Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
cluML
Tóm tắt
cluML là một ngôn ngữ đánh dấu mới dành cho phân cụm dữ liệu microarray và đánh giá tính hợp lệ của các cụm. Định dạng dựa trên XML này đã được thiết kế để khắc phục một số hạn chế được nhận thấy trong các định dạng truyền thống, chẳng hạn như khả năng lưu trữ nhiều phương pháp phân cụm (bao gồm cả phân cụm đôi) và kết quả xác thực trong cùng một tập dữ liệu. cluML là một công cụ hiệu quả để hỗ trợ đại diện tri thức sinh học trong phân tích dữ liệu biểu hiện gen. Mặc dù cluML được phát triển cho các ứng dụng phân tích microarray DNA, nó có thể được sử dụng một cách hiệu quả để đại diện cho phân cụm và để xác thực các dữ liệu sinh học và vật lý khác không có hạn chế.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Achard F, Vaysseix G, Barillort E. XML, bioinformatics and data integration. Bioinformatics 2001; 17: 115–25
Spellman PT, Miller M, Stewart J, et al. Design and implementation of microarray gene expression markup language (MAGE-ML). Genome Biol 2002; 3: 0046.1–0046.9
Fenyo D. The biopolymer markup language. Bioinformatics 1999; 15: 339–40
Kurata H, Matoba N, Shimizu N. CADLIIVE for constructing a large-scale biomedical network based on a simulation-detected notation and its application to yeast cell cycle. Nucleic Acids Res 2003; 31: 4071–84
Hucka M, Finney A, Sauro HM, et al. The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models. Bioinformatics 2003; 19: 524–31
Wang H, Azuaje F, Jung B, et al. A markup language for electrocardiogram data acquisition and analysis (ecgML). BMC Med Inform Decis Mak 2003; 3: 4
Schena M, Shalon D, Davis RW, et al. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science 1995; 270: 467–70
Brazma A, Hingamp P, Quackenbush J, et al. Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data. Nat Genet 2001; 29: 365–71
Brazma A, Parkinson H, Sarkans U, et al. ArrayExpress: a public repository for microarray gene expression data at the EBI. Nucleic Acids Res 2003; 1: 68–71
Bolshakova N, Azuaje F. Cluster validation techniques for genome expression data. Signal Process 2003; 83: 825–33
Bolshakova N, Azuaje F. Machaon CVE: cluster validation for gene expression data. Bioinformatics 2003; 19: 2494–5
Cheng Y, Church G. Biclustering of expression data. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 2000; 8: 93–103