Genome Research
SCOPUS (1991-2025)SCIE-ISI
1549-5469
1088-9051
Mỹ
Cơ quản chủ quản: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT , Cold Spring Harbor Laboratory Press
Lĩnh vực:
Genetics (clinical)Genetics
Phân tích ảnh hưởng
Các bài báo tiêu biểu
Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks
Tập 13 Số 11 - Trang 2498-2504 - 2003
Cytoscape is an open source software project for integrating biomolecular
interaction networks with high-throughput expression data and other molecular
states into a unified conceptual framework. Although applicable to any system of
molecular components and interactions, Cytoscape is most powerful when used in
conjunction with large databases of protein-protein, protein-DNA, and genetic
interactio...
Bộ công cụ phân tích bộ gen: Một khung MapReduce cho việc phân tích dữ liệu giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo Dịch bởi AI
Tập 20 Số 9 - Trang 1297-1303 - 2010
Các dự án giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo (NGS), chẳng hạn như Dự án Bộ Gen
1000, đã và đang cách mạng hóa sự hiểu biết của chúng ta về sự biến dị di truyền
giữa các cá nhân. Tuy nhiên, các tập dữ liệu khổng lồ được tạo ra bởi NGS—chỉ
riêng dự án thí điểm Bộ Gen 1000 đã bao gồm gần năm terabase—làm cho việc viết
các công cụ phân tích giàu tính năng, hiệu quả và đáng tin cậy trở nên khó khăn
nga...
#khoa học #giải trình tự DNA #Bộ Gen 1000 #GATK #MapReduce #phân tích bộ gen #sự biến dị di truyền #công cụ NGS #phân giải song song #SNP #Atlas Bộ Gen Ung thư
WebLogo: A Sequence Logo Generator: Figure 1
Tập 14 Số 6 - Trang 1188-1190 - 2004
WebLogo generates sequence logos, graphical representations of the patterns
within a multiple sequence alignment. Sequence logos provide a richer and more
precise description of sequence similarity than consensus sequences and can
rapidly reveal significant features of the alignment otherwise difficult to
perceive. Each logo consists of stacks of letters, one stack for each position
in the sequenc...
The Human Genome Browser at UCSC
Tập 12 Số 6 - Trang 996-1006 - 2002
As vertebrate genome sequences near completion and research refocuses to their
analysis, the issue of effective genome annotation display becomes critical. A
mature web tool for rapid and reliable display of any requested portion of the
genome at any scale, together with several dozen aligned annotation tracks, is
provided athttp://genome.ucsc.edu. This browser displays assembly contigs and
gaps, ...
Circos: An information aesthetic for comparative genomics
Tập 19 Số 9 - Trang 1639-1645 - 2009
We created a visualization tool called Circos to facilitate the identification
and analysis of similarities and differences arising from comparisons of
genomes. Our tool is effective in displaying variation in genome structure and,
generally, any other kind of positional relationships between genomic intervals.
Such data are routinely produced by sequence alignments, hybridization arrays,
genome m...
Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs
Tập 18 Số 5 - Trang 821-829 - 2008
We have developed a new set of algorithms, collectively called “Velvet,” to
manipulate de Bruijn graphs for genomic sequence assembly. A de Bruijn graph is
a compact representation based on short words (k-mers) that is ideal for high
coverage, very short read (25–50 bp) data sets. Applying Velvet to very short
reads and paired-ends information only, one can produce contigs of significant
length, u...
BLAT—The BLAST-Like Alignment Tool
Tập 12 Số 4 - Trang 656-664 - 2002
Analyzing vertebrate genomes requires rapid mRNA/DNA and cross-species protein
alignments. A new tool, BLAT, is more accurate and 500 times faster than popular
existing tools for mRNA/DNA alignments and 50 times faster for protein
alignments at sensitivity settings typically used when comparing vertebrate
sequences. BLAT's speed stems from an index of all nonoverlapping K-mers in the
genome. This ...
CheckM: đánh giá chất lượng của bộ genome vi sinh vật được phục hồi từ các mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và metagenome Dịch bởi AI
Tập 25 Số 7 - Trang 1043-1055 - 2015
Sự phục hồi quy mô lớn của các bộ genome từ các mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và dữ
liệu metagenome đã trở nên khả thi nhờ những tiến bộ trong các phương pháp tính
toán và giảm đáng kể chi phí giải trình tự. Mặc dù sự mở rộng này của các bộ
genome nháp đang cung cấp thông tin chính yếu về tính đa dạng tiến hóa và chức
năng của đời sống vi sinh vật, việc hoàn thiện tất cả các bộ reference genome
hiện c...
#genome #CheckM #vi sinh vật #ô nhiễm #hoàn chỉnh #metagenome #tế bào đơn lẻ #phương pháp tự động
Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals
Tập 19 Số 9 - Trang 1655-1664 - 2009
Population stratification has long been recognized as a confounding factor in
genetic association studies. Estimated ancestries, derived from multi-locus
genotype data, can be used to perform a statistical correction for population
stratification. One popular technique for estimation of ancestry is the
model-based approach embodied by the widely applied program structure. Another
approach, impleme...
Base-Calling of Automated Sequencer Traces UsingPhred. I. Accuracy Assessment
Tập 8 Số 3 - Trang 175-185 - 1998
The availability of massive amounts of DNA sequence information has begun to
revolutionize the practice of biology. As a result, current large-scale
sequencing output, while impressive, is not adequate to keep pace with growing
demand and, in particular, is far short of what will be required to obtain the
3-billion-base human genome sequence by the target date of 2005. To reach this
goal, improved...