Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Toàn bộ bộ gen ty thể của Gymnocypris przewalskii kelukehuensis (Teleostei: Cyprinidae)
Tóm tắt
Gymnocypris przewalskii kelukehuensis: (Teleostei: Cyprinidae) là một phân loài mới của Gymnocypris przewalskii, đặc hữu của Hồ Keluke trên cao nguyên Tây Tạng. Tuy nhiên, hiện nay nó đang bị đe dọa bởi sự xâm lấn của các loài ngoại lai và đánh bắt quá mức, khiến cho quần thể tự nhiên của nó đã giảm đáng kể. Ở đây, chúng tôi lần đầu tiên báo cáo về bộ gen ty thể hoàn chỉnh của nó thông qua phương pháp giải trình tự toàn bộ gen với độ phủ thấp. Tổng độ dài của bộ gen ty thể là 16,682 bp, bao gồm 22 RNA chuyển gen (tRNA), 13 gen mã hóa protein (PCG) và hai RNA ribosome (rRNA). Vùng điều khiển giả định nằm giữa tRNA-Phe và tRNA-Pro, với thành phần A + T là 64.11%. Thành phần cơ sở của bộ gen là A (28.73%), C (25.86%), G (18.04%) và T (27.35%) với tổng hàm lượng GC là 43.91%. Phân tích phát sinh chủng loại cho thấy G. p. kelukehuensis có mối quan hệ gần gũi với phức hợp G. przewalskii.
Từ khóa
#Gymnocypris przewalskii kelukehuensis #bộ gen ty thể #phân loại học #bảo tồn động vật #cao nguyên Tây TạngTài liệu tham khảo
Cao W, Chen Y, Wu Y, Zhu S (1981) Origin and evolution of schizothoracine fishes in relation to the upheaval of the Qinghai-Tibetan Plateau. Science Press, Beijing
Ceballos G, Ehrlich PR, Barnosky AD, García A, Pringle RM, Palmer TM (2015) Accelerated modern human–induced species losses: entering the sixth mass extinction. Sci Adv 1:e1400253
Hahn C, Bachmann L, Chevreux B (2013) Reconstructing mitochondrial genomes directly from genomic next-generation sequencing reads—a baiting and iterative mapping approach. Nucleic Acids Res 41:97–97
Magalhães MGP, Moreira DA, Furtado C, Parente TE (2016) The mitochondrial genome of Hypancistrus zebra (Isbrücker & Nijssen, 1991) (Siluriformes: Loricariidae), an endangered ornamental fish from the Brazilian Amazon. Conserv Genet Resour 1–6. doi:10.1007/s12686-016-0645-5
Qi D, Chao Y, Zhao L, Shen Z, Wang G (2013) Complete mitochondrial genomes of two relatively closed species from Gymnocypris (Cypriniformes: Cyprinidae): genome characterization and phylogenetic considerations. Mitochondr DNA 24:260–262
Saitoh K, Sado T, Mayden RL, Hanzawa N, Nakamura K, Nishida M, Miya M (2006) Mitogenomic evolution and interrelationships of the cypriniformes (Actinopterygii: Ostariophysi): the first evidence toward resolution of higher-level relationships of the world’s largest freshwater fish clade based on 59 whole mitogenome sequences. J Mol Evol 63:826–841
Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S (2011) MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28:2731–2739
Wu Y, Wu C (1992) The fishes of the Qinghai-Xizang plateau. Sichuan Publishing House of Science & Technology, Chengdu
Zhang R, Peng Z, Li G, Zhang C, Tang Y, Gan X, He S, Zhao K (2013) Ongoing speciation in the Tibetan Plateau Gymnocypris species complex. PloS One 8:e71331