Cách tách RNA từ máu toàn phần và bạch cầu để phân tích biểu hiện gene

Physiological Genomics - Tập 19 Số 3 - Trang 247-254 - 2004
Robert J. Feezor1, Henry V. Baker2, Michael A. West3, Doug Hayden4, Cynthia L. Tannahill1, Bernard H. Brownstein5, Adrian Fay6, Sandra MacMillan5, Jason M. Laramie5, Wenzhong Xiao3, Lyle L. Moldawer1, J. Perren Cobb5, Krzysztof Laudański7, Carol Miller‐Graziano7, Ronald V. Maier8, David Schoenfeld4, Ronald W. Davis3, Ronald G. Tompkins4
1Department of Surgery, University of Florida College of Medicine, Gainesville, Florida
2Department of Molecular Genetics and Microbiology, University of Florida, College of Medicine, Gainesville, Florida
3Stanford Genome Technology Center, Palo Alto, California
4Department of Surgery, Shriners Burn Center and Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, Massachusetts
5Department of Surgery, Washington University in St. Louis – School of Medicine, St. Louis, Missouri
6Department of Chemical Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts
7Department of Surgery, University of Rochester School of Medicine and Dentistry, Rochester, New York
8Department of Surgery, Harborview Medical Center, University of Washington, Seattle, Washington

Tóm tắt

Việc phân tích dữ liệu biểu hiện gene trong y học lâm sàng đã gặp phải những khó khăn do thiếu đánh giá quan trọng về các phương pháp thu thập, xử lý và gán nhãn RNA đã được chấp nhận. Trong báo cáo hiện tại, độ tin cậy của hai kỹ thuật phổ biến được sử dụng để tách RNA từ máu toàn phần hoặc khoang bạch cầu đã được so sánh bằng cách xem xét khả năng tái hiện, phương sai và tỷ lệ tín hiệu trên nhiễu. Máu toàn phần được thu từ những đối tượng khỏe mạnh và chưa qua xử lý hoặc đã được kích thích ex vivo bằng Staphylococcus enterotoxin B (SEB). Mẫu máu cũng được thu từ bệnh nhân chấn thương nhưng không được kích thích bằng SEB ex vivo. RNA tổng hợp đã được tách ra từ máu toàn phần bằng hệ thống thu thập máu độc quyền PAXgene hoặc từ bạch cầu đã được tách ra. cRNA gán nhãn biotin đã được lai ghép với Affymetrix GeneChips. Hệ số tương quan Pearson cho các phép đo biểu hiện gene ở các mẫu lặp lại từ những đối tượng khỏe mạnh với cả hai kỹ thuật là xuất sắc, vượt quá 0.985. Tuy nhiên, các phân tích không giám sát, bao gồm phân tích phân cụm phân cấp, đã chỉ ra rằng phương pháp tách RNA đã tạo ra sự khác biệt lớn hơn trong biểu hiện gene so với việc kích thích bằng SEB hoặc giữa các bệnh nhân chấn thương khác nhau. Hệ số tương quan trong lớp, một thước đo tỷ lệ tín hiệu trên nhiễu, của sự khác biệt giữa máu được kích thích bằng SEB và máu không được kích thích từ những đối tượng khỏe mạnh cao hơn đáng kể ở các mẫu tách từ bạch cầu so với máu toàn phần: 0.75 so với 0.46 (P = 0.002). Ở mức P < 0.001, số nhóm thử nghiệm phân biệt giữa máu được kích thích và không được kích thích là gấp đôi với việc tách bạch cầu so với PAXgene. Những phát hiện này cho thấy rằng phương pháp tách RNA từ máu toàn phần là một biến số quan trọng trong thiết kế các nghiên cứu lâm sàng sử dụng phân tích microarray.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Anderson RN and Smith BL.Deaths: preliminary data for 2000.Natl Vital Stat Reports52: 1–347, 2003.

10.1093/bioinformatics/18.11.1438

10.1073/pnas.95.25.14863

Fleiss J.The Design and Analysis of Clinical Experiments. Hoboken, NJ: Wiley, 1986.

10.1182/blood-2002-09-2797

10.1126/science.286.5439.531

10.1016/S0140-6736(03)12775-4

10.1073/pnas.98.1.31

10.1038/sj.leu.2402734

Rainen L, Oelmueller U, Jurgensen S, Wyrich R, Ballas C, Schram J, Herdman C, Bankaitis-Davis D, Nicholls N, Trollinger D, and Tryon V.Stabilization of mRNA expression in whole blood samples.Clin Chem48: 1883–1890, 2002.

10.1056/NEJMoa012914

10.1016/S0022-1759(03)00074-7

10.1073/pnas.171209998

10.1016/j.jim.2003.10.004

10.1038/nrg1297

10.1073/pnas.222164199

10.1056/NEJMoa021967

Thông tin
Thông tin xuất bản

Physiological Genomics

Tập 19 Số 3

247-254

Thông tin tác giả