The Amber biomolecular simulation programs

Journal of Computational Chemistry - Tập 26 Số 16 - Trang 1668-1688 - 2005
David A. Case1, Thomas E. Cheatham2, Tom Darden3, Holger Gohlke4, Ray Luo5, Kenneth M. Merz6, Alexey V. Onufriev7, Carlos Simmerling8, Bing Wang1, Robert J. Woods9
1Scripps Research Institute#TAB#
2University of Utah
3NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH
4Goethe University Frankfurt
5University of California, at Irvine#TAB#
6Pennsylvania State University ‐ Hershey
7Virgina Tech.
8SUNY, Stony Brook
9University of Georgia;

Tóm tắt

AbstractWe describe the development, current features, and some directions for future development of the Amber package of computer programs. This package evolved from a program that was constructed in the late 1970s to do Assisted Model Building with Energy Refinement, and now contains a group of programs embodying a number of powerful tools of modern computational chemistry, focused on molecular dynamics and free energy calculations of proteins, nucleic acids, and carbohydrates. © 2005 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 26: 1668–1688, 2005

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1002/jcc.540020311

10.1016/0010-4655(95)00041-D

Allen M., 1987, Computer Simulation of Liquids

Frenkel D., 1996, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications

10.1201/9780203903827

Cramer C., 2002, Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models

10.1007/978-0-387-22464-0

10.1006/jcph.1999.6201

10.1016/0263-7855(96)00018-5

10.1016/j.jmgm.2003.12.005

Macke T., 1998, Molecular Modeling of Nucleic Acids, 379

10.1023/A:1007907925007

10.1021/ja981844

10.1021/ar000033j

10.1002/jcc.10379

10.1021/ja00315a051

10.1021/ja00124a002

10.1073/pnas.042496899

10.1021/ja0273851

10.1002/jcc.10184

10.1016/S0065-3233(03)66002-X

10.1002/1097-0282(2000)56:4<232::AID-BIP10037>3.0.CO;2-H

10.1002/jcc.20035

Rick S., 2002, Rev Comput Chem, 18, 89

10.1021/ja037005r

10.1021/jp0301103

10.1021/jp0219606

10.1021/j100011a061

Basma M., 2000, J Comput Chem, 22, 1125, 10.1002/jcc.1072

10.1016/S0166-1280(00)00487-5

10.1016/S0008-6215(00)85747-X

10.1021/ar50051a003

10.1002/bip.1979.360180925

10.1016/S0040-4039(01)90014-0

10.1002/bip.360290813

10.1021/jp963766n

10.1073/pnas.191362798

10.1016/0022-2836(76)90311-9

10.1002/jcc.540070604

Gao J., 1995, Rev Comput Chem, 7, 119, 10.1002/9780470125847.ch3

10.1021/ar970218z

10.1016/S1367-5931(02)00016-9

10.1063/1.471382

10.1063/1.474386

10.1063/1.470549

10.1002/1096-987X(200012)21:16<1494::AID-JCC6>3.0.CO;2-4

10.1002/jcc.540150303

10.1021/jp9809890

10.1021/jp9924124

10.1021/ja047695e

10.1063/1.444325

10.1063/1.445869

10.1080/00268978500103111

10.1063/1.1683075

10.1063/1.481505

10.1021/j100308a038

10.1021/j100016a067

Hockney R., 1981, Computer Simulation Using Particles

10.1002/andp.19213690304

DeLeeuw S., 1986, Annu Rev Phys Chem, 37, 245, 10.1146/annurev.pc.37.100186.001333

Kittel C., 1986, Introduction to Solid State Physics

10.1063/1.464397

10.1063/1.470117

10.1016/0010-4655(96)00043-4

10.1063/1.1301523

10.1021/jp951011v

10.1016/S0301-4622(99)00007-1

10.1021/jp0350924

10.1021/jp9614658

10.1021/jp031281a

10.1002/(SICI)1096-987X(199710)18:13<1632::AID-JCC5>3.0.CO;2-S

10.1002/jcc.1065

Smith W., 1982, CCP5 Inform Q, 4

10.1063/1.1324708

10.1021/jp027815

10.1016/0301-0104(81)85176-2

10.1063/1.1630791

10.1016/0021-9991(78)90092-X

10.1021/ja037005r

10.1063/1.1788631

10.1021/cr960149m

10.1146/annurev.physchem.51.1.129

10.1016/j.sbi.2004.03.009

10.1021/j100058a043

10.1088/0034-4885/66/5/202

10.1021/ja029833a

10.1002/jcc.10400

10.1002/(SICI)1096-987X(19990130)20:2<217::AID-JCC4>3.0.CO;2-A

10.1016/S0076-6879(04)83005-2

10.1021/j100108a002

10.1126/science.7761829

10.1002/jcc.10120

10.1002/jcc.540120718

10.1002/jcc.540090407

10.1063/1.1622376

10.1063/1.1631258

10.1021/ja00172a038

Jayaram B., 1998, J Phys Chem, 109, 1465, 10.1063/1.476697

10.1002/jcc.10126

10.1063/1.1857811

10.1021/jp994072s

10.1016/0009-2614(95)01082-K

10.1021/jp961710n

10.1007/s002140050460

Bondi A., 1964, J Chem Phys, 64, 441, 10.1021/j100785a001

10.1002/jcc.10378

10.1016/S0022-2836(99)80019-9

10.1021/jp9521621

10.1002/prot.20033

2004, J Mol Graph Model, 22, 317, 10.1016/j.jmgm.2004.03.015

10.1021/ja00181a020

10.1063/1.461157

10.1002/prot.10363

10.1021/ja9727023

10.1021/ja993119k

10.1021/jp034505y

10.1126/science.220.4598.671

10.1016/S0009-2614(99)01123-9

Sugita Y., 2000, Prog Theor Phys, 138, 402, 10.1143/PTPS.138.402

10.1063/1.1308516

10.1002/1097-0282(2001)60:2<96::AID-BIP1007>3.0.CO;2-F

10.1016/S0006-3495(03)74897-8

10.1073/pnas.1330954100

10.1073/pnas.0731771100

Nymeyer H., 2003, Biophys J., 84, 381A

10.1016/j.jmgm.2003.12.006

10.1016/0263-7855(88)80054-7

10.1016/S0022-2836(03)00610-7

10.1002/prot.340110305

10.1006/jmbi.1995.0514

10.1146/annurev.pc.46.100195.001255

10.1021/ma50003a019

10.1021/ma00137a013

10.1006/jmbi.1998.1807

10.1002/prot.10025

10.1002/prot.340170408

10.1063/1.1309534

10.1002/1097-0134(20010401)43:1<45::AID-PROT1016>3.0.CO;2-N

10.1006/jmbi.1994.1172

10.1021/ja00381a009

10.1021/ja00410a002

10.1021/ja00049a043

10.1023/A:1011241030461

10.1021/ja0107226

10.1021/ja012750u

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Journal of Computational Chemistry

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