Vibrio atypicus sp. nov., được phân lập từ ống tiêu hóa của tôm Trung Quốc (Penaeus chinensis O'sbeck)

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology - Tập 60 Số 11 - Trang 2517-2523 - 2010
Yan Wang1, Xiao‐Hua Zhang1, Min Yu1, Hong Wang1, Brian Austin2
1Department of Marine Biology, Ocean University of China, Qingdao 266003, PR China
2Institute of Aquaculture, University of Stirling, Stirling, FK9 4LA, UK

Tóm tắt

Một chủng (được ký hiệu là HHS02T) đã được phân lập từ tôm Trung Quốc (Penaeus chinensis, O'sbeck) và xác định là một thành viên của chi Vibrio. Chỉ thị HHS02T bao gồm các tế bào hình que hơi cong, không sinh bào tử, Gram âm, âm tính với Catalase, dương tính với Oxidase, nhạy cảm với O/129 và là kỵ khí tùy nghi, có khả năng vận động bằng một roi đặc trưng. Sự phát triển của chủng HHS02T xảy ra trong khoảng 0.5–7 % (w/v) NaCl [tối ưu ở 1–3 % (w/v) NaCl] và trong khoảng pH 7.0 đến 10.0 (tối ưu ở pH 8.0–9.0). Chủng này cho thấy sự phát triển trong khoảng nhiệt độ từ 16 đến 30 °C (tối ưu 20 °C). Phân tích bằng cách sử dụng trình tự gen 16S rRNA, gapA, gyrB, mreB, pyrH, recA và topA của chủng phân lập mới cho thấy rằng sinh vật này thuộc về chi Vibrio, với độ tương đồng trình tự là ∼98, 98, 90, 88, 92, 89 và 83 % tương ứng so với các đại diện của chi Vibrio. Các thí nghiệm lai DNA–DNA chỉ ra rằng chủng mới này khác biệt với các loài đã được công nhận của chi Vibrio. Các thành phần acid béo chính được tổng hợp là thành phần 3 (C16 : 1 ω7c và/hoặc iso-C15 : 0 2-OH, 38.7 %), C16 : 0 (22.9 %) và C18 : 1 ω7c (12.5 %). Nội dung G+C của DNA toàn bộ là 44.4 mol%. Dựa trên các bằng chứng phân loại đa dạng được trình bày trong nghiên cứu này, kết luận rằng chủng HHS02T nên được phân loại là một loài mới của chi Vibrio, với tên gọi được đề xuất là Vibrio atypicus sp. nov. Chủng tiêu chuẩn là HHS02T (=CGMCC 1.8461T=LMG 24781T).

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Alsina, 1994, A set of keys for biochemical identification of environmental Vibrio species, J Appl Bacteriol, 76, 79, 10.1111/j.1365-2672.1994.tb04419.x

Austin, 1989, Methods for the Microbiological Examination of Fish and Shellfish

Austin, 2007, Bacterial Fish Pathogens: Diseases of Farmed and Wild Fish

Ausubel, 1995, Short Protocols in Molecular Biology: a Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology

Beaz Hidalgo, 2009, Vibrio breoganii sp. nov., a non-motile, alginolytic, marine bacterium within the Vibrio halioticoli clade, Int J Syst Evol Microbiol, 59, 1589, 10.1099/ijs.0.003434-0

Borrego, 1996, Vibrio tapetis sp. nov., the causative agent of the brown ring disease affecting cultured clams, Int J Syst Bacteriol, 46, 480, 10.1099/00207713-46-2-480

Chang, 2008, Vibrio areninigrae sp. nov., a marine bacterium isolated from black sand, Int J Syst Evol Microbiol, 58, 1903, 10.1099/ijs.0.65726-0

Chun, 2007, EzTaxon: a web-based tool for the identification of prokaryotes based on 16S ribosomal RNA gene sequences, Int J Syst Evol Microbiol, 57, 2259, 10.1099/ijs.0.64915-0

Cowan, 1974, Manual for the Identification of Medical Bacteria

Embley, 1991, The linear PCR reaction: a simple and robust method for sequencing rRNA genes, Lett Appl Microbiol, 13, 171, 10.1111/j.1472-765X.1991.tb00600.x

Farmer, 2005, Genus I. Vibrio Pacini 1854, 411AL, In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol, 494

Gomez-Gil, 1998, Species of Vibrio isolated from hepatopancreas, haemolymph and digestive tract of a population of healthy juvenile Penaeus vannamei, Aquaculture, 163, 1, 10.1016/S0044-8486(98)00162-8

Gomez-Gil, 2008, Vibrio sinaloensis sp. nov., isolated from the spotted rose snapper, Lutjanus guttatus Steindachner, 1869, Int J Syst Evol Microbiol, 58, 1621, 10.1099/ijs.0.65719-0

Huq, 1995, Vibrios in the marine and estuarine environments, J Mar Biotechnol, 3, 60

Kalina, 1984, Allomonas enterica gen. nov., sp. nov.: deoxyribonucleic acid homology between Allomonas and some other members of the Vibrionaceae, Int J Syst Bacteriol, 34, 150, 10.1099/00207713-34-2-150

Kumar, 2007, Vibrio rhizosphaerae sp. nov., a red-pigmented bacterium that antagonizes phytopathogenic bacteria, Int J Syst Evol Microbiol, 57, 2241, 10.1099/ijs.0.65017-0

Liu, 2005, Alcanivorax dieselolei sp. nov., a novel alkane-degrading bacterium isolated from sea water and deep-sea sediment, Int J Syst Evol Microbiol, 55, 1181, 10.1099/ijs.0.63443-0

MacDonell, 1985, Phylogeny of the Vibrionaceae , and recommendation for two new genera, Listonella and Shewanella, Syst Appl Microbiol, 6, 171, 10.1016/S0723-2020(85)80051-5

Mesbah, 1989, Measurement of deoxyguanosine/thymidine ratios in complex mixtures by high-performance liquid chromatography for determination of the mole percentage guanine + cytosine of DNA, J Chromatogr, 479, 297, 10.1016/S0021-9673(01)83344-6

Nam, 2007, Vibrio litoralis sp. nov., isolated from a Yellow Sea tidal flat in Korea, Int J Syst Evol Microbiol, 57, 562, 10.1099/ijs.0.64653-0

Noguerola, 2008, Identification of Vibrio spp. with a set of dichotomous keys, J Appl Microbiol, 105, 175, 10.1111/j.1365-2672.2008.03730.x

Rameshkumar, 2008, Vibrio porteresiae sp. nov., a diazotrophic bacterium isolated from a mangrove-associated wild rice ( Porteresia coarctata Tateoka), Int J Syst Evol Microbiol, 58, 1608, 10.1099/ijs.0.65604-0

Riquelme, 2001, Addition of inhibitor-producing bacteria to mass cultures of Argopecten purpuratus larvae (Lamarck, 1819, Aquaculture, 192, 111, 10.1016/S0044-8486(00)00461-0

Sawabe, 2007a, Vibrio comitans sp. nov., Vibrio rarus sp. nov. and Vibrio inusitatus sp. nov., from the gut of the abalones Haliotis discus discus , H. gigantea , H.madaka and H. rufescens, Int J Syst Evol Microbiol, 57, 916, 10.1099/ijs.0.64789-0

Sawabe, 2007b, Inferring the evolutionary history of vibrios by means of multilocus sequence analysis, J Bacteriol, 189, 7932, 10.1128/JB.00693-07

Smibert, 1994, Phenotypic characterization. In Methods for General and Molecular Bacteriology, 607

Sorokin, 1992, Catenococcus thiocyclus gen. nov., sp. nov. – a new facultatively anaerobic bacterium from a near-shore sulphidic hydrothermal area, J Gen Microbiol, 138, 2287, 10.1099/00221287-138-11-2287

Suantika, 2001, The use of ozone in a high density recirculation system for rotifers, Aquaculture, 201, 35, 10.1016/S0044-8486(01)00532-4

Tamura, 2007, mega4: Molecular evolutionary genetics analysis (mega) software version 4.0, Mol Biol Evol, 24, 1596, 10.1093/molbev/msm092

Thompson, 1997, The clustal_x windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools, Nucleic Acids Res, 25, 4876, 10.1093/nar/25.24.4876

Thompson, 2001, Genomic diversity amongst Vibrio isolates from different sources determined by fluorescent amplified fragment length polymorphism, Syst Appl Microbiol, 24, 520, 10.1078/0723-2020-00067

Thompson, 2002, Enterovibrio norvegicus gen. nov., sp. nov. isolated from the gut of turbot ( Scophthalmus maximus ) larvae: a new member of the family Vibrionaceae, Int J Syst Evol Microbiol, 52, 2015

Thompson, 2003, Reclassification of Vibrio hollisae as Grimontia hollisae gen, nov., comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 53, 1615, 10.1099/ijs.0.02660-0

Thompson, 2005, Phylogeny and molecular identification of vibrios on the basis of Multilocus Sequence Analysis, Appl Environ Microbiol, 71, 5107, 10.1128/AEM.71.9.5107-5115.2005

Thompson, 2007, Multilocus sequence analysis reveals that Vibrio harveyi and V. campbellii are distinct species, Appl Environ Microbiol, 73, 4279, 10.1128/AEM.00020-07

Urbanczyk, 2007, Reclassification of Vibrio fischeri , Vibrio logei , Vibrio salmonicida and Vibrio wodanis as Aliivibrio fischeri gen.nov., comb. nov., Aliivibrio logei comb. nov., Aliivibrio salmonicida comb. nov. and Aliivibrio wodanis comb. nov, Int J Syst Evol Microbiol, 57, 2823, 10.1099/ijs.0.65081-0

Verschuere, 2000, Probiotic bacteria as biological control agents in aquaculture, Microbiol Mol Biol Rev, 64, 655, 10.1128/MMBR.64.4.655-671.2000

Wayne, 1987, International Committee on Systematic Bacteriology. Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics, Int J Syst Bacteriol, 37, 463, 10.1099/00207713-37-4-463

Xie, 2003, Phylogenetic analysis of Lampropedia hyalina based on the 16S rRNA gene sequence, J Gen Appl Microbiol, 49, 345, 10.2323/jgam.49.345

Yoshizawa, 2009, Vibrio azureus sp. nov., a luminous marine bacterium isolated from seawater, Int J Syst Evol Microbiol, 59, 1645, 10.1099/ijs.0.004283-0

Thông tin
Thông tin xuất bản

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

Tập 60 Số 11

2517-2523

Thông tin tác giả