Genome Regulation by Long Noncoding RNAs

Annual Review of Biochemistry - Tập 81 Số 1 - Trang 145-166 - 2012
John L. Rinn1, Howard Y. Chang2
1Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard University, Cambridge, Massachusetts 02138, USA.
2Howard Hughes Medical Institute and Program in Epithelial Biology, Stanford University School of Medicine, Stanford, California 94305;

Tóm tắt

The central dogma of gene expression is that DNA is transcribed into messenger RNAs, which in turn serve as the template for protein synthesis. The discovery of extensive transcription of large RNA transcripts that do not code for proteins, termed long noncoding RNAs (lncRNAs), provides an important new perspective on the centrality of RNA in gene regulation. Here, we discuss genome-scale strategies to discover and characterize lncRNAs. An emerging theme from multiple model systems is that lncRNAs form extensive networks of ribonucleoprotein (RNP) complexes with numerous chromatin regulators and then target these enzymatic activities to appropriate locations in the genome. Consistent with this notion, lncRNAs can function as modular scaffolds to specify higher-order organization in RNP complexes and in chromatin states. The importance of these modes of regulation is underscored by the newly recognized roles of long RNAs for proper gene control across all kingdoms of life.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0022-2836(61)80072-7

10.1126/science.1155472

10.1016/j.cell.2009.02.006

10.1016/0022-2836(68)90387-2

10.1007/BF01731728

10.1128/MCB.1.2.179

10.1128/MCB.2.6.701

10.1073/pnas.86.1.177

10.1128/MCB.26.7.2560-2569.2006

10.1038/ng843

10.1016/S0022-2836(66)80009-8

10.1016/j.cell.2009.01.002

10.1016/j.cell.2011.03.014

10.1101/gad.1324305

10.1126/science.1064921

10.1126/science.1065062

10.1126/science.1065329

10.1016/0092-8674(93)90529-Y

10.1126/science.1103388

10.1126/science.1112014

10.1126/science.1068597

10.1101/gad.1055203

10.1038/nature05874

10.1101/gr.6036807

10.1038/35057141

10.1038/35057062

10.1126/science.1058040

10.1038/35055500

10.1126/science.274.5287.540

10.1038/990031

10.1016/0042-6822(56)90001-0

10.1261/rna.2183803

10.1016/S0092-8674(04)00045-5

10.1038/ng1590

10.1371/journal.pbio.1000625

10.1038/nsmb0207-103

10.1371/journal.pbio.1000371

10.1371/journal.pbio.1001102

10.1016/j.cell.2007.05.009

10.1016/j.cell.2006.02.041

10.1146/annurev.biochem.78.071107.134639

10.1038/nature06008

10.1016/j.cell.2008.07.020

10.1038/nature07672

10.1073/pnas.0904715106

10.1016/j.cell.2011.11.055

10.1038/ng.710

10.1038/ng.848

10.1016/j.cell.2010.06.040

10.1073/pnas.0904715106

10.1016/j.gde.2010.03.003

10.1016/j.tcb.2011.04.002

10.1038/nature10398

10.1038/nmeth.1226

10.1101/gr.079558.108

10.1093/bioinformatics/btp120

10.1038/nbt.1633

10.1038/nmeth.1613

10.1101/gad.17446611

10.1371/journal.pone.0008768

10.1038/nature09616

10.1126/science.1162228

10.1101/gr.6679507

10.1371/journal.pcbi.1000067

10.1016/j.ydbio.2011.03.033

10.1016/j.cell.2011.10.002

10.1073/pnas.0708102104

10.1371/journal.pcbi.1000176

10.1621/nrs.05006

10.1242/dev.02456

10.1242/dev.01919

10.1038/ncb1770

10.1073/pnas.0706729105

10.1101/gr.078378.108

10.1038/nature08975

10.1186/gb-2011-12-6-r56

10.1126/science.165.3891.349

10.1038/349038a0

10.1038/349084a0

10.1038/351153a0

10.1038/nrg3035

10.1126/science.1163045

10.1126/science.1197349

10.1016/j.cell.2007.05.022

10.1126/science.1192002

10.1101/gad.1983810

10.1371/journal.pbio.1000276

10.1126/science.1163802

10.1016/j.molcel.2008.08.022

10.1038/nrg2719

10.1101/gad.590910

10.1016/j.molcel.2010.03.021

10.1101/gad.1967810

10.1038/nature09033

10.1371/journal.pbio.1000384

10.1016/j.cell.2010.09.001

10.1038/nature09819

10.4161/rna.7.5.13216

10.1126/science.1191078

10.1038/nature05519

10.1016/j.cell.2011.06.026

10.1016/j.molcel.2011.08.018

10.1126/scisignal.2000568

10.4161/epi.6.5.15221

10.1101/sqb.2006.71.011

10.1038/onc.2010.568

10.1101/gad.1811209

10.1016/j.molcel.2011.08.027

10.1073/pnas.1113536108

10.1126/science.1206938

10.1371/journal.pbio.0020079

10.1016/j.molcel.2010.12.011

10.1038/nature07488

10.1101/gr.103473.109

10.1038/nrm2352

10.1038/nrg3049

10.1038/nature08237

10.1038/nature09322

10.1038/nmeth.1529

10.1073/pnas.1106501108

10.1016/j.tcb.2011.04.001

10.1158/0008-5472.CAN-10-2483

10.1158/0008-5472.CAN-11-1021

10.1245/s10434-011-1581-y

10.1038/nbt.1914

10.1371/journal.pgen.1001233

10.1101/gad.455708

10.1016/j.molcel.2010.08.011

10.1038/nature09701

10.1038/nature10118

10.1101/gad.458008

10.1101/gad.522509

10.1016/j.cell.2007.09.014

10.1038/nature09772

10.1038/nature06992