Nghiên cứu phân tích trường phân tử so sánh (CoMFA) sử dụng phương pháp bán thực nghiệm, chức năng mật độ, ab initio và khai thác phẩn hóa học sử dụng DISCOtech trên các ligand sigma 1

Journal of Computational Chemistry - Tập 25 Số 11 - Trang 1385-1399 - 2004
Da‐Woon Jung1, Jie Floyd1, Tamara Gund1
1Department of Chemistry, and Environmental Science, New Jersey Institute of Technology, Newark, New Jersey 17102-1982

Tóm tắt

Tóm tắtPhân tích Trường Phân Tử So Sánh (CoMFA) được phát triển để nghiên cứu mô hình mối quan hệ hoạt động cấu trúc định lượng ba chiều (3D-QSAR) của các ligand đối với thụ thể sigma 1. Hình học khởi đầu của các ligand thụ thể sigma-1 được lấy từ quá trình tối ưu hóa lực Tripos và các hình thái được xác định từ DISCOtech sử dụng chương trình SYBYL 6.8. Cấu trúc của 48 phân tử đã được tối ưu hóa hoàn toàn tại mức ab initio HF/3-21G* và các tính toán bán thực nghiệm AM1 sử dụng GAUSSIAN 98. Các điện tích tĩnh điện được tính toán bằng nhiều phương pháp như AM1 bán thực nghiệm, chức năng mật độ B3LYP/3-21G* và ab initio HF/3-21G*, tính toán MP2/3-21G* trong GAUSSIAN 98. Sử dụng các hình học tối ưu hóa, kết quả CoMFA đến từ phương pháp HF/3-21G cho kết quả tốt hơn so với AM1. CoMFA tốt nhất được thu được từ hình học tối ưu hóa HF/3-21G* và các điện tích (R2 = 0.977). Sử dụng các hình học tối ưu hóa, kết quả CoMFA từ phương pháp HF/3-21G cho kết quả tốt hơn so với các giá trị từ tính toán AM1. Bộ huấn luyện gồm 43 phân tử cho kết quả R2 cao hơn (0.989–0.977) từ các hình học tối ưu hóa HF/3-21G* so với các giá trị R2 (0.966–0.911) từ các hình học tối ưu hóa AM1. Bộ kiểm tra gồm năm phân tử cũng cho thấy rằng các hình học tối ưu hóa HF/3-21G* tạo ra các mô hình CoMFA tốt để dự đoán khả năng sinh học của các ligand thụ thể sigma 1, trong khi các hình học tối ưu hóa AM1 không thể dự đoán khả năng sinh học hợp lý của các ligand thụ thể sigma 1 bằng cách sử dụng các tính toán khác nhau cho điện tích nguyên tử. © 2004 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 25: 1385–1399, 2004

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0065-7743(08)60871-4

Walker J. M., 1990, Pharmacol Rev, 42, 355

10.1016/S0960-894X(01)00788-0

10.1021/jm020889p

10.1021/jm010501a

10.1016/S0014-2999(01)01229-8

10.1016/S0014-2999(96)00602-4

10.1016/0014-2999(94)90517-7

10.1016/0024-3205(93)90588-T

10.1111/j.1527-3458.1996.tb00299.x

10.1016/0014-2999(94)90424-3

10.1021/jm980556l

10.1021/ja00226a005

10.1021/jm980369n

Gaillard P., 1998, J Med Chem, 39, 126, 10.1021/jm950410b

10.1021/jm980026p

10.1021/jm980631s

Shim J. Y., 1999, J Med Chem, 41, 4521, 10.1021/jm980305c

10.1021/jm9800292

10.1016/S0223-5234(98)80021-4

Bursi R., 1999, J Comput Aided Mol Design, 13, 221, 10.1023/A:1008010016362

10.1023/A:1008002602653

10.1021/ci0001278

10.1021/jm970740r

10.1021/jm00039a008

10.1016/S0014-2999(97)01248-X

10.1016/S0028-3908(96)00161-X

10.1016/S0969-8051(97)00097-8

10.1021/jm960720

2001, SYBYL 6.8

10.1007/BF00141577

10.1021/jm980409n

Gund T. M., J Mol Graphics Model

Gund T. M., 1991, J Math Chem, 8, 309, 10.1007/BF01166945

Manallack D.T., 1988, Mol. Pharmacol, 34, 863

10.1016/0014-2999(87)90524-3

Frisch M. J., 2001, Gaussian 98

Kenny P. W., 1994, J Chem Soc Perkin Trans 2, 2, 199, 10.1039/p29940000199

10.1007/BF00124364

Cark M., 1993, Quantum Struct Act Relat, 12, 137, 10.1002/qsar.19930120205

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 25 Số 11

1385-1399

Thông tin tác giả