Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
iReport: một giải pháp Galaxy tổng quát cho báo cáo thí nghiệm tích hợp
Tóm tắt
Galaxy cung cấp nhiều tùy chọn trực quan hóa với các thành phần như Trackster, Circster và Galaxy Charts, nhưng hiện tại thiếu khả năng kết hợp dễ dàng các đầu ra từ các công cụ khác nhau thành một cái nhìn hoặc báo cáo duy nhất. Nhiều công cụ tạo ra báo cáo HTML như đầu ra để kết hợp các tệp đầu ra khác nhau từ một công cụ duy nhất; tuy nhiên, điều này yêu cầu lập trình và kiến thức về HTML, và các báo cáo phải được tùy chỉnh cho từng công cụ mới. Chúng tôi đã phát triển một công cụ báo cáo tổng quát và linh hoạt cho Galaxy, iReport, cho phép người dùng tạo ra các báo cáo HTML tương tác trực tiếp từ giao diện người dùng Galaxy, với khả năng kết hợp một số lượng tùy ý các đầu ra từ bất kỳ số lượng công cụ khác nhau. Nội dung có thể được tổ chức thành các tab khác nhau, và tính tương tác có thể được thêm vào các thành phần. Để minh họa khả năng của iReport, chúng tôi cung cấp hai ví dụ có sẵn công khai, đầu tiên là một iReport giải thích về iReports, được tạo cho và sử dụng nội dung từ Hội nghị Cộng đồng Galaxy 2014 gần đây. Thứ hai là một báo cáo di truyền dựa trên phân tích ba chiều để xác định các biến thể gây bệnh ứng cử viên sử dụng bộ công cụ Galaxy mà chúng tôi đã phát triển trước đó cho phân tích NGS toàn bộ gen, CGtag. Các báo cáo này có thể được điều chỉnh cho các đầu ra từ bất kỳ nền tảng giải trình tự nào và bất kỳ kết quả nào, chẳng hạn như dữ liệu omics, kết quả không cao và các biến lâm sàng. iReport cung cấp một hệ thống báo cáo an toàn, hợp tác và linh hoạt dựa trên web, tương thích với nội dung được tạo ra từ Galaxy (và không phải Galaxy). Chúng tôi chứng minh giá trị của nó với một ví dụ thực tế về báo cáo phân tích ba chiều di truyền.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Goecks J, Nekrutenko A, Taylor J, The Galaxy Team:Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol. 2010, 11 (8): R86-10.1186/gb-2010-11-8-r86.
Blankenberg D, Von Kuster G, Coraor N, Ananda G, Lazarus R, Mangan M, Nekrutenko A, Taylor J:Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists. Curr Protoc in Mol Biol. 2010, Chap. 19.10.1–21. [https://wiki.galaxyproject.org/CitingGalaxy],
Giardine B, Riemer C, Hardison RC, Burhans R, Elnitski L, Shah P, Zhang Y, Blankenberg D, Albert I, Taylor J, Miller W, Kent WJ, Nekrutenko A:Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis. Genome Res. 2005, 15 (10): 1451-1455. 10.1101/gr.4086505.
Goecks J, Eberhard C, Too T, Nekrutenko A, Taylor J, The Galaxy Team:Web-based visual analysis for high-throughput genomics. BMC Genomics. 2013, 14: 397-10.1186/1471-2164-14-397.
Hiltemann S, Mei H, de Hollander M, Palli I, van der Spek P, Jenster G, Stubbs A:CGtag: Complete Genomics toolkit and annotation in a cloud-based Galaxy. GigaScience. 2014, 3 (1): 1-10.1186/2047-217X-3-1.
Ad Hoc Reporting. [http://reporting.inetsoftware.de/public/remote/adhoc],
Google Charts. [https://developers.google.com/chart/],
Apache OpenOffice - The Free and Open Productivity Suite. [https://www.openoffice.org/],
Bioconductor: Open Source Software for Bioinformatics. [http://www.bioconductor.org],
Krzywinski M, Schein J, Birol I, Connors J, Gascoyne R, Horsman D, Jones SJ, Marra MA:Circos: an information aesthetic for comparative genomics. Genome Res. 2009, 19 (9): 1639-1645. 10.1101/gr.092759.109.
Circos Circular Visualisation. [http://circos.ca],
OmniViz. [http://www.instem.com/solutions/omniviz.html],
Partek: NGS and Microarray Data Analysis Software. [http://www.partek.com],
TIBCO Spotfire: Business Intelligence Analytics Software and Data Visualization. [spotfire.tibco.com],
IDBS E-Workbook. [http://www.idbs.com/en/platform-products/e-workbook/inforsense-for-e-workbook/],
GenSight: Enterprise Portfolio Management Solutions. [http://www.gensight.com],
Cartagenia. Confidently Interpret, Report and Share Genomic Variants. [http://www.cartagenia.com],
Sharma MK, Philips J, Agarwal S, Wiggins WS, Shrivastava S, Koul SB, Bhattacharjee M, Houchins CD, Kalakota RR, George B, Meyer RR, Spencer DH, Lockwood CM, Nguyen TT, Duncavage EJ, Al-Kateb H, Cottrell CE, Godala S, Lokineni R, Sawant SM, Chatti V, Surampudi S, Sunkishala RR, Darbha R, Macharla S, Milbrandt JD, Virgin HW, Mitra RD, Head RD, Kulkarni S:Clinical genomicist workstation. AMIA Jt Summits Transl Sci Proc. 2013, 19 (9): 156-157.
KnitR: A General-purpose Package for Dynamic Report Generation in R. [http://cran.r-project.org/web/packages/knitr/],
Leisch F:Sweave: Dynamic generation of statistical reports using literate data analysis. Proc Comp Stat. 2002, 575-580.
R-Markdown. [http://shiny.rstudio.com/articles/rmarkdown.html],
Tangle. [http://worrydream.com/Tangle/],
Active Markdown. [http://activemarkdown.org/],
IPython Notebooks. [http://ipython.org/notebook.html],
Hermida L, Poussin C, Stadler MB, Gubian S, Sewer A, Gaidatzis D, Hotz H-R, Martin F, Belcastro V, Cano S, Peitsch MC, Hoeng J:Confero: an integrated contrast data and gene set platform for computational analysis and biological interpretation of omics data. BMC Genomics. 2013, 14: 514-10.1186/1471-2164-14-514.
Cuccuru G, Orsini M, Pinna A, Sbardellati A, Soranzo N, Travaglione A, Uva P, Zanetti G, Fotia G:Orione, a web-based framework for NGS analysis in microbiology. Bioinformatics. 2014, 30 (10): 1928-1929.
Galaxy-P. [https://usegalaxyp.org/],
CGtag Pipeline with iReport as Final Step. [http://galaxy.ctmm-trait.nl/u/saskia-hiltemann/p/cgtag],
iReport Example: Tutorial GCC2014. [http://galaxy.ctmm-trait.nl/u/saskia-hiltemann/h/gcc2014-ireport-about-ireport],
iReport Example: Genetic Report. [http://galaxy-demo.trait-ctmm.cloudlet.sara.nl/u/andrew-stubbs/h/ireportgeneticreportchr21],
jQuery Zoom Library. [http://www.jacklmoore.com/zoom/],
DataTables | Table Plug-in for jQuery. [https://datatables.net],
Rebhan M, Chalifa-Caspi V, Prilusky J, Lancet D:GeneCards: A novel functional genomics compendium with automated data mining and query reformulation support. Bioinformatics. 1998, 14 (8): 656-664. 10.1093/bioinformatics/14.8.656.
GeneCards - The Human Gene Compendium. [http://www.genecards.org],
MacLean B, Tomazela DM, Shulman N, Chambers M, Finney GL, Frewen B, Kern R, Tabb DL, Liebler DC, MacCoss MJ:Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics. 2010, 26 (7): 966-968. 10.1093/bioinformatics/btq054.
Drmanac R, Sparks A, Callow M, Halpern A, Burns N, Kermani B, Carnevali P, Nazarenko I, GB Nilsen G, Yeung G, Dahl F, Fernandez A, Staker B, Pant K, Baccash J, Borcherding A, Brownley A, Cedeno R, Chen L, Chernikoff D, Cheung A, Chirita R, Curson B, Ebert J, Hacker C, Hartlage R, Hauser B, Huang S, Jiang Y, Karpinchyk V:Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling dna nanoarrays. Science. 2010, 327 (5961): 78-81. 10.1126/science.1181498.
The International HapMap Consortium:The international hapmap consortium. the international hapmap project. Nature. 2003, 426: 789-796. 10.1038/nature02168.
The International HapMap Consortium:Integrating common and rare genetic variation in diverse human populations. Nature. 2010, 467: 52-58. 10.1038/nature09298.
Complete Genomics Public Datasets. [http://www.completegenomics.com/public-data/],
CTMM-TraIT Public Galaxy Instance. [http://galaxy.ctmm-trait.nl],