Andrianantoandro E., 2006, Mol. Syst. Biol., 2, 2006, 10.1038/msb4100073
Greber D., 2007, J. Biotechnol., 130, 329, 10.1016/j.jbiotec.2007.05.014
Lu T. K., 2009, Nat. Biotechnol., 27, 1139, 10.1038/nbt.1591
Mukherji S., 2009, Nat. Rev. Genet., 10, 859, 10.1038/nrg2697
Kiel C., 2010, Cell, 140, 33, 10.1016/j.cell.2009.12.028
Ruder W. C., 2011, Science, 333, 1248, 10.1126/science.1206843
Voigt C. A., 2011, Synthetic Biology Part A: Methods for Part/Device Characterization and Chassis Engineering, 497
Voigt C. A., 2011, Synthetic Biology Part B: Computer Aided Design and DNA Assembly, 498
Kwok R., 2010, Nature, 463, 288, 10.1038/463288a
Hill A. V., 1910, J. Physiol., 40, 4
Weiss J. N., 1997, FASEB J., 11, 835, 10.1096/fasebj.11.11.9285481
Ptashne M., 1986, A Genetic Switch: Phage Lambda and Higher Organisms
Ingalls B. P., 2006, System Modeling in Cellular Biology, 243, 10.7551/mitpress/9780262195485.003.0012
Kærn M., 2006, System Modeling in Cellular Biology, 269, 10.7551/mitpress/9780262195485.003.0013
Iglesias P. A., 2009, Control Theory and Systems Biology, 10.7551/mitpress/9780262013345.001.0001
Ang J., 2010, J. Theor. Biol., 266, 723, 10.1016/j.jtbi.2010.07.034
Sarpeshkar, R. (2010) Ultra Low Power Bioelectronics, Chapter 24, pp753–786,Cambridge University Press,Cambridge, MA.
Randall A., 2011, Methods Enzymol., 497, 159, 10.1016/B978-0-12-385075-1.00007-X
Drengstig T., 2012, Biophys. J., 103, 2000, 10.1016/j.bpj.2012.09.033
Slusarczyk A. L., 2012, Nat. Rev. Genet., 13, 406, 10.1038/nrg3227
Ang J., 2013, Biophys. J., 104, 505, 10.1016/j.bpj.2012.12.015
Kramer B. P., 2004, Biotechnol. Bioeng., 87, 478, 10.1002/bit.20142
Anderson J. C., 2007, Mol. Syst. Biol., 3, 133, 10.1038/msb4100173
Bagh S., 2010, Phys. Rev. E, 82, 021911, 10.1103/PhysRevE.82.021911
Xie Z., 2010, Nucleic Acids Res., 38, 2692, 10.1093/nar/gkq117
Xie Z., 2011, Science, 333, 1307, 10.1126/science.1205527
Dueber J. E., 2007, Nat. Biotechnol., 25, 660, 10.1038/nbt1308
Bashor C. J., 2008, Science, 319, 1539, 10.1126/science.1151153
O’Shaughnessy E. C., 2011, Cell, 144, 119, 10.1016/j.cell.2010.12.014
Lu M. S., 2012, ACS Synth. Biol., 1, 65, 10.1021/sb200010w
Latchman D. S., 1997, Int. J. Biochem. Cell Biol., 29, 1305, 10.1016/S1357-2725(97)00085-X
Block D. H. S., 2012, Nucleic Acids Res., 40, 8979, 10.1093/nar/gks694
Murphy K. F., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 12726, 10.1073/pnas.0608451104
Volfson D., 2006, Nature, 439, 861, 10.1038/nature04281
Chen Y., 2012, FEMS Yeast Res., 12, 598, 10.1111/j.1567-1364.2012.00809.x
Bikard D., 2010, Nucleic Acids Res., 38, e153, 10.1093/nar/gkq511
Kelly J. R., 2009, J. Biol. Eng., 3, 4, 10.1186/1754-1611-3-4
Partow S., 2010, Yeast, 27, 955, 10.1002/yea.1806
Qin J. Y., 2010, PLoS One, 5, e10611, 10.1371/journal.pone.0010611
Lee D. J., 2012, Annu. Rev. Microbiol., 66, 125, 10.1146/annurev-micro-092611-150012
Shandilya J., 2012, Biochim. Biophys. Acta, 1819, 391, 10.1016/j.bbagrm.2012.01.010
Bandwar R. P., 2002, Biochemistry, 41, 3586, 10.1021/bi0158472
Blake W. J., 2006, Mol. Cell, 24, 853, 10.1016/j.molcel.2006.11.003
Murphy K. F., 2010, Nucleic Acids Res., 38, 2712, 10.1093/nar/gkq091
Davis J. H., 2011, Nucleic Acids Res., 39, 1131, 10.1093/nar/gkq810
Brewster R. C., 2012, PLoS Comput. Biol., 8, e1002811, 10.1371/journal.pcbi.1002811
Solem C., 2002, Appl. Environ. Microbiol., 68, 2397, 10.1128/AEM.68.5.2397-2403.2002
Ellis T., 2009, Nat. Biotechnol., 27, 465, 10.1038/nbt.1536
De Mey M., 2007, BMC Biotechnol., 7, 34, 10.1186/1472-6750-7-34
Ross W., 1993, Science, 262, 1407, 10.1126/science.8248780
Rhodius V. A., 2012, Nucleic Acids Res., 40, 2907, 10.1093/nar/gkr1190
Gertz J., 2009, Nature, 457, 215, 10.1038/nature07521
Heins L., 1992, Mol. Genet. Genomics, 232, 328, 10.1007/BF00280013
Berens C., 2003, Eur. J. Biochem., 270, 3109, 10.1046/j.1432-1033.2003.03694.x
Garcia H. G., 2012, Cell Rep., 2, 150, 10.1016/j.celrep.2012.06.004
Yokobayashi Y., 2002, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 99, 16587, 10.1073/pnas.252535999
Milk L., 2010, Protein Sci., 19, 1162, 10.1002/pro.389
Maity T. S., 2012, FEBS Lett., 279, 2534, 10.1111/j.1742-4658.2012.08635.x
Kammerer W., 1986, EMBO J., 5, 2995, 10.1002/j.1460-2075.1986.tb04597.x
Chander M., 2007, Biochemistry, 46, 12687, 10.1021/bi701236f
Hsu L. M., 2006, Biochemistry, 45, 8841, 10.1021/bi060247u
Goldman S. R., 2009, Science, 324, 927, 10.1126/science.1169237
Ptashne M., 2001, Genes and Signals
Mapp A. K., 2007, ACS Chem. Biol., 2, 62, 10.1021/cb600463w
Ramos J. L., 2005, Microbiol. Mol. Biol. Rev., 69, 326, 10.1128/MMBR.69.2.326-356.2005
Karlsson M., 2011, Methods Enzymol., 497, 239, 10.1016/B978-0-12-385075-1.00011-1
Triezenberg S. J., 1988, Genes Dev., 2, 718, 10.1101/gad.2.6.718
Sadowski I., 1988, Nature, 335, 563, 10.1038/335563a0
Emami K. H., 1992, EMBO J., 11, 5005, 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05607.x
Baron U., 1997, Nucleic Acids Res., 25, 2723, 10.1093/nar/25.14.2723
Weber W., 2002, J. Gene Med., 4, 676, 10.1002/jgm.314
Park K. S., 2003, Nat. Biotechnol., 21, 1208, 10.1038/nbt868
Fussenegger M., 2000, Nat. Biotechnol., 18, 1203, 10.1038/81208
Mak A. N.-S. A., 2013, Curr. Opin. Struct. Biol., 23, 93, 10.1016/j.sbi.2012.11.001
Maeder M. L., 2013, Nat. Methods, 10, 243, 10.1038/nmeth.2366
Perez-Pinera P., 2013, Nat. Methods, 10, 239, 10.1038/nmeth.2361
Klug A., 2010, Annu. Rev. Biochem., 79, 213, 10.1146/annurev-biochem-010909-095056
Khalil A. S., 2012, Cell, 150, 647, 10.1016/j.cell.2012.05.045
Maeder M. L., 2008, Mol. Cell, 31, 294, 10.1016/j.molcel.2008.06.016
Lohmueller J. J., 2012, Nucleic Acids Res., 40, 5180, 10.1093/nar/gks142
Temme K., 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109, 7085, 10.1073/pnas.1120788109
Lange A., 2007, J. Biol. Chem., 282, 5101, 10.1074/jbc.R600026200
Marfori M., 2011, Biochim. Biophys. Acta, 1813, 1562, 10.1016/j.bbamcr.2010.10.013
Hodel A. E., 2006, J. Biol. Chem., 281, 23545, 10.1074/jbc.M601718200
Luo M., 2004, Traffic, 5, 847, 10.1111/j.1600-0854.2004.00227.x
Kakar M., 2007, J. Controlled Release, 120, 220, 10.1016/j.jconrel.2007.04.017
Hodel M. R., 2001, J. Biol. Chem., 276, 1317, 10.1074/jbc.M008522200
Raveh-Sadka T., 2012, Nat. Genet., 44, 743, 10.1038/ng.2305
Serganov A., 2013, Cell, 152, 17, 10.1016/j.cell.2012.12.024
Liang J. C., 2011, Mol. Cell, 43, 915, 10.1016/j.molcel.2011.08.023
Chang A. L., 2012, Curr. Opin. Biotechnol., 23, 679, 10.1016/j.copbio.2012.01.005
Salis H. M., 2009, Nat. Biotechnol., 27, 946, 10.1038/nbt.1568
Rackham O., 2005, J. Am. Chem. Soc., 127, 17584, 10.1021/ja055338d
Rackham O., 2005, Nat. Chem. Biol., 1, 159, 10.1038/nchembio719
Rackham O., 2006, Nat. Chem. Biol., 2, 254, 10.1038/nchembio783
An W., 2009, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 106, 8477, 10.1073/pnas.0900267106
Chubiz L. M., 2008, Nucleic Acids Res., 36, 4038, 10.1093/nar/gkn354
Osterman I. A. I., 2013, Nucleic Acids Res., 41, 474, 10.1093/nar/gks989
Chen S.-J., 2008, J. Biol. Chem., 283, 3173, 10.1074/jbc.M706968200
Egbert R. G., 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109, 16817, 10.1073/pnas.1205693109
Plotkin J. B., 2011, Nat. Rev. Genet., 12, 32, 10.1038/nrg2899
Welch M., 2009, PLoS One, 4, e7002, 10.1371/journal.pone.0007002
Isaacs F. J., 2004, Nat. Biotechnol., 22, 841, 10.1038/nbt986
Callura J. M., 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109, 5850, 10.1073/pnas.1203808109
Mutalik V. K., 2012, Nat. Chem. Biol., 8, 447, 10.1038/nchembio.919
Hermann T., 2000, Science, 287, 820, 10.1126/science.287.5454.820
Weigand J. E., 2009, Appl. Microbiol. Biotechnol., 85, 229, 10.1007/s00253-009-2194-2
Ellington A. D., 1990, Nature, 346, 818, 10.1038/346818a0
Tuerk C., 1990, Science, 249, 505, 10.1126/science.2200121
Stoltenburg R., 2007, Biomol. Eng., 24, 381, 10.1016/j.bioeng.2007.06.001
Gopinath S. C. B., 2007, Anal. Bioanal. Chem., 387, 171, 10.1007/s00216-006-0826-2
Bayer T. S., 2005, Nat. Biotechnol., 23, 337, 10.1038/nbt1069
Carothers J. M., 2011, Science, 334, 1716, 10.1126/science.1212209
Brantl S., 2002, J. Bacteriol., 184, 2740, 10.1128/JB.184.10.2740-2747.2002
Lucks J. B., 2011, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 108, 8617, 10.1073/pnas.1015741108
Win M. N., 2008, Science, 322, 456, 10.1126/science.1160311
Beisel C. L., 2008, Mol. Syst. Biol., 4, 224, 10.1038/msb.2008.62
Carrier T. A., 1997, Biotechnol. Prog., 13, 699, 10.1021/bp970095h
Carrier T. A., 1999, Biotechnol. Prog., 15, 58, 10.1021/bp9801143
Babiskin A. H., 2011, Nucleic Acids Res., 39, 5299, 10.1093/nar/gkr090
Rettig G. R., 2012, Mol. Ther., 20, 483, 10.1038/mt.2011.263
Strapps W. R., 2010, Nucleic Acids Res., 38, 4788, 10.1093/nar/gkq206
Grinev V. V., 2012, Mol. Biol., 46, 739, 10.1134/S0026893312050056
Choung S., 2006, Biochem. Biophys. Res. Commun., 342, 919, 10.1016/j.bbrc.2006.02.049
Gaglione M., 2013, ACS Med. Chem. Lett., 4, 75, 10.1021/ml300284b
Ge Q., 2010, RNA, 16, 118, 10.1261/rna.1901810
Hong J., 2010, FASEB J., 24, 4844
Patel R., 2009, Oligonucleotides, 19, 317, 10.1089/oli.2009.0207
Beisel C. L., 2011, Nucleic Acids Res., 39, 2981, 10.1093/nar/gkq954
Pfleger B. F., 2006, Nat. Biotechnol., 24, 1027, 10.1038/nbt1226
Stapleton J. A., 2012, ACS Synth. Biol., 1, 83, 10.1021/sb200005w
Mcintyre G. J., 2011, Genet. Vaccines Therapy, 9, 9, 10.1186/1479-0556-9-9
Grünberg R., 2010, Nucleic Acids Res., 38, 2663, 10.1093/nar/gkq139
Lim W. A., 2010, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 11, 393, 10.1038/nrm2904
Golynskiy M. V., 2011, ChemBioChem, 12, 353, 10.1002/cbic.201000642
Stratton M. M., 2011, Protein Sci., 20, 19, 10.1002/pro.541
Ha J.-H., 2012, Chemistry, 18, 7984, 10.1002/chem.201200348
Olson E. J., 2012, Curr. Opin. Chem. Biol., 16, 1, 10.1016/j.cbpa.2012.06.003
Kim S. B., 2007, Anal. Chem., 79, 4820, 10.1021/ac0621571
Yazawa M., 2009, Nat. Biotechnol., 27, 941, 10.1038/nbt.1569
Kennedy M. J., 2010, Nat. Methods, 7, 973, 10.1038/nmeth.1524
Riggsbee C. W., 2010, Trends Biotechnol., 28, 468, 10.1016/j.tibtech.2010.06.001
Strickland D., 2012, Nat. Methods, 9, 379, 10.1038/nmeth.1904
Mills E., 2011, Chem. Biol., 18, 1611, 10.1016/j.chembiol.2011.09.014
Peng Q., 2012, Protein Sci., 21, 1222, 10.1002/pro.2109
Deckert K., 2012, J. Am. Chem. Soc., 134, 10055, 10.1021/ja301409g
Gottesman S., 1998, Genes Dev., 12, 1338, 10.1101/gad.12.9.1338
Hersch G. L., 2004, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 101, 12136, 10.1073/pnas.0404733101
Elowitz M. B., 2000, Nature, 403, 335, 10.1038/35002125
Grilly C., 2007, Mol. Syst. Biol., 3, 127, 10.1038/msb4100168
Wong W. W., 2007, Mol. Syst. Biol., 3, 8
Banaszynski L. A., 2006, Cell, 126, 995, 10.1016/j.cell.2006.07.025
Bonger K. M., 2011, Nat. Chem. Biol., 7, 531, 10.1038/nchembio.598
Neklesa T. K., 2011, Nat. Chem. Biol., 7, 538, 10.1038/nchembio.597
Nishimura K., 2009, Nat. Methods, 6, 917, 10.1038/nmeth.1401
Iwamoto M., 2010, Chem. Biol., 17, 981, 10.1016/j.chembiol.2010.07.009
Dueber J. E., 2009, Nat. Biotechnol., 27, 753, 10.1038/nbt.1557
Conrado R. J., 2012, Nucleic Acids Res., 40, 1879, 10.1093/nar/gkr888
Lee J. H., 2013, Appl. Environ. Microbiol., 79, 774, 10.1128/AEM.02578-12
Simmel F. C., 2012, Curr. Opin. Biotechnol., 23, 516, 10.1016/j.copbio.2011.12.024
Delebecque C. J., 2011, Science, 333, 470, 10.1126/science.1206938
Alon U., 2007, An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits
University of Cambridge (2009) , International Genetically Engineered Machine (iGEM).http://2009.igem.org/Team:Cambridge.
Hooshangi S., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 3581, 10.1073/pnas.0408507102
Palani S., 2011, Mol. Syst. Biol., 7, 7, 10.1038/msb.2011.13
Deans T. L., 2007, Cell, 130, 363, 10.1016/j.cell.2007.05.045
Rinaudo K., 2007, Nat. Biotechnol., 25, 795, 10.1038/nbt1307
Del Vecchio D., 2008, Mol. Syst. Biol., 4, 161, 10.1038/msb4100204
Agapakis C. M., 2009, Mol. Biosyst., 5, 704, 10.1039/b901484e
Purnick P. E. M., 2009, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 10, 410, 10.1038/nrm2698
Del Vecchio D., 2012, Phys. Biol., 9, 045008, 10.1088/1478-3975/9/4/045008
Kittleson J. T., 2012, Curr. Opin. Chem. Biol., 16, 329, 10.1016/j.cbpa.2012.06.009
Shearwin K. E., 2005, Trends Genet., 21, 339, 10.1016/j.tig.2005.04.009
Miller W. G., 2000, Mol. Plant-Microbe Interact., 13, 1243, 10.1094/MPMI.2000.13.11.1243
Simons R. W., 1987, Gene, 53, 85, 10.1016/0378-1119(87)90095-3
Mirkin E. V., 2005, Mol. Cell. Biol., 25, 888, 10.1128/MCB.25.3.888-895.2005
Qi L., 2012, Nat. Biotechnol., 30, 1002, 10.1038/nbt.2355
Lou C., 2012, Nat. Biotechnol., 30, 1137, 10.1038/nbt.2401
Bashor C. J., 2012, Nat. Biotechnol., 30, 1061, 10.1038/nbt.2411
Paulsson J., 2004, Nature, 427, 415, 10.1038/nature02257
Kærn M., 2005, Nat. Rev. Genet., 6, 451, 10.1038/nrg1615
Swain P. S., 2006, Chaos, 16, 026101, 10.1063/1.2213613
Maheshri N., 2007, Annu. Rev. Biophys., 36, 413, 10.1146/annurev.biophys.36.040306.132705
Balazsi G., 2011, Cell, 144, 910, 10.1016/j.cell.2011.01.030
