Structure and Mechanism of Helicases and Nucleic Acid Translocases

Annual Review of Biochemistry - Tập 76 Số 1 - Trang 23-50 - 2007
Martin R. Singleton1, Mark S. Dillingham2, Dale B. Wigley3
1Macromolecular Structure and Function Laboratory, The London Research Institute, London WC2A 3PX, United Kingdom;
2DNA: Protein Interactions Unit, Department of Biochemistry, School of Medical Sciences, University of Bristol, Bristol BS8 1TD, United Kingdom;
3Molecular Enzymology Laboratory, The London Research Institute, Clare Hall Laboratories, Herts EN6 3LD, United Kingdom;

Tóm tắt

Helicases and translocases are a ubiquitous, highly diverse group of proteins that perform an extraordinary variety of functions in cells. Consequently, this review sets out to define a nomenclature for these enzymes based on current knowledge of sequence, structure, and mechanism. Using previous definitions of helicase families as a basis, we delineate six superfamilies of enzymes, with examples of crystal structures where available, and discuss these structures in the context of biochemical data to outline our present understanding of helicase and translocase activity. As a result, each superfamily is subdivided, where appropriate, on the basis of mechanistic understanding, which we hope will provide a framework for classification of new superfamily members as they are discovered and characterized.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0959-440X(05)80116-2

10.1021/bi00433a019

10.1146/annurev.bi.65.070196.001125

10.1126/science.275.5298.377

10.1038/35012652

10.1038/nature04331

10.1146/annurev.biophys.35.040405.101933

10.1002/j.1460-2075.1992.tb05330.x

10.1016/S1097-2765(03)00006-6

10.1002/pro.5560070309

10.1093/emboj/cdg043

10.1016/j.bbabio.2004.06.003

10.1002/j.1460-2075.1982.tb01276.x

10.1126/science.277.5324.333

10.1073/pnas.232401899

10.1074/jbc.M513089200

10.1074/jbc.M505520200

10.1073/pnas.0502886102

10.1093/emboj/cdg500

10.1128/JB.184.7.1819-1826.2002

10.1038/384379a0

10.1016/S0092-8674(00)80525-5

10.1016/S0092-8674(00)80716-3

10.1006/jmbi.1999.2873

10.1093/emboj/19.14.3799

10.1093/nar/27.16.3310

10.1021/bi992105o

10.1073/pnas.131009598

10.1016/S0959-440X(99)00059-7

10.1016/S0968-0004(00)01734-5

10.1073/pnas.76.4.1658

10.1101/gad.982902

10.1038/nature02988

10.1074/jbc.270.41.24451

10.1038/nature01083

10.1016/j.jmb.2004.10.005

10.1006/jmbi.1999.3185

10.1038/nsmb774

10.1021/bi050703z

10.1016/j.gene.2005.10.019

10.1080/10409230490460756

10.1016/j.gde.2004.01.007

10.1093/nar/gkl295

10.1016/j.cell.2006.03.030

10.1093/emboj/21.5.1168

Tai CL, 1996, J. Virol., 70, 8477, 10.1128/jvi.70.12.8477-8484.1996

10.1074/jbc.M403257200

10.1074/jbc.M407971200

10.1016/S0969-2126(98)00010-0

10.1074/jbc.M512100200

10.1128/JVI.77.1.571-582.2003

10.1128/JVI.75.17.8289-8297.2001

10.1099/0022-1317-81-7-1649

10.1016/j.cell.2006.01.054

10.1038/nature02704

10.1038/35000239

10.1038/nsmb771

10.1016/j.jmb.2006.02.078

10.1074/jbc.M301283200

10.1038/nsmb920

10.1126/science.1095596

10.1038/sj.emboj.7601104

10.1093/emboj/19.9.2094

10.1073/pnas.0508932102

10.1128/MCB.23.6.1935-1945.2003

10.1074/jbc.M211545200

10.1016/j.cell.2005.03.026

10.1073/pnas.97.24.13080

10.1038/nsmb919

10.1126/science.1074424

10.1074/jbc.M600205200

10.1006/bbrc.1997.6834

10.1016/j.molcel.2006.07.019

10.1016/S0092-8674(01)00501-3

10.1093/emboj/20.19.5503

10.1016/S1097-2765(03)00273-9

10.1016/j.cell.2005.11.045

10.1126/science.291.5501.121

10.1016/S0968-0004(01)01870-9

10.1016/S0960-9822(03)00523-2

10.1016/0014-5793(90)80175-I

10.1016/j.sbi.2004.12.001

10.1038/nature04943

10.1016/S0092-8674(00)80871-5

10.1007/BF00160243

10.1016/S1097-2765(03)00442-8

10.1016/S0092-8674(00)81648-7

10.1074/jbc.271.43.26825

10.1006/jmbi.2000.4398

10.1006/jmbi.1996.0297

10.1006/jmbi.1998.2128

10.1093/emboj/20.6.1462

10.1016/0022-2836(91)90923-T

10.1016/S0092-8674(03)00512-9

10.1126/science.288.5471.1643

10.1016/j.molcel.2004.06.039

10.1073/pnas.030539597

10.1038/sj.embor.7400010

10.1038/nsb893

10.1128/jb.178.5.1237-1241.1996

10.1006/jmbi.2001.4852

10.1073/pnas.031470598

10.1038/sj.emboj.7600835

10.1016/j.molcel.2006.06.019

10.1038/35054586

10.1016/j.cell.2004.09.007

10.1021/bi00073a023

10.1073/pnas.94.10.5012

10.1038/370621a0

10.1021/bi9521497

10.1074/jbc.273.41.26477

10.1016/j.jmb.2005.04.051

10.1016/j.molcel.2006.04.022

10.1016/j.molcel.2005.11.027

10.1038/nature04031

10.1016/j.cell.2004.09.017

10.1021/bi981094g

10.1016/j.jmb.2004.07.055

10.1016/S0022-2836(02)00733-7

10.1006/jmbi.2000.3965

10.1038/nsb0996-740

10.1126/science.274.5286.415