JLigand: a graphical tool for the CCP4 template-restraint libraryInternational Union of Crystallography (IUCr) - Tập 68 Số 4 - Trang 431-440 - 2012
Andrey A. Lebedev, Paul G. Young, Michail N. Isupov, О.В. Мороз, A. A. Vagin, Garib N. Murshudov
Biological macromolecules are polymers and therefore the restraints for
macromolecular refinement can be subdivided into two sets: restraints that are
applied to atoms that all belong to the same monomer and restraints that are
associated with the covalent bonds between monomers. The CCP4 template-restraint
library contains three types of data entries defining template restraints:
descriptions of ... hiện toàn bộ
MolProbity: xác thực cấu trúc toàn nguyên tử cho tinh thể học đại phân tử Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 1 - Trang 12-21 - 2010
Vincent B. Chen, W.B. Arendall, Jeffrey J. Headd, D.A. Keedy, Robert M. Immormino, Gary J. Kapral, Laura W. Murray, Jane S. Richardson, David Richardson
MolProbity là một dịch vụ web xác thực cấu trúc cung cấp đánh giá chất lượng mô
hình dựa trên nhiều tiêu chí chắc chắn ở cả cấp độ toàn cục và cục bộ cho cả
protein và axit nucleic. Nó phụ thuộc nhiều vào sức mạnh và độ nhạy được cung
cấp bởi việc đặt hydro tối ưu và phân tích tiếp xúc toàn nguyên tử, bổ sung bởi
các phiên bản cập nhật của hình học cộng hóa trị và tiêu chí góc xoay. Một số
sửa chữ... hiện toàn bộ
XDS Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 2 - Trang 125-132 - 2010
Wolfgang Kabsch
Việc sử dụng và kiểm soát các sửa đổi gần đây của gói chương trình XDS cho việc
xử lý hình ảnh quay được mô tả trong bối cảnh của các phiên bản trước. Các tính
năng mới bao gồm xác định tự động kích thước điểm và khoảng phản xạ, cũng như
nhận dạng và phân loại đối xứng tinh thể. Hơn nữa, các giới hạn của các phiên
bản gói trước về số lượng yếu tố sửa đổi/tỉ lệ và việc biểu diễn nội dung pixel
đã đ... hiện toàn bộ
PHENIX: hệ thống toàn diện dựa trên Python cho việc giải quyết cấu trúc đại phân tử Dịch bởi AI International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 2 - Trang 213-221 - 2010
Paul D. Adams, Pavel V. Afonine, G. Bunkóczi, Vincent B. Chen, Ian Davis, Nathaniel Echols, Jeffrey J. Headd, Li‐Wei Hung, Gary J. Kapral, Ralf W. Grosse‐Kunstleve, Airlie J. McCoy, Nigel W. Moriarty, Robert D. Oeffner, Randy J. Read, David Richardson, Jane S. Richardson, Thomas C. Terwilliger, Peter H. Zwart
Kỹ thuật tinh thể học X-quang đại phân tử thường được áp dụng để hiểu các quá
trình sinh học ở cấp độ phân tử. Tuy nhiên, vẫn cần thời gian và nỗ lực đáng kể
để giải quyết và hoàn thiện nhiều cấu trúc này do yêu cầu giải thích thủ công
các dữ liệu số phức tạp thông qua nhiều gói phần mềm khác nhau và việc sử dụng
lặp đi lặp lại đồ họa ba chiều tương tác.PHENIXđã được phát triển nhằm cung cấp
một h... hiện toàn bộ