ggtree: một gói r để trực quan hóa và chú thích các cây phát sinh loài cùng với các biến liên quan và dữ liệu khác

Methods in Ecology and Evolution - Tập 8 Số 1 - Trang 28-36 - 2017
Guangchuang Yu1, David K. Smith1, Huachen Zhu1, Yi Guan1, Tommy Tsan‐Yuk Lam1
1State Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases and Centre of Influenza Research School of Public Health The University of Hong Kong 21 Sassoon Road Pokfulam Hong Kong SAR China

Tóm tắt

Tóm tắt

Chúng tôi giới thiệu gói r, ggtree, cung cấp hình ảnh hóa có thể lập trình và chú thích cho các cây phát sinh loài.

ggtree có thể đọc nhiều định dạng tệp cây hơn so với các phần mềm khác, bao gồm các định dạng newick, nexus, NHX, phylip và jplace, và hỗ trợ hình ảnh hóa các đối tượng cây phylo, multiphylo, phylo4, phylo4d, obkdata và phyloseq được định nghĩa trong các gói r khác. Nó cũng có thể trích xuất các dữ liệu cụ thể về cây/nhánh/nút và các dữ liệu khác từ đầu ra phân tích của các phần mềm beast, epa, hyphy, paml, phylodog, pplacer, r8s, raxml và revbayes, và cho phép sử dụng các dữ liệu này để chú thích cây.

Gói này cho phép tô màu và chú thích một cây dựa trên thuộc tính nút số/nhóm, thao tác một cây bằng cách xoay, thu gọn và phóng to các nhánh, làm nổi bật các nhánh hoặc đơn vị phân loại thuần túy do người dùng chọn và khám phá một cây lớn bằng cách phóng to vào một phần đã chọn.

Một cây hai chiều có thể được vẽ bằng cách điều chỉnh chiều rộng cây dựa trên một thuộc tính của các nút. Một cây có thể được chú thích với một ma trận số liên quan (dưới dạng bản đồ nhiệt), bố trí trình tự đa dạng, đồ thị con hoặc hình ảnh bóng.

Gói ggtree được phát hành dưới giấy phép artistic-2.0. Mã nguồn và tài liệu của nó có sẵn miễn phí qua bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/ggtree).

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1101/gr.141978.112

10.1093/sysbio/syr010

10.1002/pmic.200300771

10.1371/journal.pcbi.1003537

10.1186/1471-2105-7-439

10.1186/gb-2004-5-10-r80

10.1093/sysbio/sys062

10.1016/j.epidem.2014.04.003

10.1128/JVI.05262-11

10.1111/j.1365-294X.2012.05577.x

10.1038/nature14348

10.1093/nar/gkr201

10.1128/JVI.01327-14

10.1186/1471-2105-11-538

10.1371/journal.pone.0031009

10.1371/journal.pone.0061217

Page R.D.M., 1996, Tree View: an application to display phylogenetic trees on personal computers, Computer applications in the biosciences: CABIOS, 12, 357

10.1093/bioinformatics/btg412

10.1093/bioinformatics/bti079

R Core Team, 2015, R: A Language and Environment for Statistical Computing

Rambaut A.(2014)FigTree v1.4.2. Available at:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/(accessed 10 March 2015).

10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x

10.1002/jez.b.19

10.1093/sysbio/syu039

10.1093/bioinformatics/btu033

10.1007/978-0-387-98141-3

Wilkinson L., 2005, The Grammar of Graphics

10.1093/molbev/msm088

Yu G., 2016, Data from: ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data, Methods in Ecology and Evolution

10.1093/nar/gks576

Thông tin
Thông tin xuất bản

Methods in Ecology and Evolution

Tập 8 Số 1

28-36

Thông tin tác giả