JLigand: a graphical tool for the CCP4 template-restraint libraryInternational Union of Crystallography (IUCr) - Tập 68 Số 4 - Trang 431-440 - 2012
Andrey A. Lebedev, Paul G. Young, Michail N. Isupov, О.В. Мороз, A. A. Vagin, Garib N. Murshudov
Biological macromolecules are polymers and therefore the restraints for macromolecular refinement can be subdivided into two sets: restraints that are applied to atoms that all belong to the same monomer and restraints that are associated with the covalent bonds between monomers. The CCP4 template-restraint library contains three types of data entries defining te...... hiện toàn bộ
MolProbity: xác thực cấu trúc toàn nguyên tử cho tinh thể học đại phân tử Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 1 - Trang 12-21 - 2010
Vincent B. Chen, W.B. Arendall, Jeffrey J. Headd, D.A. Keedy, Robert M. Immormino, Gary J. Kapral, Laura W. Murray, Jane S. Richardson, David Richardson
MolProbity là một dịch vụ web xác thực cấu trúc cung cấp đánh giá chất lượng mô hình dựa trên nhiều tiêu chí chắc chắn ở cả cấp độ toàn cục và cục bộ cho cả protein và axit nucleic. Nó phụ thuộc nhiều vào sức mạnh và độ nhạy được cung cấp bởi việc đặt hydro tối ưu và phân tích tiếp xúc toàn nguyên tử, bổ sung bởi các phiên bản cập nhật của hình học cộng hóa trị v...... hiện toàn bộ
XDS Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 2 - Trang 125-132 - 2010
Wolfgang Kabsch
Việc sử dụng và kiểm soát các sửa đổi gần đây của gói chương trình XDS cho việc xử lý hình ảnh quay được mô tả trong bối cảnh của các phiên bản trước. Các tính năng mới bao gồm xác định tự động kích thước điểm và khoảng phản xạ, cũng như nhận dạng và phân loại đối xứng tinh thể. Hơn nữa, các giới hạn của các phiên bản gói trước về số lượng yếu tố sửa đổi/tỉ lệ và...... hiện toàn bộ
PHENIX: hệ thống toàn diện dựa trên Python cho việc giải quyết cấu trúc đại phân tử Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 2 - Trang 213-221 - 2010
Paul D. Adams, Pavel V. Afonine, G. Bunkóczi, Vincent B. Chen, Ian Davis, Nathaniel Echols, Jeffrey J. Headd, Li‐Wei Hung, Gary J. Kapral, Ralf W. Grosse‐Kunstleve, Airlie J. McCoy, Nigel W. Moriarty, Robert D. Oeffner, Randy J. Read, David Richardson, Jane S. Richardson, Thomas C. Terwilliger, Peter H. Zwart
Kỹ thuật tinh thể học X-quang đại phân tử thường được áp dụng để hiểu các quá trình sinh học ở cấp độ phân tử. Tuy nhiên, vẫn cần thời gian và nỗ lực đáng kể để giải quyết và hoàn thiện nhiều cấu trúc này do yêu cầu giải thích thủ công các dữ liệu số phức tạp thông qua nhiều gói phần mềm khác nhau và việc sử dụng lặp đi lặp lại đồ họa ba chiều tương tác.PHENIXđã ...... hiện toàn bộ