Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Một phương pháp heuristique để tìm kiếm các dấu hiệu thú vị liên quan đến các đặc điểm định lượng
Tóm tắt
Việc lựa chọn các dòng cha mẹ là rất quan trọng trong các chương trình lai giống thực vật. Lựa chọn thông qua dấu hiệu hỗ trợ là một phương pháp thay thế cho các phương pháp lựa chọn cổ điển, vốn tốn kém và mất nhiều thời gian. Lựa chọn thông qua dấu hiệu hỗ trợ nhằm tìm kiếm các dấu hiệu phân tử liên kết với các gen quy định những đặc điểm định lượng quan tâm. Các phương pháp thống kê cổ điển yêu cầu phải đáp ứng các giả định cụ thể, điều này rất khó kiểm tra nếu các phân tích được thực hiện tự động. Trong bài viết này, chúng tôi trình bày một phương pháp heuristique để tìm kiếm các dấu hiệu thú vị cho các đặc điểm định lượng. Phương pháp này bao gồm nhiều chiến lược khác nhau phụ thuộc vào những gì biến dị di truyền làm cho nó thú vị đối với một nhà lai giống thực vật. Cách tiếp cận này đã được áp dụng cho mười tám dòng cha mẹ của giống cải dầu mùa đông F1 CMS ogura với việc quan sát 597 dấu hiệu. Các đặc điểm quan tâm là năng suất hạt và hàm lượng alkenyl glucosinolate. Năm mươi bảy dấu hiệu đã được chọn cho nghiên cứu tiếp theo. Dấu hiệu nổi bật nhất là OPY 02~1830. Lựa chọn qua dấu hiệu hỗ trợ là bước đầu tiên trong phân tích, sau đó có thể được tiếp tục bằng phân tích thống kê chính thức hơn cho một tập hợp nhỏ hơn các dấu hiệu thú vị.
Từ khóa
#lựa chọn qua dấu hiệu hỗ trợ #dấu hiệu phân tử #đặc điểm định lượng #phương pháp heuristique #dòng cha mẹTài liệu tham khảo
Chiplonkar SA, Prayag VR (1997) Does statistical significance always imply biological significance? Curr Sci 72:423–433
Dekkers JCM, Hospital F (2002) The use of molecular genetics in the improvement of agricultural populations. Nat Rev Genet 3:22–32
do Nascimento IR, Maluf WR, Figueira AR, Menezes CB, de Resende JTV, Faria MV, Nogueira DW (2009) Marker assisted identification of topspovirus resistant tomato genotypes in segregating progenies. Sci Agric 66(3):298–303
Doyle JJ, Doyle JL (1990) Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12:13–15
Heffner EL, Sorrells ME, Jannink J-L (2009) Genomics selection for crop improvement. Crop Sci 49:1–12
Irzykowska L, Bocianowski J (2008) Genetic variation, pathogenicity and mycelial growth rate differentiation between Gaeumannomyces graminis var. tritici isolates derived from winter and spring wheat. Ann Appl Biol 152:369–375
Irzykowska L, Żółtańska E, Bocianowski J (2005) Use of molecular and conventional techniques to identify and analyze genetic variability of Rhizoctonia spp. isolates. Acta Agrobotanica 58(2):19–32
Javidfar F, Ripley VL, Roslinsky V, Zeinali H, Abdmishani C (2006) Identification of molecular markers associated with oleic and linolenic acid in spring oilseed rape (Brassica napus). Plant Breed 125:65–71
Johnson DH (1999) The insignificance of statistical significance testing. J Wildl Manag 63(3):763–772
Joudren C, Barret P, Horvais R, Delourme R, Renard M (1996) Identification of RAPD markers linked to linolenic acid genes in rapeseed. Euphytica 90:351–357
Kassahun B, Bidinger FR, Hash CT, Kuruvinashetti MS (2010) Stay-green expression in early generation sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] QTL introgression lines. Euphytica 172:351–362
Kozak M (2008) Correlation coefficient and the fallacy of statistical hypothesis testing. Curr Sci 95(9):1121–1122
Kozak M (2009) Analyzing one-way experiments: a piece of cake or a pain in the neck? Sci Agricola 66(4):556–562
Lombard V, Delourme R (2001) A consensus linkage map for rapeseed (Brassica napus L.): construction and integration of three individual maps from DH populations. Theor Appl Genet 103:491–507
Martin E, Cravero V, Espósito A, López Anido F, Milanesi L, Cointry E (2008) Identification of markers linked to agronomic traits in globe artichoke. Aust J Crop Sci 1(2):43–46
Mcharo M, LaBonte DR, Clark C, Hoy M, Oard JH (2005) Molecular marker variability for southern root-knot nematode resistance in sweetpotato. Euphytica 144:125–132
Miano DW, LaBonte DR, Clark AC (2008) Identification of molecular markers associated with sweet potato resistance to sweet potato virus disease in Kenya. Euphytica 160:15–24
Michalski K, Kolodziej K, Krzymanski J (1995) Quantitative analysis of glucosinolates in seeds of oilseed rape—effect of sample preparation on analytical results. Proceedings 9th International Rapeseed Congress, vol 3. Cambridge, pp 911–913, 4–7 July 1995
Mikolajczyk K (2007) Development and practical use of DNA markers. In: Gupta S (ed) Advances in botanical research rapeseed breeding, vol 45. Academic press, London, pp 99–138
Pawłowicz I, Rapacz M, Bocianowski J (2008) Identification of AFLP markers linked with low-temperature resistance in introgressions transferred from Festuca arundinacea to Lolium multiflorum. Plant Breed Seed Sci 58:3–10
Payne R, Murrey D, Harding S, Baird D, Soutou D, Lane P (2003) GenStat for windows (7th edition)—introduction. VSN International, Oxford
Quinn GP, Keough MJ (2002) Experimental design and data analysis for biologists. Cambridge University Press, Cambridge
R Development Core Team (2009) R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0. http://www.R-project.org. Accessed 29 June 2010
Reese RA (2004) Does significance matter? Significance 1(1):39–40
Schön C, Utz S, Groh B, Truberg S, Openshaw S, Melchinger A (2004) QTL mapping based on resampling in a vast maize testcross experiment confirms the infinitesimal model of quantitative genetics for complex traits. Genetics 167:485–498
Shields CR, Orton CJ, Stuber CW (1983) Isozymes in plants genetics and breeding. In: Tanksley SD, Orton TJ (eds) Isozymes in plants genetics and breeding, Part A. Elsevier, Amsterdam, pp 443–458
Simpson SP (1989) Detection of linkage between quantitative trait loci and restriction fragment length polymorphisms using inbred lines. Theor Appl Genet 77:815–819
Soler M, Brody T, Genizi A (1976) On the power of experimental designs for the detection of linkage between marker loci and quantitative loci in crosses between inbred lines. Theor Appl Genet 47:35–39
Steele KA, Price AH, Shashidhar HE, Witcombe JR (2006) Marker-assisted selection to introgress rice QTLs controlling root traits into an Indian upland rice variety. Theor Appl Genet 112:208–221
Tanksley SD, Medina-Filho H, Rick CM (1982) Use of naturally-occurring enzyme variation to detect and map genes controlling quantitative traits in an interspecific backcross of tomato. Heredity 49:11–25
Vallejos CE (1983) Enzyme activity staining. In: Tanksley SD, Orton TJ (eds) Isozymes in plants genetics and breeding, Part A. Elsevier, Amsterdam, pp 469–516
Vos P, Hogers R, Sleeker M, Reijans M, Lee T, Homes M, Freiters A, Pot J, Peleman J, Kuiper M, Zabeau M (1995) AFLP: a new concept for DNA fingerprinting. Nucl Acids Res 23:4404–4414
Weber Z, Irzykowska L, Bocianowski J (2005) Analysis of mycelial growth rates and RAPD-PCR profiles in a population of Gaeumannomyces graminis var. tritici originating from wheat plants grown from fungicide-treated seed. J Phytopathol 153:318–324
Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA, Tingey SV (1990) DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucl Acids Res 18:6531–6535
Young ND (1999) A cautiously optimistic vision for marker-assisted breeding. Mol Breed 5:505–510