Small Sample Kernel Association Tests for Human Genetic and Microbiome Association StudiesGenetic Epidemiology - Tập 40 Số 1 - Trang 5-19 - 2016
Jun Chen, Wenan Chen, Ni Zhao, Michael C. Wu, Daniel J. Schaid
AbstractKernel machine based association tests (KAT) have been increasingly used in testing the association between an outcome and a set of biological measurements due to its power to combine multiple weak signals of complex relationship with the outcome through the specification of a relevant kernel. Human genetic and microbiome association studies are two importa...... hiện toàn bộ
Ước lượng sự pha trộn cá nhân: Các cân nhắc về phân tích và thiết kế nghiên cứu Dịch bởi AI Genetic Epidemiology - Tập 28 Số 4 - Trang 289-301 - 2005
Hua Tang, Jie Peng, Pei Wang, Neil Risch
Tóm tắtGenome của một cá thể có sự pha trộn đại diện cho sự kết hợp của các alen từ các nguồn gốc khác nhau. Tại Hoa Kỳ, hai nhóm dân tộc thiểu số lớn nhất, người Mỹ gốc Phi và người La tinh, đều có đặc điểm pha trộn. Việc hiểu tỷ lệ pha trộn ở cấp độ cá nhân (sự pha trộn cá nhân, hay IA) là rất có giá trị cho cả các nhà di truyền học quần thể và các nhà dịch tễ họ...... hiện toàn bộ
Các đặc tính thống kê của rủi ro tương đối haplotype Dịch bởi AI Genetic Epidemiology - Tập 6 Số 1 - Trang 127-130 - 1989
Jürg Ott
Tóm tắtTrong thống kê rủi ro tương đối haplotype (HRR) (Rubinstein và cộng sự: Human Immunol 3:384 [tóm tắt], 1981), một mẫu bệnh được xây dựng cùng với một kiểm soát nội bộ của nó bằng cách so sánh các alen dấu hiệu được di truyền từ cha mẹ cho một đứa trẻ bị ảnh hưởng với các alen dấu hiệu của cha mẹ không đượ...... hiện toàn bộ
#rủi ro tương đối haplotype #thống kê gen #liên kết alen #tái tổ hợp
Kiểm tra sự liên kết của nhiều biến gen bằng phương pháp gộp và phương pháp kernel với dữ liệu có cấu trúc gia đình hoặc dân số Dịch bởi AI Genetic Epidemiology - Tập 37 Số 5 - Trang 409-418 - 2013
Daniel J. Schaid, Shannon K. McDonnell, Jason P. Sinnwell, Stephen N. Thibodeau
TÓM TẮTViệc tìm kiếm các biến thể gen hiếm có liên quan đến các bệnh phức tạp có thể được hỗ trợ bằng cách làm giàu cho những người mang biến thể hiếm bằng cách lấy mẫu các trường hợp từ gia phả có bệnh, có thể có nhóm đối chứng liên quan hoặc không liên quan. Tuy nhiên, chiến lược này làm phức tạp các phân tích do nguồn gốc di truyền chia sẻ cũng như sự liên kết k...... hiện toàn bộ
#biến thể gen hiếm #bệnh phức tạp #phương pháp gộp #phương pháp kernel #dữ liệu gia phả #thống kê gánh nặng
Bounds and normalization of the composite linkage disequilibrium coefficientGenetic Epidemiology - Tập 27 Số 3 - Trang 252-257 - 2004
Dmitri V. Zaykin
AbstractThe composite linkage disequilibrium (LD) measure is often calculated for two‐locus genotypic data, especially when coupling and repulsion double heterozygotes cannot be distinguished. This measure was reported to have good statistical properties and was suggested for routine testing of LD, regardless of Hardy‐Weinberg equilibrium at either of two loci (Wei...... hiện toàn bộ
FastSKAT: Sequence kernel association tests for very large sets of markersGenetic Epidemiology - Tập 42 Số 6 - Trang 516-527 - 2018
Thomas Lumley, Jennifer A. Brody, Gina M. Peloso, Alanna C. Morrison, Kenneth Rice
AbstractThe sequence kernel association test (SKAT) is widely used to test for associations between a phenotype and a set of genetic variants that are usually rare. Evaluating tail probabilities or quantiles of the null distribution for SKAT requires computing the eigenvalues of a matrix related to the genotype covariance between markers. Extracting the full set of...... hiện toàn bộ
A small‐sample kernel association test for correlated data with application to microbiome association studiesGenetic Epidemiology - Tập 42 Số 8 - Trang 772-782 - 2018
Xiang Zhan, Lingzhou Xue, Haotian Zheng, Anna Plantinga, Michael C. Wu, Daniel J. Schaid, Ni Zhao, Jun Chen
AbstractRecent research has highlighted the importance of the human microbiome in many human disease and health conditions. Most current microbiome association analyses focus on unrelated samples; such methods are not appropriate for analysis of data collected from more advanced study designs such as longitudinal and pedigree studies, where outcomes can be correlat...... hiện toàn bộ
A review of kernel methods for genetic association studiesGenetic Epidemiology - Tập 43 Số 2 - Trang 122-136 - 2019
Nicholas B. Larson, Jun Chen, Daniel J. Schaid
ABSTRACTEvaluating the association of multiple genetic variants with a trait of interest by use of kernel‐based methods has made a significant impact on how genetic association analyses are conducted. An advantage of kernel methods is that they tend to be robust when the genetic variants have effects that are a mixture of positive and negative effects, as well as w...... hiện toàn bộ