Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Chia Nhỏ Các Phân Tích Chạy Dài, Độ Dài Biến Đổi Thành Các Đơn Vị Công Việc BOINC Ngắn, Độ Dài Cố Định
Tóm tắt
Chúng tôi mô tả một sơ đồ để chia nhỏ các phân tích chạy dài, có độ dài biến đổi thành các đơn vị công việc BOINC ngắn với độ dài cố định, sử dụng các phân tích phát sinh loài làm ví dụ. Các đơn vị công việc có độ dài cố định giúp giảm độ biến động trong thời gian phân tích, cải thiện tổng thể thông lượng hệ thống và làm cho BOINC trở thành một nguồn tài nguyên hữu ích hơn cho các phân tích yêu cầu thời gian phản hồi tương đối nhanh, chẳng hạn như các phân tích phát sinh loài được gửi bởi người dùng dịch vụ web GarlI tại molecularevolution.org. Ngoài ra, chúng tôi giải thích lý do tại sao những thay đổi này sẽ có lợi cho những tình nguyện viên đóng góp sức mạnh xử lý của họ cho các dự án BOINC, chẳng hạn như Dự án Lattice BOINC (http://boinc.umiacs.umd.edu). Kết quả của chúng tôi, cho thấy những lợi ích của các đơn vị công việc tương đối ngắn, sẽ được quan tâm rộng rãi bởi bất kỳ ai phát triển và triển khai một ứng dụng trên nền tảng BOINC.
Từ khóa
#BOINC; phân tích phát sinh loài; đơn vị công việc; thời gian phản hồi; sức mạnh xử lýTài liệu tham khảo
Anderson, D.P.: BOINC: a system for public-resource computing and storage. In: Proceedings of the 5th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing, GRID ’04, pp 4–10. USA, Washington, DC (2004)
Myers, D.S., Bazinet, A.L., Cummings, M.P.: Expanding the reach of Grid computing: combining Globus- and BOINC-based systems. In: Talbi, E.-G., Zomaya, A.Y. (eds.) Grids for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley Book Series on Bioinformatics: Computational Techniques and Engineering, Chapter 4, pp 71–85. Wiley-Interscience, Hoboken (2008)
Bazinet, A.L., Cummings, M.P.: The Lattice Project: a Grid research and production environment combining multiple Grid computing models. In: Weber, M H W (ed.) Distributed & Grid Computing — Science Made Transparent for Everyone. Principles, Applications and Supporting Communities, Chapter 1, pp 2–13. Rechenkraft.net, Marburg (2008)
Foster, I., Kesselman, C.: Globus: a toolkit-based grid architecture. In: Foster, I., Kesselman, C. (eds.) The Grid: Blueprint for a New Computing Infrastructure, pp 259–278. Morgan-Kaufmann (1999)
Bazinet, A.L., Cummings, M.P.: Computing the tree of life: Leveraging the power of desktop and service grids, pp 1896–1902. IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and PhD Forum (2011)
Zwickl, D.J.: GARLI 2.0 https://www.nescent.org/wg_garli/main_page (2011)
Zwickl, D.J.: Genetic algorithm approaches for the phylogenetic analysis of large biological sequence datasets under the maximum likelihood criterion. PhD thesis. The University of Texas at Austin (2006)
Bazinet, A.L., Zwickl, D.J., Cummings, M.P.: A gateway for phylogenetic analysis powered by grid computing featuring GARLI 2.0. Syst. Biol. 63(5), 812–8 (2014)
Regier, J.C., Zwick, A., Cummings, M.P., Kawahara, A.Y., Cho, S., Weller, S., Roe, A., Baixeras, J., Brown, J.W., Parr, C., Davis, D.R., Epstein, M., Hallwachs, W., Hausmann, A., Janzen, D.H., Kitching, I.J., Solis, M.A., Yen, S.-H., Bazinet, A.L., Mitter, C.: Toward reconstructing the evolution of advanced moths and butterflies (Lepidoptera: Ditrysia): an initial molecular study. BMC Evol. Biol. 9, 280 (2009)
Bazinet, A.L., Cummings, M.P., Mitter, K.T., Mitter, C.W.: Can RNA-Seq resolve the rapid radiation of advanced moths and butterflies (Hexapoda: Lepidoptera: Apoditrysia)? An exploratory study. PLoS ONE 8(12), e82615 (2013)
Regier, J.C., Mitter, C., Zwick, A., Bazinet, A.L., Cummings, M.P., Kawahara, A.Y., Sohn, J.-C., Zwickl, D.J., Cho, S., Davis, D.R., Baixeras, J., Brown, J., Parr, C., Weller, S., Lees, D.C., Mitter, K.T.: A large-scale, higher-level, molecular phylogenetic study of the insect order Lepidoptera (moths and butterflies). PLoS ONE 8(3), e58568 (2013)
Cummings, M.P., JC Huskamp, J.C.: Grid computing. EDUCAUSE Review 40, 116–117 (2005)
Litzkow, M.J., Livny, M., Mutka, M.W.: Condor–a hunter of idle workstations. In: 8th International Conference on Distributed Computing Systems, pp 104– 111 (1988)
Bazinet, A.L.: The Lattice Project: A multi-model grid computing system. Master’s thesis. University of Maryland, College Park (2009)
Myers, D.S., Cummings, M.P.: Necessity is the mother of invention: a simple grid computing system using commodity tools. J. Parallel Distr. Com. 63(5), 578–589 (2003)
Kawahara, A.Y., Ohshima, I., Kawakita, A., Regier, J.C., Mitter, C., Cummings, M.P., Davis, D.R., Wagner, D.L., De Prins, J., Lopez-Vaamonde, C.: Increased gene sampling provides stronger support for higher-level groups within moths, gracillariid leaf mining relatives (Lepidoptera, Gracillariidae). BMC Evol. Biol. 11, 182 (2011)
Sohn, J.-C., Regier, J.C., Mitter, C., Davis, D., Landry, J.-F., Zwick, A., Cummings, M.P.: A molecular phylogeny for Yponomeutoidea (Insecta, Lepidoptera, Ditrysia) and its implications for classification, biogeography and the evolution of host plant use. PLoS ONE 8(1), e55066 (2013)
Huang, S.W., Huang, T.-C., Lyu, S.-R., Shieh, C.-K., Chou, Y.-S.: Improving speculative execution performance with coworker for cloud computing. In: IEEE 17th International Conference Parallel and Distributed Systems (ICPADS), pp. 1004–1009 (2011)
Ananthanarayanan, G., Ghodsi, A., Shenker, S., Stoica, I.: Effective straggler mitigation: attack of the clones. In: USENIX Symposium on Networked Systems Design and Implementation, vol. 13, pp 185–198 (2013)
Anderson, D.P.: Emulating volunteer computing scheduling policies. In: IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and Phd Forum (IPDPSW), pp 1839–1846 (2011)
Kondo, D., Anderson, D.P., McLeod, J.: Performance evaluation of scheduling policies for volunteer computing. In: IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, pp 415–422 (2007)
Estrada, T., Flores, D.A., Taufer, M., Teller, P.J., Kerstens, A., Anderson, D.P.: The effectiveness of threshold-based scheduling policies in BOINC projects. In: Second IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, 2006. e-Science ’06, pp. 88–88 (2006)
Heien, E.M., Fujimoto, N., Hagihara, K.: Computing low latency batches with unreliable workers in volunteer computing environments. In: IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing, 2008. IPDPS 2008, pp. 1–8 (2008)
Toth, D., Finkel, D.: Improving the productivity of volunteer computing by using the most effective task retrieval policies. J. Grid Comput. 7(4), 519–535 (2009)
Rood, B., Lewis, M.J.: Grid resource availability prediction-based scheduling and task replication. J. Grid Comput. 7(4), 479–500 (2009)
Estrada, T., Taufer, M., Anderson, D.P.: Performance prediction and analysis of BOINC projects: an empirical study with EmBOINC. J. Grid Comput 7(4), 537–554 (2009)
Kovács, J., Marosi, A.-C., Visegrádi, A., Farkas, Z., Kacsuk, P., Lovas, R.: Boosting gLite with cloud augmented volunteer computing. Futur. Gener. Comput. Syst. 43–44, 12–23 (2015)
Kondo, D., Chien, A.A., Casanova, H.: Scheduling task parallel applications for rapid turnaround on enterprise desktop grids. J. Grid Comput. 5(4), 379–405 (2007)