Dự án Transcriptome của Trypanosoma rangeli: Tạo ra và phân tích các thẻ chuỗi biểu hiện

Cristiane Quimelli Snoeijer1, Gisele Fernanda Picchi2, Bibiana Paula Dambrós1, Mário Steindel1, Samuel Goldenberg2, Stênio Perdigão Fragoso2, Daniel Macedo Lorenzini1, Edmundo Carlos Grisard1
1Departamento de Microbiologia e Parasitologia, Universidade Federal de Santa Catarina, Santa Catarina, Brazil
2Instituto de Biologia Molecular do Paraná, Paraná, Brazil

Tóm tắt

Trypanosoma rangeli là một loài động vật nguyên sinh gây bệnh quan trọng đối với nhiều loài động vật có vú ở các vùng Trung và Nam Mỹ, chia sẻ khu vực địa lý, véc tơ và bể chứa với T. cruzi, tác nhân gây bệnh Chagas. Do đó, sự xuất hiện của các nhiễm trùng đơn lẻ và/hoặc hỗn hợp, bao gồm ở người, phải được dự kiến và có tầm quan trọng lớn cho chẩn đoán chuyên biệt và dịch tễ học. So với nhiều loài thuộc họ Trypanosomatidae, sinh học và bộ gen của T. rangeli còn ít được biết đến, tăng cường nhu cầu về một sáng kiến phát hiện gen. Sáng kiến transcriptome của T. rangeli nhằm thúc đẩy việc phát hiện gen thông qua việc tạo ra các thẻ chuỗi biểu hiện (ESTs) và các Orestes (ORF ESTs) từ cả hai dạng ký sinh trùng là epimastigote và trypomastigote, cho phép các nghiên cứu sâu hơn về sinh học, phân loại và phát sinh loài của ký sinh trùng.

Từ khóa

#Trypanosoma rangeli #hemoflagellate #Chagas disease #gene discovery #transcriptome #expressed sequence tags #epimastigote #trypomastigote

Tài liệu tham khảo

D'Alessandro A, Saravia NG: Trypanosoma rangeli. In: Protozoal Diseases. Edited by: Herbert M Gilles. 1999, London: Arnold Press, 398-412.

Grisard EC, Steindel M, Guarnieri AA, Eger-Mangrich I, Campbell DA, Romanha AJ: Characterization of Trypanosoma rangeli strains isolated in Central and South America: overview. Mem Inst Oswaldo Cruz. 1999, 94: 203-209.

Guhl F, Jaramillo C, Carranza JC, Vallejo GA: Molecular characterization and diagnosis of Trypanosoma cruzi and T. rangeli. Arch Med Res. 2002, 33: 362-370. 10.1016/S0188-4409(02)00380-6.

Afchain D, LeRay D, Fruit J, Capron A: Antigenic make-up of Trypanosoma cruzi culture forms: Identification of a specific component. J Parasitol. 1979, 65: 507-514.

Grisard EC: Salivaria or Stercoraria? The Trypanosoma rangeli dilemma. Kinet Biol Dis. 2002, 1: 5-10.1186/1475-9292-1-5.

Stevens JR, Teixeira MM, Bingle LE, Gibson WC: The taxonomic position and evolutionary relationships of Trypanosoma rangeli. Int J Parasitol. 1999, 29: 749-757. 10.1016/S0020-7519(99)00016-8.

Verdun RE, Di Paolo N, Urmenyi TP, Rondinelli E, Frasch AC, Sanchez DO: Gene discovery through expressed sequence tag sequencing in Trypanosoma cruzi. Infect Immun. 1998, 66: 5393-5398.

Adams MD: Expressed sequence tags as tools for physiology and genomics. In: Automated DNA sequencing and analysis. Edited by: Adams MD, Fields C, Venter JC. 1994, London: Academic Press, 71-76.

Ajioka JW, John CB, Brunk BP, Hehl A, Hillier L, Manger ID, Marra M, Overton GC, Roos DS, Wan KL, Waterston R, Sibley LD: Gene discovery by EST sequencing in Toxoplasma gondii reveals sequences restricted to the Apicomplexa. Genome Res. 1998, 8: 18-28.

Djikeng A, Aguda C, Donelson JE, Majiwa PAO: Generation of expressed sequence tags as physical landmarks in the genome of Trypanosoma brucei. Gene. 1998, 221: 93-106. 10.1016/S0378-1119(98)00427-2.

Fan J, Minchella DJ, Day SR, McManus DP, Tiu WU, Brindley PJ: Generation, identification and evaluation of expressed sequence tags from different developmental stages of the asian blood fluke Schistosoma japonicum. Biochem Biophys Res Comm. 1998, 252: 348-356. 10.1006/bbrc.1998.9491.

Levick MP, Blackwell JM, Connor V, Coulson RMR, Miles A, Smith HE, Wan KL, Ajioka JW: An expressed sequence tag analysis of a full-length, spliced-leader cDNA library from Leishmania major promastigotes. Mol Biochem Parasitol. 1996, 76: 345-348. 10.1016/0166-6851(95)02569-3.

Porcel BM, Tran AN, Tammi M, Nyarady Z, Rydåker M, Urmenyi TP, Rondinelli E, Pettersson U, Andersson B, Åslund1 L: Gene survey of the pathogenic protozoan Trypanosoma cruzi. Genome Res. 2000, 10: 1103-1107. 10.1101/gr.10.8.1103.

Verjovski-Almeida S, Demarco R, Martins EAL, Guimarães PEM, Ojopi EPB, Paquola ACM, Piazza JP, Nishiyama MY, Kitajima JP, Adamson RE, Ashton PD, Bonaldo MF, Coulson PS, Dillon GP, Farias LP, Gregorio SP, Ho PL, Leite RA, Malaquias LCC, Marques RCP, Miyasato PA, Nascimento Alto, Ohlweiler FP, Reis EM, Ribeiro MA, Sá RG, Stukart GC, Soares MB, Gargioni C, Kawano T, Rodrigues V, Madeira AMBN, Wilson RA, Menck CFM, Setubal JC, Leite LCC, Dias-Neto E: Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nat Genet. 2003, 35: 148-157. 10.1038/ng1237.

Schotelius J: Neuraminidase fluorescent test for differentiation of Trypanosoma cruzi and Trypanosoma rangeli. Trop Med Parasitol. 1987, 38: 323-327.

Chomczynski P, Sacchi N: Single-Step Method of RNA Isolation by Acid Guanidinium Thiocyanate-Phenol-Chloroform Extracion. Anal Biochem. 1987, 62: 156-159. 10.1006/abio.1987.9999.

Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, Briones MR, Nagai MA, Da Silva W JR, Zago MA, Bordin S, Costa FF, Goldman GH, Carvalho AF, Matsukuma A, Baia GS, Simpson DH, Brunstein A, De Oliveira PS, Bucher P, Jongeneel CV, O'Hare MJ, Soares F, Brentani RR, Reis LF, De Souza SJ, Simpson AJ: Shotgun sequencing of the human transcriptome with ORF expressed sequence tags. Proc Natl Acad Sci USA. 2000, 97: 3491-3496. 10.1073/pnas.97.7.3491.

Koerich LB, Emmanuelle-Machado P, Santos K, Grisard EC, Steindel M: Differentiation of Trypanosoma rangeli: High production of infective trypomastigote forms in vitro. Parasitol Res. 2002, 88: 21-25.