CHARMM: Một chương trình cho tính toán năng lượng vĩ mô, tối ưu hóa và động lực học

Journal of Computational Chemistry - Tập 4 Số 2 - Trang 187-217 - 1983
Bernard R. Brooks1,2, Robert E. Bruccoleri1,3, Barry D. Olafson1,4, David J. States1,5, S. Swaminathan1, Martin Karplus1
1Department of Chemistry, Harvard University, Cambridge, Massachusetts, 02138
2National Science Foundation Postdoctoral Fellow.
3National Science Foundation Predoctoral Fellow (1977–1980).
4National Institutes of Health Postdoctoral Fellow.
5Supported by the National Institutes of Health Medical Science Training Program, grant No. GMO-7753.

Tóm tắt

Tóm tắt

CHARMM (Hóa học tại Harvard Macromolecular Mechanics) là một chương trình máy tính linh hoạt cao sử dụng các hàm năng lượng thực nghiệm để mô phỏng các hệ thống vĩ mô. Chương trình có thể đọc hoặc tạo mô hình cấu trúc, tối ưu hóa năng lượng cho chúng bằng kỹ thuật đạo hàm bậc nhất hoặc bậc hai, thực hiện mô phỏng chế độ bình thường hoặc động lực học phân tử, và phân tích các tính chất cấu trúc, cân bằng và động lực học được xác định trong các phép tính này. Các hoạt động mà CHARMM có thể thực hiện được mô tả, và một số chi tiết triển khai được nêu ra. Một tập hợp các tham số cho hàm năng lượng thực nghiệm và một ví dụ chạy mẫu được bao gồm.

Từ khóa

#CHARMM #hóa học vĩ mô #tối ưu hóa năng lượng #động lực học phân tử #mô phỏng hệ thống vĩ mô

Tài liệu tham khảo

10.1021/ja01483a011

10.1016/0022-2836(69)90421-5

10.1021/cr60270a003

10.1021/ja00805a012

10.1146/annurev.pc.31.100180.000333

Karplus M., 1980, Biophys. J., 32, 628, 10.1016/S0006-3495(80)84993-9

10.1021/ma50003a019

10.1021/ja00365a049

10.1021/ja01083a024

10.1016/0022-2852(70)90054-8

10.1016/S0065-3160(08)60212-9

10.1107/S0567739477001910

10.1021/ja00396a033

Williams D. E., 1981, Chem. Phys., 55, 163,, 10.1016/0301-0104(81)85016-1

10.1063/1.1681229

Lykos P., 1978

10.1038/282459a0

10.1021/ja00502a001

10.1002/bip.1979.360180407

10.1063/1.438701

10.1021/ja00513a065

10.1063/1.439559

10.1021/ja00392a016

10.1073/pnas.72.6.2002

10.1038/262325a0

10.1073/pnas.73.6.1974

10.1038/267585a0

10.1038/272222a0

10.1038/293677a0

10.1002/bip.1981.360201208

10.1002/bip.360210404

10.1021/ja00365a050

10.1021/bi00539a001

Warshel A., 1974, “QCFF/PI”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 247

Browman M. J., 1975, “ECEPP”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 286

B. R.Gelin Ph.D. thesis Harvard University Cambridge MA 1976.

Allinger N. L., 1976, “MMI/MMPI”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 318

Huler E., 1977, “MCA”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 325

10.1016/0097-8485(77)85009-2

Browman M. J., 1978, “UNICEPP”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 361

10.1021/j100512a009

Williams D. E., 1979, “PCK5/PCK6”, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 373

Allinger N. L., 1981, “MM2”, Quantum Chemistry Program Exchange, 13, 395

10.1002/jcc.540020311

10.1021/bi00574a022

10.1021/j100513a014

10.1119/1.1934101

10.1021/ja00392a017

10.1021/ja00392a018

10.1063/1.1670007

10.1063/1.1674031

10.1016/0022-2836(76)90311-9

W.ReiherandM.Karplus in preparation.

10.1063/1.1749327

10.1080/00268977700102571

B. R.BrooksandM.Karplus in preparation.

Willis B. T., 1975, Thermal Vibrations in Crystallography

10.1093/comjnl/7.2.149

D. J.StatesandM.Karplus in preparation.

D. J.StatesandM.Karplus in preparation.

10.1107/S0567740875002415

10.1063/1.1743957

10.1103/PhysRev.159.98

Gear C. W., 1971, Numerical Initial Value Problems in Ordinary Differential Equations

10.1103/PhysRev.153.250

Ladner R. C., 1982, Proc. Soc. Physico‐Optical Instr. Engin., 367, 13

10.1093/comjnl/1.2.90

10.1093/comjnl/3.1.23

10.1145/321033.321039

Wilkinson J. H., 1965, The Algebraic Eigenvalue Problem

Michels H., 1965, Quantum Chemistry Program Exchange, 11, 62

B. R.BrooksandM.Karplus in preparation.

B. R.BrooksandM.Karplus in preparation.

10.1145/362384.362685

10.1145/356662.356667

10.1016/0022-2836(71)90324-X

10.1016/S0022-2836(63)80023-6

T. J.O'Donnell “GRAMPS GRAphics for the MPS A Command Language Interpreter for Producing Computer Graphics on the Evans & Sutherland Multi‐Picture System” National Resource for Computation in Chemistry Berkeley CA 1981.

10.1145/321796.321811

10.1016/0022-2836(70)90057-4

10.1146/annurev.pc.16.100165.000435

Berne B. J., 1976, Dynamic Light Scattering

10.1090/S0025-5718-1965-0178586-1

10.1103/PhysRev.182.280

S. Y.LeeandM.Karplus in preparation.

10.1016/S0006-3495(80)84998-8

T.Beyer “FLECS User's Manual” (1975) Computing Center University of Oregon Eugene OR 97403.

10.1145/362929.362947

Ullman J. D., 1976, Fundamental Concepts of Programming Systems

10.1016/0022-2836(79)90265-1

Alderbing N., 1979, Biochemistry, 17, 43

10.1146/annurev.bi.41.070172.004351

10.1146/annurev.bb.08.060179.000531

Weber G., 1978, Adv. Protein Chem., 29, 1

10.1021/bi00688a008

10.1002/bip.1980.360190712

10.1016/0022-2836(81)90342-9

D. J.StatesandM.Karplus in preparation.

10.1103/PhysRev.37.682

Pitzer K. S., Advances in Chemical Physics, 59

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 4 Số 2

187-217

Thông tin tác giả