, sect. Juglandifolia, sect. Lycopersicon; Solanaceae). Syst Bot Monogr. 2008, 84: 1-186.
Stern S, de Fatima Agra M, Bohs L: Molecular delimitation of clades within New World species of "spiny solanums" (Solanum subg. Leptostemonum). Taxon. 2011, 60: 1429-1441.
dos Reis M, Inoue J, Hasegawa M, Asher RJ, Donoghue PCJ, Yang Z: Phylogenomic datasets provide both precision and accuracy in estimating the timescale of placental mammal phylogeny. Proc R Soc B. 2012, 279: 3491-3500. 10.1098/rspb.2012.0683.
Philippe H, Brinkmann H, Lavrov D, Littlewood DTJ, Manuel M, Wörheide G, Baurain D: Resolving difficult phylogenetic questions: Why more sequences are not enough. PLoS Biol. 2011, 9: e1000602-10.1371/journal.pbio.1000602.
Driskell A, Ane C, Burleigh JG, McMahon MM, O’Meara BC, Sanderson MJ: Prospects for building the Tree of Life from large sequence databases. Science. 2004, 306: 1172-1174. 10.1126/science.1102036.
Heath TA, Hedtke SM, Hillis DM: Taxon sampling and the accuracy of phylogenetic analyses. J Syst Evol. 2008, 46: 239-257.
The Legume Phylogeny Working Group: Legume phylogeny and classification in the 21st century: Progress, prospects and lessons for other species-rich clades. Taxon. 2013, 62: 217-248.
Hinchliff CE, Roalson EH: Using supermatrices for phylogenetic inquiry: an example using the sedges. Syst Biol. 2013, 62: 205-219. 10.1093/sysbio/sys088.
Baker WJ, Savolainen V, Asmussen-Lange CB, Chase MW, Dransfield J, Forest F, Harley MM, Uhl NW, Wilkinson M: Complete generic-level phylogenetic analyses of palms (Arecaceae) with comparisons of supertree and supermatrix approaches. Syst Biol. 2009, 58: 240-256. 10.1093/sysbio/syp021.
Averett JE, Martínez M: Capsicophysalis: a new genus of Solanaceae (Physaleae) from Mexico and Central America. J Bot Res Inst Texas. 2009, 3: 71-75.
Levin RA, Whelan A, Miller JS: The utility of nuclear conserved ortholog set II (COSII) genomic regions for species-level phylogenetic inference in Lycium (Solanaceae). Mol Phylogenet Evol. 2009, 53: 881-890. 10.1016/j.ympev.2009.08.016.
Tepe EJ, Bohs L: A molecular phylogeny of Solanum sect. Pteroidea (Solanaceae) and the utility of COSII markers in resolving relationships among closely related species. Taxon. 2010, 59: 733-743.
Yuan Y-W, Liu C, Marx HE, Olmstead RG: An empirical demonstration of using pentatricopeptide repeat (PPR) genes as plant phylogenetic tools: Phylogeny of Verbanaceae and the Verbena complex. Mol Phylogenet Evol. 2010, 54: 23-35. 10.1016/j.ympev.2009.08.029.
Yuan Y-W, Liu C, Marx HE, Olmstead RG: The pentatricopeptide repeat (PPR) gene family, a tremendous resource for plant phylogenetic studies. New Phytol. 2009, 182: 272-283. 10.1111/j.1469-8137.2008.02739.x.
Poczai P, Hyvönen J: Identification and characterization of plastid trnF(GAA) pseudogenes in four species of Solanum (Solanaceae). Biotechnol Lett. 2011, 33: 2317-2323. 10.1007/s10529-011-0701-x.
Couvreur TLP, Forest F, Baker WJ: Origin and global diversification patterns of tropical rain forests: inferences from a complete genus-level phylogeny of palms. BMC Biol. 2011, 9: 44-10.1186/1741-7007-9-44.
Bininda-Emonds ORP, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RDE, Beck RMD, Grenyer R, Price SA, Vos RA, Gittleman JL, Purvis A: The delayed rise of present-day mammals. Nature. 2007, 446: 507-512. 10.1038/nature05634.
Hunt T, Bergsten J, Levkanicova Z, Papadopoulou A, St John O, et al: A comprehensive phylogeny of beetles reveals the evolutionary origins of a superradiation. Science. 2007, 318: 1913-1916. 10.1126/science.1146954.
Smith SA, Donoghue MJ: Rates of molecular evolution are linked to life history in flowering plants. Science. 2008, 322: 86-89. 10.1126/science.1163197.
Andreasen K, Baldwin BG: Unequal evolutionary rates between annual and perennial lineages of checker mallows (Sidalcea, Malvaceae): evidence from 18S-26S rDNA internal and external transcribed spacers. Mol Biol Evol. 2001, 18: 936-944. 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003894.
Parham JF, Donoghue PCJ, Bell CJ, Calway TD, Head JJ, et al: Best practices for justifying fossil calibrations. Syst Biol. 2012, 61: 346-359. 10.1093/sysbio/syr107.
Olmstead RG, Palmer JD: A chloroplast DNA phylogeny of the Solanaceae: subfamilial relationships and character evolution. Ann Mo Bot Gard. 1992, 79: 346-360. 10.2307/2399773.
Ronquist F, Klopfstein S, Vilhelmsen L, Schulmeister S, Murray D, et al: A total-evidence approach to dating with fossils, applied to the early radiation of the Hymenoptera. Syst Biol. 2012, 61: 973-999. 10.1093/sysbio/sys058.
Near TJ, Bolnick DI, Wainwright PC: Fossil calibrations and molecular divergence time estimates in centrarchid fishes (Teleostei: Centrarchidae). Evolution. 2005, 59: 1768-1782.
Wikström N, Savolainen V, Chase MW: Evolution of the angiosperms: calibrating the family tree. Proc R Soc Lond B. 2001, 268: 2211-2220. 10.1098/rspb.2001.1782.
Bremer K, Friis EM, Bremer B: Molecular phylogenetic dating of Asterid flowering plants shows early Cretaceous diversification. Syst Biol. 2004, 53: 496-505. 10.1080/10635150490445913.
Bell CD, Soltis DE, Soltis PS: The age and diversification of the angiosperms re-revisited. Am J Bot. 2010, 97: 1296-1303. 10.3732/ajb.0900346.
Paape T, Igic B, Smith SD, Olmstead R, Bohs L, et al: A 15-Myr-old genetic bottleneck. Mol Biol Evol. 2008, 25: 655-663. 10.1093/molbev/msn016.
Blanc G, Wolfe KH: Widespread paleopolyploidy in model plant species inferred from age distributions of duplicate genes. Plant Cell. 2004, 16: 1667-1678. 10.1105/tpc.021345.
Clarkson JJ, Lim KY, Kovarik A, Chase MW, Knapp S, Leitch AR: Long-term diploidization in allopolyploid Nicotiana section Repandae. New Phytol. 2005, 168: 214-252.
Ladiges PY, Marks CE, Nelson G: Biogeography of Nicotiana section Suaveolentes (Solanaceae) reveals geographical tracks in arid Australia. J Biogeogr. 2011, 38: 2066-2077. 10.1111/j.1365-2699.2011.02554.x.
Benton MJ: The fossil record 2. 1993, London: Chapman & Hall
Smith SA, Beaulieu JM, Donoghue MJ: Mega-phylogeny approach for comparative biology: an alternative to supertree and supermatrix approaches. BMC Evol Biol. 2009, 9: 37-10.1186/1471-2148-9-37.
Sanderson MJ, Boss D, Chen D, Cranston KA, Wehe A: The PhyLoTA Browser: processing GenBank for molecular phylogenetics research. Syst Biol. 2008, 57: 335-346. 10.1080/10635150802158688.
Edgar RC: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004, 32: 1792-1797. 10.1093/nar/gkh340.
Katoh K, Kuma K, Toh H, Miyata T: MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment. Nucleic Acids Res. 2005, 33: 511-518. 10.1093/nar/gki198.
Katoh K, Toh H: Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Brief Bioinform. 2008, 9: 286-298. 10.1093/bib/bbn013.
The Angiosperm Phylogeny Group: An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III. Bot J Linn Soc. 2009, 161: 105-121.
Huelsenbeck JP, Ronquist F: MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics. 2003, 17: 754-755.
Ronquist F, Huelsenbeck JP: MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics. 2005, 19: 1572-1574.
Kumar S, Skjæveland Å, Orr R, Enger P, Ruden T, Mevik B-H, Burki F, Botnen A, Shalchian-Tabrizi K: AIR: A batch-oriented web program package for construction of supermatrices ready for phylogenomic analyses. BMC Bioinforma. 2009, 10: 357-10.1186/1471-2105-10-357.
Aberer AJ, Krompass D, Stamatakis A: Pruning rogue taxa improves phylogenetic accuracy: An efficient algorithm and webservice. Syst Biol. 2013, 62: 162-166. 10.1093/sysbio/sys078.
Stamatakis A: RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-1 based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. Bioinformatics. 2006, 22: 2688-2690. 10.1093/bioinformatics/btl446.
Stamatakis A, Hoover P, Rougemont J: A rapid boostrap algorithm for the RAxML Web servers. Syst Biol. 2008, 57: 758-771. 10.1080/10635150802429642.
Miller MA, Pfeiffer W, Schwartz T: Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees. 2010, New Orleans, LA: Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE), 1-8.
Drummond AJ, Rambaut A: BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. BMC Evol Biol. 2007, 7: 214-10.1186/1471-2148-7-214.
Drummond AJ, Ho SWY, Phillips MJ, Rambaut A: Relaxed phylogenetics and dating with confidence. PloS Biol. 2006, 4: e88-10.1371/journal.pbio.0040088.
Gernhard T: The conditioned reconstructed process. J Theor Biol. 2008, 253: 769-778. 10.1016/j.jtbi.2008.04.005.
Britton T, Anderson CL, Jacquet D, Lundqvist S, Bremer K: Estimating divergence times in large phylogenetic trees. Syst Biol. 2007, 56: 741-752. 10.1080/10635150701613783.