Using Genomic Data to Infer Historic Population Dynamics of Nonmodel Organisms

Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics - Tập 49 Số 1 - Trang 433-456 - 2018
Annabel C. Beichman1, Emilia Huerta‐Sánchez2,3, Kirk E. Lohmueller1,4
1Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Los Angeles, California 90095, USA
2Current affiliation: Department of Ecology and Evolutionary Biology, Brown University, Providence, Rhode Island 02912, USA
3Department of Molecular and Cell Biology, University of California, Merced, California 95343, USA
4Interdepartmental Program in Bioinformatics and Department of Human Genetics, David Geffen School of Medicine, University of California, Los Angeles, California 90095, USA

Tóm tắt

Genome sequence data are now being routinely obtained from many nonmodel organisms. These data contain a wealth of information about the demographic history of the populations from which they originate. Many sophisticated statistical inference procedures have been developed to infer the demographic history of populations from this type of genomic data. In this review, we discuss the different statistical methods available for inference of demography, providing an overview of the underlying theory and logic behind each approach. We also discuss the types of data required and the pros and cons of each method. We then discuss how these methods have been applied to a variety of nonmodel organisms. We conclude by presenting some recommendations for researchers looking to use genomic data to infer demographic history.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

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