Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Sử dụng trình sequencing thế hệ tiếp theo metagenomic từ dịch mủ để xác định hiệu quả tác nhân gây bệnh ở bệnh nhân nhiễm trùng huyết
Folia Microbiologica - Trang 1-9 - 2024
Tóm tắt
Tỷ lệ phát hiện dương tính của sequencing thế hệ tiếp theo metagenomic trong máu (mNGS) vẫn còn quá thấp để đáp ứng nhu cầu lâm sàng, trong khi dịch mủ tại chỗ nhiễm trùng chính có thể có lợi cho việc xác định các tác nhân gây bệnh. Để đánh giá giá trị của mNGS sử dụng dịch mủ ở bệnh nhân nhiễm trùng huyết, chúng tôi đã thu thập ba mươi lăm mẫu. Việc xác định tác nhân gây bệnh và chẩn đoán nhiễm trùng hỗn hợp thu được bằng cách sử dụng mNGS hoặc phương pháp cấy được so sánh. Năm mươi ba vi khuẩn hiếu khí hoặc kỵ khí tùy chọn, 59 vi khuẩn kỵ khí bắt buộc và 7 loại nấm đã được xác định bằng hai phương pháp. mNGS đã làm tăng tỷ lệ chính xác trong chẩn đoán nhiễm trùng hiếu khí hoặc kỵ khí tùy chọn từ 44,4% lên 94,4%; mNGS cũng làm tăng độ nhạy trong chẩn đoán nhiễm trùng kỵ khí bắt buộc từ 52,9% lên 100,0%; tuy nhiên, mNGS không cho thấy lợi thế nào về mặt nhiễm nấm. Phương pháp cấy và mNGS xác định lần lượt 1 và 24 bệnh nhân có nhiễm trùng hỗn hợp. Đối với vi khuẩn kỵ khí bắt buộc, nguồn vi sinh vật đã được phân tích. Các vi khuẩn nguyên phát từ răng đều gây ra tình trạng tụ mủ (n = 7) hoặc nhiễm trùng da và mô mềm (n = 5), trong khi các vi sinh vật từ ruột đều gây ra nhiễm trùng trong ổ bụng (n = 7). Chúng tôi cũng đã so sánh các đặc điểm lâm sàng của nhóm nhiễm trùng không kỵ khí bắt buộc và nhóm nhiễm trùng kỵ khí bắt buộc. Điểm SOFA [9.0 (7.5, 14.3) so với 5.0 (3.0, 8.0), P = 0.005], giá trị procalcitonin [4.7 (1.8, 39.9) so với 2.50 (0.7, 8.0), P = 0.035], tỷ lệ sốc nhiễm trùng (66.7% so với 35.3%, P = 0.044) và tổn thương gan cấp tính (66.7% so với 23.5%, P = 0.018) trong nhóm nhiễm trùng không kỵ khí bắt buộc cao hơn rõ rệt so với nhóm nhiễm trùng kỵ khí bắt buộc. Ở bệnh nhân nhiễm trùng huyết do nhiễm trùng mủ, mNGS sử dụng dịch mủ từ tổn thương chính có thể cung cấp thông tin vi sinh học có giá trị hơn.
Từ khóa
#nhiễm trùng huyết #sequencing thế hệ tiếp theo #tác nhân gây bệnh #dịch mủ #vi khuẩn kỵ khíTài liệu tham khảo
Böttger S, Zechel-Gran S, Streckbein P, Knitschke M, Hain T, Weigel M, Wilbrand JF, Domann E, Howaldt HP, Attia S (2020) A New Type of Chronic Wound Infection after Wisdom Tooth Extraction: A Diagnostic Approach with 16S-rRNA Gene Analysis, Next-Generation Sequencing, and Bioinformatics. Pathogens 9:798. https://doi.org/10.3390/pathogens9100798
Böttger S, Zechel-Gran S, Schmermund D, Streckbein P, Wilbrand JF, Knitschke M, Pons-Kühnemann J, Hain T, Weigel M, Imirzalioglu C, Howaldt HP, Domann E, Attia S (2021) Clinical Relevance of the Microbiome in Odontogenic Abscesses. Biology (Basel) 10:916. https://doi.org/10.3390/biology10090916
Cao XG, Zhou SS, Wang CY, Jin K, Meng HD (2022) The diagnostic value of next-generation sequencing technology in sepsis. Front Cell Infect Microbiol 12:899508. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.899508
DiEuliis D, Johnson KR, Morse SS, Schindel DE (2016) Opinion: Specimen collections should have a much bigger role in infectious disease research and response. Proc Natl Acad Sci USA 113:4–7. https://doi.org/10.1073/pnas.1522680112
Fang X, Mei Q, Fan X, Zhu C, Yang T, Zhang L, Geng S, Pan A (2020) Diagnostic Value of Metagenomic Next-Generation Sequencing for the Detection of Pathogens in Bronchoalveolar Lavage Fluid in Ventilator-Associated Pneumonia Patients. Front Microbiol 11:599756. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.599756
Geng S, Mei Q, Zhu C, Fang X, Yang T, Zhang L, Fan X, Pan A (2021) Metagenomic next-generation sequencing technology for detection of pathogens in blood of critically ill patients. Int J Infect Dis 103:81–87. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.11.166
Han D, Li Z, Li R, Tan P, Zhang R, Li J (2019) mNGS in clinical microbiology laboratories: on the road to maturity. Crit Rev Microbiol 45:668–685. https://doi.org/10.1080/1040841X.2019.1681933
Kanaujia R, Biswal M, Angrup A, Ray P (2022) Diagnostic accuracy of the metagenomic next-generation sequencing (mNGS) for detection of bacterial meningoencephalitis: a systematic review and meta-analysis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 41:881–891. https://doi.org/10.1007/s10096-022-04445-0
Kang SH, Kim MK (2019) Antibiotic sensitivity and resistance of bacteria from odontogenic maxillofacial abscesses. J Korean Assoc Oral Maxillofac Surg 45:324–331. https://doi.org/10.5125/jkaoms.2019.45.6.324
Li S, Yu S, Peng M, Qin J, Xu C, Qian J, He M, Zhou P (2021) Clinical features and development of Sepsis in Klebsiella pneumoniae infected liver abscess patients: a retrospective analysis of 135 cases. BMC Infect Dis 21:597. https://doi.org/10.1186/s12879-021-06325-y
Mannan S, Tordik PA, Martinho FC, Chivian N, Hirschberg CS (2021) Dental Abscess to Septic Shock: A Case Report and Literature Review. J Endod 47:663–670. https://doi.org/10.1016/j.joen.2020.12.016
Marik P (2003) Aliens, anaerobes, and the lung! Intensive Care Med 29:1035–7. https://doi.org/10.1007/s00134-003-1795-y
Mitchell SL, Simner PJ (2019) Next-Generation Sequencing in Clinical Microbiology: Are We There Yet? Clin Lab Med 39:405–418. https://doi.org/10.1016/j.cll.2019.05.003
Parahitiyawa NB, Jin LJ, Leung WK, Yam WC, Samaranayake LP (2009) Microbiology of odontogenic bacteremia: beyond endocarditis. Clin Microbiol Rev 22:46–64. https://doi.org/10.1128/CMR.00028-08
Rasane RK, Centeno Coleoglou AA, Horn CB, Torres MB, Nohra E, Zhang Q, Bochicchio KM, Ilahi ON, Mazuski JE, Bochicchio GV (2020) Inadequate Antibiotic Therapy Results in Higher Recurrence Rate after Drainage of Complicated Peri-Rectal Abscess. Surg Infect (Larchmt) 21:823–827. https://doi.org/10.1089/sur.2019.308
Sanghavi TH, Shah N, Shah RR, Sanghavi A (2014) Investigate the correlation between clinical sign and symptoms and the presence of P. gingivalis, T. denticola, and T. forsythia individually or as a “Red complex” by a multiplex PCR method. J Conserv Dent 17:555–60. https://doi.org/10.4103/0972-0707.144604
Shenoy PA, Vishwanath S, Gawda A, Shetty S, Anegundi R, Varma M, Mukhopadhyay C, Chawla K (2017) Anaerobic Bacteria in Clinical Specimens - Frequent, But a Neglected Lot: A Five Year Experience at a Tertiary Care Hospital. J Clin Diagn Res 11:DC44–DC48. https://doi.org/10.7860/JCDR/2017/26009.10311
Simner PJ, Miller S, Carroll KC (2018) Understanding the Promises and Hurdles of Metagenomic Next-Generation Sequencing as a Diagnostic Tool for Infectious Diseases. Clin Infect Dis 66:778–788. https://doi.org/10.1093/cid/cix881
Singh M, Kambalimath DH, Gupta KC (2014) Management of odontogenic space infection with microbiology study. J Maxillofac Oral Surg 13:133–9. https://doi.org/10.1007/s12663-012-0463-6
Siqueira JF Jr, Rôças IN (2013) Microbiology and treatment of acute apical abscesses. Clin Microbiol Rev 26:255–73. https://doi.org/10.1128/CMR.00082-12
Sudhaharan S, Kanne P, Chavali P, Vemu L (2018) Aerobic bacteriological profile and antimicrobial susceptibility pattern of pus isolates from tertiary care hospital in India. J Infect Dev Ctries 12:842–848. https://doi.org/10.3855/jidc.10473
Sun L, Zhang S, Yang Z, Yang F, Wang Z, Li H, Li Y, Sun T (2022) Clinical Application and Influencing Factor Analysis of Metagenomic Next-Generation Sequencing (mNGS) in ICU Patients With Sepsis. Front Cell Infect Microbiol 12:905132. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.905132
Wade WG (2021) Resilience of the oral microbiome. Periodontol 2000(86):113–122. https://doi.org/10.1111/prd.12365
Wang WJ, Tao Z, Wu HL (2018) Etiology and clinical manifestations of bacterial liver abscess: A study of 102 cases. Medicine (Baltimore) 97:e12326. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000012326
Yan G, Liu J, Chen W, Chen Y, Cheng Y, Tao J, Cai X, Zhou Y, Wang Y, Wang M, Lu G (2021) Metagenomic Next-Generation Sequencing of Bloodstream Microbial Cell-Free Nucleic Acid in Children With Suspected Sepsis in Pediatric Intensive Care Unit. Front Cell Infect Microbiol 11:665226. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.665226
Yang T, Mei Q, Fang X, Zhu S, Wang Y, Li W, Pan A (2022) Clinical Value of Metagenomics Next-Generation Sequencing in Bronchoalveolar Lavage Fluid for Patients with Severe Hospital-Acquired Pneumonia: A Nested Case-Control Study. Infect Drug Resist 15:1505–1514. https://doi.org/10.2147/IDR.S356662
Zhan Y, Xu T, He F, Guan WJ, Li Z, Li S, Xie M, Li X, Chen R, Cheng L, Zhong N, Ye F (2021) Clinical Evaluation of a Metagenomics-Based Assay for Pneumonia Management. Front Microbiol 12:751073. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.751073