Synthetic microbial ecology and the dynamic interplay between microbial genotypes

10.1073/pnas.1504076112

Allen, 2013, Cooperation and the fate of microbial societies, PLoS Biol, 11, 3, 10.1371/journal.pbio.1001549

10.1002/bit.260460303

10.1038/ismej.2013.208

10.1016/j.copbio.2015.08.021

10.1038/msb4100050

10.1016/j.ymben.2012.12.001

10.1038/msb.2008.24

10.1038/nature15765

10.1023/A:1000342125891

10.1038/nature03891

10.1016/j.jbiotec.2011.10.001

10.1038/ncomms7283

10.1016/j.tibtech.2008.05.004

10.1371/journal.pone.0004115

10.1038/nature09904

10.1038/nature05202

10.1038/msb.2012.54

10.1128/AEM.68.5.2495-2502.2002

10.1016/j.cbpa.2012.04.002

10.1126/science.1166739

Chubiz, 2015, Species interactions differ in their genetic robustness, Front Microbiol, 6, 271, 10.3389/fmicb.2015.00271

10.1038/nrm3767

10.1126/science.1219385

10.1016/j.tim.2006.03.006

10.1126/science.aad2602

10.1038/nature04056

10.1073/pnas.142680199

10.1111/evo.12468

10.1111/j.1462-2920.2005.00880.x

10.1111/1567-1364.12161

10.1073/pnas.1217517110

10.1099/00221287-44-2-149

De Roy, 2013, Synthetic microbial ecosystems: An exciting tool to understand and apply microbial communities, Environ Microbiol, 16, 1472, 10.1111/1462-2920.12343

10.1073/pnas.1008392107

10.1128/AEM.03408-12

Escalante, 2015, Ecological perspectives on synthetic biology: insights from microbial population biology, Front Microbiol, 6, 143, 10.3389/fmicb.2015.00143

10.1371/journal.pcbi.1003398

10.1038/ismej.2014.215

10.1016/j.cub.2012.08.005

10.1146/annurev.mi.31.100177.000431

10.1126/science.7268409

10.1126/science.aab0946

10.1038/ismej.2014.40

10.1073/pnas.0912214107

10.1038/nature07921

10.1038/ismej.2014.9

10.1016/j.mib.2014.02.002

10.1086/657441

10.1073/pnas.0710150104

10.1038/nature05514

10.1111/j.1558-5646.2010.00959.x

10.1016/j.celrep.2014.03.070

10.1126/science.131.3409.1292

Helling, 1987, Evolution of Escherichia coli during growth in a constant environment, Genetics, 116, 349, 10.1093/genetics/116.3.349

10.1111/j.1462-2920.2006.01081.x

10.1073/pnas.1407986111

10.1073/pnas.0908456107

10.1186/s13104-015-1169-x

10.1371/journal.pone.0017105

10.1016/j.jbiotec.2014.05.019

10.1038/ismej.2012.46

Jost, 1973, Interactions of Tetrahymena pyriformis, Escherichia coli, Azotobacter vinelandii, and glucose in a minimal medium, J Bacteriol, 113, 834, 10.1128/jb.113.2.834-840.1973

10.1038/35020060

10.1128/AEM.71.11.7099-7106.2005

10.1007/s00248-007-9357-4

10.1111/j.1462-2920.2012.02733.x

10.1038/nature14485

10.1371/journal.pone.0034032

10.1038/nature00823

10.1073/pnas.0807935105

Klitgord, 2010, Environments that induce synthetic microbial ecosystems, PLoS Comput Biol, 6, 1435, 10.1371/journal.pcbi.1001002

Koch, 2015, Expanded metabolic versatility of ubiquitous nitrite-oxidizing bacteria from the genus Nitrospira, P Natl Acad Sci USA, 524, 201506533

10.1111/j.1461-0248.2010.01471.x

10.1016/j.copbio.2011.12.026

10.1371/journal.pbio.1001330

10.1086/285289

10.1371/journal.pone.0017888

10.1038/ismej.2015.243

10.1038/ismej.2016.26

10.1016/j.tree.2011.03.016

10.1098/rsif.2015.0608

10.1196/annals.1419.005

10.1038/nature04624

10.1111/j.1462-2920.2006.01033.x

10.1016/j.tibtech.2004.06.009

10.1016/S0043-1354(98)00222-X

10.1073/pnas.1405641111

10.1039/c2mb25133g

10.1146/annurev-genet-111212-133307

10.1073/pnas.1100292108

Momeni, 2013, Strong inter-population cooperation leads to partner intermixing in microbial communities, Elife, 2013, 1

10.1007/s00018-011-0649-y

Momeni, 2013, Spatial self-organization favors heterotypic cooperation over cheating, Elife, 2013, 1

10.1111/1574-6976.12019

10.1128/mBio.00036-12

10.1111/evo.12485

10.1073/pnas.1313285111

10.1073/pnas.1217199109

10.1038/ismej.2007.30

10.1126/science.1093411

10.1016/j.cell.2015.05.019

10.1016/j.tibtech.2013.05.006

10.1038/sj.embor.7400132

10.1038/nature14856

10.1038/ismej.2013.211

10.1038/ncomms7238

10.1371/journal.pone.0017019

10.1038/ismej.2013.164

10.1146/annurev-marine-120710-100948

Pérez-Gutiérrez R-A López-Ramírez V Islas Á . Antagonism influences assembly of a Bacillus guild in a local community and is depicted as a food-chain network. ISME J 2012:487-97.

10.1098/rspb.2009.0997

Pfeiffer, 2014, An evolutionary perspective on the Crabtree effect, Front Mol Biosci, 1, 1, 10.3389/fmolb.2014.00017

10.1016/j.mib.2015.06.014

10.1098/rstb.2009.0012

10.1126/science.1205970

Raux, 1996, Salmonella typhimurium cobalamin (vitamin B12) biosynthetic genes: functional studies in S. typhimurium and Escherichia coli, J Bacteriol, 178, 753, 10.1128/jb.178.3.753-767.1996

10.1126/science.1217909

10.1111/evo.12645

Rosenzweig, 1994, Microbial evolution in a simple unstructured environment: genetic differentiation in Escherichia coli, Genetics, 137, 903, 10.1093/genetics/137.4.903

10.1086/303299

10.1111/j.1461-0248.2008.01257.x

10.1086/383541

10.1073/pnas.0602187103

10.1098/rspb.2008.1827

10.1023/A:1020579004534

10.1126/science.1193954

10.1046/j.1365-2656.2002.00645.x

10.1073/pnas.0610575104

10.1016/j.cell.2011.02.020

10.1146/annurev.micro.091208.073346

10.1039/c4cs00114a

10.1038/nchembio.244

10.3389/fmicb.2015.00258

10.1126/science.1208929

10.1038/msb4100131

10.1126/science.1196526

10.1093/oxfordjournals.molbev.a025984

Tsuchiya, 1972, Predator-prey interactions of Dictyostelium discoideum and Escherichia coli in continuous culture, J Bacteriol, 110, 1147, 10.1128/jb.110.3.1147-1153.1972

10.1038/424257a

10.1042/BST0330205

10.1146/annurev.micro.091208.073158

10.1371/journal.pbio.1001184

10.1073/pnas.1210190109

Wang, 2012, A hydration-based biophysical index for the onset of soil microbial coexistence, Sci Rep, 2, 881, 10.1038/srep00881

Wang, 2012, Hydration dynamics promote bacterial coexistence on rough surfaces, ISME J, 7, 395, 10.1038/ismej.2012.115

10.1038/srep06757

10.1016/j.cell.2014.02.039

10.1073/pnas.0701382104

10.1038/ncomms6945

10.1038/nrmicro1461

10.1111/j.1420-9101.2006.01258.x

10.1073/pnas.95.12.6578

10.1038/ismej.2016.45

10.1038/msb.2010.66

10.1101/gad.1985210

10.1038/nature07840

10.1038/ncomms11274

10.1038/ismej.2013.43

10.1038/nature01767

10.1038/msb.2013.39

10.1038/nbt.3095

10.1016/j.jmb.2015.10.019

Zumft, 1997, Cell biology and molecular basis of denitrification, Microbiol Mol Biol R, 61, 533

10.1038/nature13869