Scholar Hub/Chủ đề/#cffdna/
cfDNA (cell-free DNA) là các đoạn DNA ngắn không được bảo vệ bởi màng tế bào, xuất hiện trong huyết tương và các dịch sinh học khác. Chúng có nguồn gốc từ quá trình chết tế bào hoặc tổn thương tế bào. cfDNA có giá trị trong y học, giúp chẩn đoán và theo dõi ung thư qua sinh thiết lỏng, xác định dị tật bẩm sinh không xâm lấn trong thai kỳ, và theo dõi bệnh lý di truyền cùng ghép tạng. Tuy tiềm năng lớn, cfDNA còn đối mặt thách thức như dễ phân hủy và nồng độ thấp, đòi hỏi kỹ thuật xử lý nhạy cảm và chính xác.
Tổng Quan về cfDNA (cell-free DNA)
DNA tự do trong huyết tương hay cfDNA (cell-free DNA) là một dạng DNA ngắn đoạn không được bảo vệ bởi màng tế bào, xuất hiện trong huyết tương và các dịch sinh học khác. cfDNA chủ yếu được phát hiện trong huyết tương máu và đã được chứng minh là có giá trị trong chẩn đoán ung thư, theo dõi sự phát triển của khối u, thai kỳ cũng như các bệnh lý khác.
Nguồn gốc và Đặc điểm của cfDNA
cfDNA chủ yếu có nguồn gốc từ quá trình chết tế bào theo chương trình (apoptosis) hoặc từ các tế bào bị tổn thương và giải phóng DNA ra môi trường ngoại bào. Ngoài ra, trong thai kỳ, cfDNA của thai nhi cũng có thể được tìm thấy trong huyết tương của người mẹ. cfDNA thường có kích thước nhỏ, trung bình khoảng 150 - 200 bp (base pair) và tồn tại với nồng độ rất thấp trong huyết tương.
Ứng Dụng của cfDNA trong Y học
Chẩn đoán và theo dõi ung thư
cfDNA đã được sử dụng như một dấu hiệu sinh học trong ung thư học. "Sinh thiết lỏng" theo dõi cfDNA giúp phát hiện sớm sự xuất hiện và tiến triển của khối u bằng cách tìm kiếm những đột biến đặc trưng hoặc thay đổi methyl hóa trong cfDNA.
Xác định rủi ro và dị tật bẩm sinh trong thai kỳ
cfDNA của thai nhi trong huyết tương của người mẹ được sử dụng để thực hiện xét nghiệm sàng lọc không xâm lấn các bất thường nhiễm sắc thể như hội chứng Down, mẹo và trisomy 18.
Theo dõi các bệnh lý di truyền và ghép tạng
cfDNA cũng được sử dụng để theo dõi bệnh lý di truyền và ghép tạng bằng cách định lượng các phiên bản cfDNA từ cơ quan cấy ghép để đánh giá tình trạng bài thải.
Các Thách Thức và Tiềm Năng của cfDNA
Mặc dù cfDNA mang đến nhiều cơ hội hứa hẹn, nhưng cũng tồn tại một số thách thức cần vượt qua. Trong số đó, việc thu thập và xử lý mẫu phải được thực hiện một cách chính xác vì cfDNA dễ bị phân hủy. Hơn nữa, nồng độ thấp và phân mảnh của cfDNA đòi hỏi các kĩ thuật nhạy cảm và chính xác để xác định rõ ràng.
Tuy nhiên, với sự phát triển của công nghệ giải trình tự và phân tích sinh học, cfDNA là một lĩnh vực có tiềm năng lớn trong việc cải thiện chẩn đoán và điều trị y học cá nhân hóa, hứa hẹn mang lại lợi ích to lớn cho người bệnh.
NGHIÊN CỨU HIỆU QUẢ THU HỒI DNA PHÔI THAI TỰ DO CỦA HAI BỘ TÁCH CHIẾT DNA THƯƠNG MẠI Mục tiêu: Đánh giá hiệu quả thu hồi DNA tự do phôi thai (cffDNA) của 2 bộ kít thương mại QIAamp Circulating Nucleic Acid và MagMAX Circulating DNA. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: mẫu huyết tương của thai phụ mang thai nam. Nghiên cứu so sánh hiệu quả thu hồi cfDNA của 2 quy trình tách chiết dựa trên tỷ lệ fetal fraction (FF) bằng phương pháp định lượng realtime PCR. Kết quả: Tỷ lệ FF trung bình của bộ kit QIAamp là 7,93%; FF trung bình của bộ kít MagMAX là 6,23%. Tỷ lệ FF trung bình của QIAamp cao gấp 1,27 lần so với MagMAX, nhưng sự khác biệt có không có ý nghĩa (p=0,33). Không có sự khác nhau về hiệu quả thu hồi cffDNA của bộ kít QIAamp và bộ kít MagMAX.
#cfDNA #cffDNA #MagMAX và QIAamp
Prenatal diagnosis of trisomy 8 mosaicism, initially identified by cffDNA screening Molecular Cytogenetics - Tập 15 - Trang 1-7 - 2022
So called cell-free fetal DNA (cffDNA) in the maternal plasma, which is derived from placenta, is widely used to screen fetal aneuploidies, including trisomy 21, 18, 13 and sex chromosomes. Here we reported a case of trisomy 8 mosaicism (T8M), which was initially identified via cffDNA screening in noninvasive prenatal testing (NIPT). A 35-year-old woman received cffDNA screening at 17th week of gestation. Amniocentesis was performed subsequently, and karyotyping, single-nucleotide polymorphism array (SNP-array) and BACs-on-Beads™ (BoBs™) were used to determine fetal chromosome content. Interphase fluorescence in situ hybridization (FISH) was applied to determine the copy number of chromosome 8. An enhanced risk for fetal trisomy 8 was identified by cffDNA screening in the studied pregnant woman. After amniocentesis trisomy 8 was found in 1 of 73 metaphases. SNP-array on DNA derived from cultured amniocytes and neonatal cord blood cells suggested the presence of T8M. Interphase FISH on native neonatal cord blood cells confirmed T8M with a percentage of 10%. The Bobs™ fluorescence data also suggested that 8q23-8q24 was amplified. The current study shows that NIPT is suited to provide hints on rare autosomal trisomies, which have to be further validated and confirmed by other approaches.
Nghiên cứu một số yếu tố của mẹ và thai ảnh hưởng đến nồng độ DNA tự do của thai trong máu mẹ DNA tự do của thai (cffDNA) là nguyên liệu của xét nghiệm sàng lọc trước sinh không xâm lấn NIPT (Non-invasive prenatal testing) các lệch bội nhiễm sắc thể. Nồng độ cffDNA có thể bị ảnh hưởng bởi một số yếu tố từ phía thai phụ và thai. Phân tích các yếu tố như: tuổi mẹ, chỉ số BMI của mẹ và tuổi thai với nồng độ cffDNA. Nghiên cứu hồi cứu mô tả cắt ngang, gồm 1171 thai phụ làm xét nghiệm NIPT tại Trung tâm Di truyền lâm sàng - Bệnh viện Đại học Y Hà Nội. Kết quả cho thấy độ tuổi trung bình của các thai phụ tham gia nghiên cứu là 30,22 ± 5,61, nồng độ cffDNA có xu hướng giảm khi tuổi thai phụ ≥ 30 tuổi, sự khác biệt chưa có ý nghĩa thống kê (p > 0,05). BMI trung bình của các thai phụ là 21,15 ± 2,61 (kg/m2), nồng độ cffDNA giảm khi nồng độ BMI của mẹ tăng (p < 0,001). Tuổi thai trung bình là 11,84 ± 2,00 tuần, nồng độ cffDNA trung bình là 8,46 ± 2,89%, tăng khi tuổi thai tăng (p < 0,05). Như vậy, nồng độ cffDNA giảm khi BMI của mẹ tăng, tăng khi tuổi thai tăng và có xu hướng giảm khi tuổi thai phụ ≥ 30 tuổi.
#NIPT #cffDNA #yếu tố liên quan đến cffDNA
Primary study on application of cell-free fetal DNA (cffDNA) in non-invasive prenatal testing of β-thalassemia β-thalassemia is a common autosomal recessive disorders, caused by mutations in the β-globin gene. It severely influences the physical and mental development of affected children and place an immense burden of care and treatment on the family and society. Therefore, the prenatal screening of β-thalassemia to control its increase in the community is anessential part of preventive genetics. Currently, besides traditional prenatal diagnostic tests that requires invasive sampling techniques such as amniocentesis or chorionic villous sampling (CVS), the use of cffDNA for non-invasive prenatal testing of β-thalassemia is a new, safer, and more effective direction. In this study, we extracted and enriched the percent of cffDNA in the maternal peripheral blood as well as optimized AS-PCR to detect three most common β-thalassemia mutations CD17, CD26, and CD41/42. Presence or absence of the paternal mutant allele was then correctly determined in all of 7 cases compared to fetal genotyping that determined with amniocentesis.
PHÂN TÍCH GIÁ TRỊ CỦA NỒNG ĐỘ CFFDNA TRONG XÉT NGHIỆM NIPT SÀNG LỌC TRƯỚC SINH HỘI CHỨNG DOWN Mục tiêu nghiên cứu: Phân tích giá trị của nồng độ cffDNA trong xét nghiệm NIPT sàng lọc trướcsinh hội chứng Down.Phương pháp và thời gian nghiên cứu: 17.451 thai phụ thực hiện xét nghiệm NIPT tại từ tháng10/2020 đến tháng 07/2022. Nghiên cứu mô tả cắt ngang kết hợp hồi cứu.Kết quả và kết luận: Nồng độ cffDNA có mối liên quan đồng biến với tuần thai nhưng có mối liênquan nghịch biến với tuổi của thai phụ. Trong nhóm thai phụ có kết quả xét nghiệm NIPT dương tính,có mối liên quan đồng biến chặt chẽ giữa nồng độ cffDNA và chỉ số z-score.
#NIPT #cffDNA #trisomy 21.
