Sàng lọc quy mô lớn các dấu ấn tế bào gốc thần kinh trong võng mạc Xenopus

Developmental Neurobiology - Tập 72 Số 4 - Trang 491-506 - 2012
Karine Parain1,2, Nicolas Mazurier1,2, Odile Bronchain1,2, Caroline Borday1,2, Pauline Cabochette1,2, Albert Chesneau1,2, Gabriele Colozza1,2, Warif El Yakoubi1,2, Johanna Hamdache1,2, Morgane Locker1,2, Michael J. Gilchrist3, Nicolas Pollet4, Muriel Perron1,2
1Institut de Neurobiologie Alfred Fessard
2Neurobiologie et Développement
3MRC National Institute for Medical Research
4Epigenomics Project, Genopole

Tóm tắt

Tóm tắtNghiên cứu tế bào gốc thần kinh gặp khó khăn do thiếu các dấu ấn phân tử để đánh giá cụ thể tính chất của tế bào gốc hoặc tế bào tổ tiên. Sự tổ chức của vùng rìa cili ở Xenopus (CMZ) trong võng mạc cho phép phân biệt không gian giữa hai loại tế bào này: các tế bào gốc bị giới hạn ở khu vực ngoại vi nhất, trong khi các tế bào tổ tiên nằm ở trung tâm hơn. Mặc dù có lợi thế rõ ràng này, rất ít gen được phát hiện là biểu hiện đặc hiệu ở tế bào gốc võng mạc trong mô hình này. Để có cái nhìn sâu sắc vào dấu ấn phân tử của các tế bào này, chúng tôi đã thực hiện một sàng lọc biểu hiện quy mô lớn trong CMZ của Xenopus, xác lập nó như một hệ thống mô hình cho việc lập hồ sơ gen tế bào gốc. Mười tám gen biểu hiện đặc hiệu trong ngăn chứa tế bào gốc CMZ đã được thu thập và sẽ được thảo luận ở đây. Các gen này mã hóa nhiều loại protein khác nhau, bao gồm các yếu tố liên quan đến quá trình phát triển, tổ chức thoi phân bào, xử lý DNA/RNA và sự kết dính tế bào. Thêm vào đó, việc công bố công trình này trong một số báo đặc biệt về Xenopus đã khiến chúng tôi cung cấp một minh họa tổng quát hơn về giá trị của các sàng lọc quy mô lớn trong loài mô hình này. Do đó, ngoài các gen tế bào gốc thần kinh đặc hiệu, chúng tôi sẽ làm nổi bật hơn kết quả của sàng lọc, đặc biệt là mô tả các dấu ấn tế bào võng mạc khác mà chúng tôi đã tìm thấy. Cuối cùng, chúng tôi trình bày cách mà tất cả các thông tin này có thể dễ dàng được truy xuất thông qua một mô-đun mới mà chúng tôi phát triển trong công cụ chú thích dựa trên web XenMARK, và minh họa tiềm năng của cơ sở dữ liệu có thể tìm kiếm mạnh mẽ này trong bối cảnh của võng mạc. © 2011 Wiley Periodicals, Inc. Develop Neurobiol 72: 491–506, 2012

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/j.cell.2007.12.016

10.1006/bbrc.2000.2473

10.1101/sqb.2008.73.019

Avis JM, 1996, Ran, a GTPase involved in nuclear processes: Its regulators and effectors, J Cell Sci, 109, 2423, 10.1242/jcs.109.10.2423

10.1016/j.exer.2009.04.005

10.1385/1-59259-678-9:57

10.1002/dvdy.20369

10.1083/jcb.201002049

10.1002/(SICI)1097-4695(19980605)35:3<227::AID-NEU1>3.0.CO;2-0

10.1007/s11010-007-9493-7

10.1073/pnas.0901596106

10.1242/jcs.01569

10.1038/nrm2410

10.1073/pnas.0401596101

10.1093/bioinformatics/bti610

10.1016/j.devcel.2006.11.008

10.1002/jez.1401920311

10.1002/mrd.21272

10.1074/jbc.M610873200

10.1242/dev.060020

10.1186/1471-2164-8-118

10.1006/dbio.2000.9640

10.1128/MMBR.68.1.109-131.2004

10.1159/000111304

10.1242/dev.00375

10.1002/dvdy.21940

10.1242/dev.119.4.991

10.1534/genetics.104.039727

10.1038/nrm1228

10.1016/S0091-679X(08)60307-6

10.1111/j.1749-6632.2003.tb03192.x

Hemmer W, 1993, Brain‐type creatine kinase in photoreceptor cell outer segments: Role of a phosphocreatine circuit in outer segment energy metabolism and phototransduction, J Cell Sci, 106, 671, 10.1242/jcs.106.2.671

Henningfeld KA, 2007, Xenopus primary neurogenesis and retinogenesis, Funct Dev Embryol, 1, 26

10.1007/978-1-4615-0067-4_38

10.1111/j.1440-169X.2008.00993.x

10.1002/jez.1401840206

10.1016/j.neulet.2010.09.013

10.1091/mbc.E06-09-0787

10.1016/S0165-3806(01)00287-5

10.1016/j.gde.2010.04.013

Locker M, 2010, A decade of mammalian retinal stem cell research, Arch Ital Biol, 148, 59

10.1634/stemcells.2007-0035

10.1091/mbc.e03-07-0503

10.1038/nature07213

10.1242/dev.020479

10.1242/dev.129.10.2435

Peichl L, 1993, Unexpected presence of neurofilaments in axon‐bearing horizontal cells of the mammalian retina, J Neurosci, 13, 4091, 10.1523/JNEUROSCI.13-09-04091.1993

10.1242/dev.00391

10.1006/dbio.1998.8939

10.1016/j.mod.2004.11.009

Pollet N, 2001, Expression profiling by systematic high‐throughput in situ hybridization to whole‐mount embryos, Methods Mol Biol, 175, 309

10.1002/bies.200800158

10.1038/nature06883

10.1517/14728222.2010.504718

10.1186/1471-213X-9-40

10.1074/jbc.C109.065409

10.1016/j.brainresbull.2007.10.032

10.1258/ebm.2011.011107

10.1016/j.molmed.2005.10.002

10.1126/science.287.5460.2032

10.1167/iovs.03-1047

10.1016/j.mce.2007.11.018

10.1073/pnas.83.11.3816

10.1002/dvdy.22088

10.1083/jcb.200703055

10.1016/0012-1606(89)90146-2

10.1016/j.exer.2006.02.003

10.1002/dneu.20887

10.1016/j.ydbio.2006.11.024

Thông tin
Thông tin xuất bản

Developmental Neurobiology

Tập 72 Số 4

491-506

Thông tin tác giả