Genome Research
SCOPUS (1991-2023)SCIE-ISI
1549-5469
1088-9051
Mỹ
Cơ quản chủ quản: COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT , Cold Spring Harbor Laboratory Press
Lĩnh vực:
Genetics (clinical)Genetics
Các bài báo tiêu biểu
Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction NetworksCytoscape is an open source software project for integrating biomolecular interaction networks with high-throughput expression data and other molecular states into a unified conceptual framework. Although applicable to any system of molecular components and interactions, Cytoscape is most powerful when used in conjunction with large databases of protein-protein, protein-DNA, and genetic in... ... hiện toàn bộ
Tập 13 Số 11 - Trang 2498-2504 - 2003
Bộ công cụ phân tích bộ gen: Một khung MapReduce cho việc phân tích dữ liệu giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo Dịch bởi AI Các dự án giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo (NGS), chẳng hạn như Dự án Bộ Gen 1000, đã và đang cách mạng hóa sự hiểu biết của chúng ta về sự biến dị di truyền giữa các cá nhân. Tuy nhiên, các tập dữ liệu khổng lồ được tạo ra bởi NGS—chỉ riêng dự án thí điểm Bộ Gen 1000 đã bao gồm gần năm terabase—làm cho việc viết các công cụ phân tích giàu tính năng, hiệu quả và đáng tin cậy trở nên khó ... ... hiện toàn bộ
Tập 20 Số 9 - Trang 1297-1303 - 2010
#khoa học #giải trình tự DNA #Bộ Gen 1000 #GATK #MapReduce #phân tích bộ gen #sự biến dị di truyền #công cụ NGS #phân giải song song #SNP #Atlas Bộ Gen Ung thư
WebLogo: A Sequence Logo Generator: Figure 1WebLogo generates sequence logos, graphical representations of the patterns within a multiple sequence alignment. Sequence logos provide a richer and more precise description of sequence similarity than consensus sequences and can rapidly reveal significant features of the alignment otherwise difficult to perceive. Each logo consists of stacks of letters, one stack for each position in the... ... hiện toàn bộ
Tập 14 Số 6 - Trang 1188-1190 - 2004
The Human Genome Browser at UCSCAs vertebrate genome sequences near completion and research refocuses to their analysis, the issue of effective genome annotation display becomes critical. A mature web tool for rapid and reliable display of any requested portion of the genome at any scale, together with several dozen aligned annotation tracks, is provided at hiện toàn bộ
Tập 12 Số 6 - Trang 996-1006 - 2002
Circos: An information aesthetic for comparative genomicsWe created a visualization tool called Circos to facilitate the identification and analysis of similarities and differences arising from comparisons of genomes. Our tool is effective in displaying variation in genome structure and, generally, any other kind of positional relationships between genomic intervals. Such data are routinely produced by sequence alignments, hybridization arrays, ... ... hiện toàn bộ
Tập 19 Số 9 - Trang 1639-1645 - 2009
Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphsWe have developed a new set of algorithms, collectively called “Velvet,” to manipulate de Bruijn graphs for genomic sequence assembly. A de Bruijn graph is a compact representation based on short words (k -mers) that is ideal for high coverage, very short read (25–50 bp) data sets. Applying Velvet to very short reads and paired-ends information only, one can produ... ... hiện toàn bộ
Tập 18 Số 5 - Trang 821-829 - 2008
BLAT—The BLAST-Like Alignment ToolAnalyzing vertebrate genomes requires rapid mRNA/DNA and cross-species protein alignments. A new tool, BLAT , is more accurate and 500 times faster than popular existing tools for mRNA/DNA alignments and 50 times faster for protein alignments at sensitivity settings typically used when comparing vertebrate sequences. BLAT's s... ... hiện toàn bộ
Tập 12 Số 4 - Trang 656-664 - 2002
CheckM: đánh giá chất lượng của bộ genome vi sinh vật được phục hồi từ các mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và metagenome Dịch bởi AI Sự phục hồi quy mô lớn của các bộ genome từ các mẫu cô lập, tế bào đơn lẻ và dữ liệu metagenome đã trở nên khả thi nhờ những tiến bộ trong các phương pháp tính toán và giảm đáng kể chi phí giải trình tự. Mặc dù sự mở rộng này của các bộ genome nháp đang cung cấp thông tin chính yếu về tính đa dạng tiến hóa và chức năng của đời sống vi sinh vật, việc hoàn thiện tất cả các bộ reference genom... ... hiện toàn bộ
Tập 25 Số 7 - Trang 1043-1055 - 2015
#genome #CheckM #vi sinh vật #ô nhiễm #hoàn chỉnh #metagenome #tế bào đơn lẻ #phương pháp tự động
Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individualsPopulation stratification has long been recognized as a confounding factor in genetic association studies. Estimated ancestries, derived from multi-locus genotype data, can be used to perform a statistical correction for population stratification. One popular technique for estimation of ancestry is the model-based approach embodied by the widely applied program structure... hiện toàn bộ
Tập 19 Số 9 - Trang 1655-1664 - 2009
Base-Calling of Automated Sequencer Traces UsingPhred. I. Accuracy AssessmentThe availability of massive amounts of DNA sequence information has begun to revolutionize the practice of biology. As a result, current large-scale sequencing output, while impressive, is not adequate to keep pace with growing demand and, in particular, is far short of what will be required to obtain the 3-billion-base human genome sequence by the target date of 2005. To reach this goal, ... ... hiện toàn bộ
Tập 8 Số 3 - Trang 175-185 - 1998