The indistinguishability of epitopes from protein surface is explained by the distinct binding preferences of each of the six antigen-binding loops

Protein Engineering, Design and Selection - Tập 26 Số 10 - Trang 599-609 - 2013
Vered Kunik1, Yanay Ofran1
1The Goodman Faculty of Life Sciences, Bar Ilan University, Ramat-Gan 52900, Israel

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Tài liệu tham khảo

Al-Lazikani, 1997, J. Mol. Biol., 273, 927, 10.1006/jmbi.1997.1354

Almagro, 2004, J. Mol. Recognit., 17, 132, 10.1002/jmr.659

Azad, 2007, Nucleic Acids Res., 35, 4629, 10.1093/nar/gkm204

Barderas, 2008, Proc. Natl Acad. Sci., 105, 9029, 10.1073/pnas.0801221105

Barrios, 2004, J. Mol. Recognit., 17, 332, 10.1002/jmr.679

Berman, 2000, Nucleic Acids Res., 28, 235, 10.1093/nar/28.1.235

Berzofsky, 1985, Science, 229, 932, 10.1126/science.2410982

Birtalan, 2008, J. Mol. Biol., 377, 1518, 10.1016/j.jmb.2008.01.093

Blythe, 2005, Protein Sci., 14, 246, 10.1110/ps.041059505

Burkovitz, 2012, J. Immunol., 190, 2327, 10.4049/jimmunol.1200757

Capra, 2007, Bioinformatics, 23, 1875, 10.1093/bioinformatics/btm270

Chakrabarti, 2002, Proteins, 47, 334, 10.1002/prot.10085

Chothia, 1976, J. Mol. Biol., 105, 1, 10.1016/0022-2836(76)90191-1

Chothia, 1987, J. Mol. Biol., 196, 901, 10.1016/0022-2836(87)90412-8

Chothia, 1989, Nature, 342, 877, 10.1038/342877a0

Cohen, 2005, Acta Crystallogr. D, Biol. Crystallogr., 61, 628, 10.1107/S0907444905007870

Collis, 2003, J. Mol. Biol., 325, 337, 10.1016/S0022-2836(02)01222-6

Crowley, 2005, Proteins, 59, 231, 10.1002/prot.20417

Fellouse, 2004, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 101, 12467, 10.1073/pnas.0401786101

Fellouse, 2006, J. Mol. Biol., 357, 100, 10.1016/j.jmb.2005.11.092

Greenbaum, 2007, J. Mol. Recognit., 20, 75, 10.1002/jmr.815

Grosse, 2002, Phys. Rev. E, Stat. Nonlin. Soft Matter Phys., 65, 041905, 10.1103/PhysRevE.65.041905

Guerois, 2002, J. Mol. Biol., 320, 369, 10.1016/S0022-2836(02)00442-4

Hubbard, 1992–6

Janin, 1990, J. Biol. Chem., 265, 16027, 10.1016/S0021-9258(17)46181-3

Jones, 1995, Prog. Biophys. Mol. Biol., 63, 31, 10.1016/0079-6107(94)00008-W

Jones, 1996, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 93, 13, 10.1073/pnas.93.1.13

Jones, 1997, J. Mol. Biol., 272, 121, 10.1006/jmbi.1997.1234

Jones, 1997, J. Mol. Biol., 272, 133, 10.1006/jmbi.1997.1233

Kabat, 1983, Natl Inst. Health, Bathesda

Kawashima, 2000, Nucleic Acids Res., 28, 374, 10.1093/nar/28.1.374

Keskin, 2008, Chem. Rev., 108, 1225, 10.1021/cr040409x

Kringelum, 2012, Mol. Immunol., 53, 24, 10.1016/j.molimm.2012.06.001

Kunik, 2012, PLoS Comput. Biol., 8, e1002388, 10.1371/journal.pcbi.1002388

Kunik, 2012, Nucleic Acids Res, 40, W521, 10.1093/nar/gks480

Kuroda, 2008, Proteins, 73, 608, 10.1002/prot.22087

Kuroda, 2012, Protein Eng. Des. Sel, 25, 507, 10.1093/protein/gzs024

Laver, 1990, Cell, 61, 553, 10.1016/0092-8674(90)90464-P

Lefranc, 2003, Dev. Comp. Immunol., 27, 55, 10.1016/S0145-305X(02)00039-3

Lin, 1991, IEEE Trans. Inf. Theory, 145, 145, 10.1109/18.61115

Lo Conte, 1999, J. Mol. Biol., 285, 2177, 10.1006/jmbi.1998.2439

Lollier, 2011, Mol. Immunol., 48, 577, 10.1016/j.molimm.2010.10.011

MacCallum, 1996, J. Mol. Biol., 262, 732, 10.1006/jmbi.1996.0548

McCoy, 1997, J. Mol. Biol., 268, 570, 10.1006/jmbi.1997.0987

Neuvirth, 2004, J. Mol. Biol., 338, 181, 10.1016/j.jmb.2004.02.040

North, 2011, J. Mol. Biol., 406, 228, 10.1016/j.jmb.2010.10.030

Novotny, 1986, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 83, 226, 10.1073/pnas.83.2.226

Ofran, 2009, Prediction of Protein Interaction Sites. Computational Protein-Protein Interactions

Ofran, 2003, J. Mol. Biol., 325, 377, 10.1016/S0022-2836(02)01223-8

Ofran, 2008, J. Immunol., 181, 6230, 10.4049/jimmunol.181.9.6230

Padlan, 1995, FASEB J., 9, 133, 10.1096/fasebj.9.1.7821752

Ponomarenko, 2007, BMC Struct. Biol., 7, 64, 10.1186/1472-6807-7-64

Raghunathan, 2012, J. Mol. Recognit., 25, 103, 10.1002/jmr.2158

Ravishankar, 2009, PLoS ONE, 4, e5344, 10.1371/journal.pone.0005344

Rubinstein, 2008, Mol. Immunol., 45, 3477, 10.1016/j.molimm.2007.10.016

Schymkowitz, 2005, Nucleic Acids Res., 33, W382, 10.1093/nar/gki387

Sela-Culang, 2012, J. Immunol., 189, 4890, 10.4049/jimmunol.1201493

Shannon, 1948, Bell Syst. Tech. J., 27, 379, 10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x

Sheinerman, 2000, Curr. Opin. Struct. Biol., 10, 153, 10.1016/S0959-440X(00)00065-8

Soga, 2010, Protein Eng. Des. Sel., 23, 441, 10.1093/protein/gzq014

Sun, 2011, Immunome Res., 7, 1

Van Regenmortel, 2009, Methods Mol. Biol., 524, 3, 10.1007/978-1-59745-450-6_1

Vargas-Madrazo, 1995, J. Mol. Biol., 254, 497, 10.1006/jmbi.1995.0633

West, 2012, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 109, E2083, 10.1073/pnas.1208984109

Wu, 1970, J. Exp. Med., 132, 211, 10.1084/jem.132.2.211

Wu, 1993, Proteins, 16, 1, 10.1002/prot.340160102

Xu, 1997, Protein Eng., 10, 999, 10.1093/protein/10.9.999

Xu, 1997, J. Mol. Biol., 265, 68, 10.1006/jmbi.1996.0712

Zemlin, 2003, J. Mol. Biol., 334, 733, 10.1016/j.jmb.2003.10.007

Zhao, 2010, BMC Struct. Biol., 10, S6, 10.1186/1472-6807-10-S1-S6

Zhao, 2011, IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf., 8, 1483, 10.1109/TCBB.2011.49