Networking in a global world: Establishing functional connections between neural splicing regulators and their target transcripts

RNA - Tập 17 Số 5 - Trang 775-791 - 2011
John A. Calarco1,2,3, Mei Zhen2,3, Benjamin J. Blencowe1,2
1Banting and Best Department of Medical Research, Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada M5S 3E1
2Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada M5S 1A8
3Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, Toronto, Ontario, Canada M5G 1X5

Tóm tắt

Recent genome-wide analyses have indicated that almost all primary transcripts from multi-exon human genes undergo alternative pre-mRNA splicing (AS). Given the prevalence of AS and its importance in expanding proteomic complexity, a major challenge that lies ahead is to determine the functional specificity of isoforms in a cellular context. A significant fraction of alternatively spliced transcripts are regulated in a tissue- or cell-type-specific manner, suggesting that these mRNA variants likely function in the generation of cellular diversity. Complementary to these observations, several tissue-specific splicing factors have been identified, and a number of methodological advances have enabled the identification of large repertoires of target transcripts regulated by these proteins. An emerging theme is that tissue-specific splicing factors regulate coherent sets of splice variants in genes known to function in related biological pathways. This review focuses on the recent progress in our understanding of neural-specific splicing factors and their regulatory networks and outlines existing and emerging strategies for uncovering important biological roles for the isoforms that comprise these networks.

Từ khóa


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