Nghiên cứu phân tích trường phân tử so sánh (CoMFA) sử dụng phương pháp bán thực nghiệm, chức năng mật độ, ab initio và khai thác phẩn hóa học sử dụng DISCOtech trên các ligand sigma 1

Phân tích Trường Phân Tử So Sánh (CoMFA) được phát triển để nghiên cứu mô hình mối quan hệ hoạt động cấu trúc định lượng ba chiều (3D-QSAR) của các ligand đối với thụ thể sigma 1. Hình học khởi đầu của các ligand thụ thể sigma-1 được lấy từ quá trình tối ưu hóa lực Tripos và các hình thái được xác định từ DISCOtech sử dụng chương trình SYBYL 6.8. Cấu trúc của 48 phân tử đã được tối ưu hóa hoàn toàn tại mức ab initio HF/3-21G* và các tính toán bán thực nghiệm AM1 sử dụng GAUSSIAN 98. Các điện tích tĩnh điện được tính toán bằng nhiều phương pháp như AM1 bán thực nghiệm, chức năng mật độ B3LYP/3-21G* và ab initio HF/3-21G*, tính toán MP2/3-21G* trong GAUSSIAN 98. Sử dụng các hình học tối ưu hóa, kết quả CoMFA đến từ phương pháp HF/3-21G cho kết quả tốt hơn so với AM1. CoMFA tốt nhất được thu được từ hình học tối ưu hóa HF/3-21G* và các điện tích (R² = 0.977). Sử dụng các hình học tối ưu hóa, kết quả CoMFA từ phương pháp HF/3-21G cho kết quả tốt hơn so với các giá trị từ tính toán AM1. Bộ huấn luyện gồm 43 phân tử cho kết quả R² cao hơn (0.989–0.977) từ các hình học tối ưu hóa HF/3-21G* so với các giá trị R² (0.966–0.911) từ các hình học tối ưu hóa AM1. Bộ kiểm tra gồm năm phân tử cũng cho thấy rằng các hình học tối ưu hóa HF/3-21G* tạo ra các mô hình CoMFA tốt để dự đoán khả năng sinh học của các ligand thụ thể sigma 1, trong khi các hình học tối ưu hóa AM1 không thể dự đoán khả năng sinh học hợp lý của các ligand thụ thể sigma 1 bằng cách sử dụng các tính toán khác nhau cho điện tích nguyên tử. © 2004 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 25: 1385–1399, 2004